...质的修饰、定量蛋白质表达水平。质谱分析会得到大量的数据，如何利用软件及算法对质谱下机数据进行充分挖掘，高效、精准分析是研究的关键环节。 为了助力科研工作者深入了解蛋白质组质谱数据分析方法，提升相关分析...
加权基因共表达网络（WGCNA）可以利用基因表达数据，构建出加权的基因共表达网络，从而挖掘协同表达的基因模块，探索基因模块与性状之间的关系。 这种分析方法在生物研究领域中被广泛使用，以期对实验做出具有生物学...
...步确认。由于菠萝基因组注释不好，作者还利用转录组的数据回比基因的信息进一步确认基因注释的准确性，注释不准的候选基因给删除掉，最终在菠萝基因组当中鉴定了54个基因为WRKY基因家族基因，另外还选取了部分最终的菠...
如何从某一个文本文件中随机抽取一部分数据。譬如右下方这样的基因表达量数据的统计文件ref_trans_full_table.xls目标是由此文件中随机抽取一部分数据。 1、可以利用shuf获取随机数据，譬如随机选出其中的10个基因：（先获取...
...bp）的滑动窗口 以5bp 的步长扫描基因组。多态性窗口的筛选标准为DP指标： DP= t / c ( N ,2)，其中c ( N ,2) 是N 个品种中任意两种的品种组合对数， t是每对品种在窗口内至少有两个分散的 SNP 的数量。之后使用misa[2]软件在全基因组...
从事生物信息分析的老师和同学一般都会接触SRA数据，下载SRA数据的方法也有很多，这里来简单总结一下。 方法一：SRA Tookit下载 SRA Tookit 是NCBI 提供的下载软件，我们需要下载安装，下载地址：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/...
前面我们介绍了如和用命令行的方法上传高通量测序数据到NCBI的方法，见：https://www.omicsclass.com/article/398 但是，aspera命令行由于连接的原因老是中断，本想着利用晚上的时间上传数据，明天一早就能完成，但是第二天起来发现...
...搜索后的HSP20_domain_new_out_removed_redundant.txt文件为 用0.1来筛选获取序列出现错误。
请问一下老师，为什么根据课程进行芯片数据标准化之后，他的表格数据没有对应上，而且有的数据很大是怎么回事？看了一下您课程里获得的表达数据也是这种情况。希望老师可以帮忙解答
如果用0表示是否造假
abline(h = 1000000, col = "red") minModuleSize = 80 MEDissThres = 0.35
最近有粉丝留言，TCGA数据库发生更新，下载数据时报错。详细的更新信息参考TCGA官网说明： https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Release_Notes/Data_Release_Notes/#data-release-320 这里提示几点重要更新： 例如：转录组之前HTSeq流程的数据，现在...
...集分析的需求非常常见。目前有许多生物信息学手段或者数据库可以实现基因富集分析，例如DAVID，但它们有些是收费的，有些不易于使用且很少维护。例如DAVID曾经有六年的时间（2010-2016）没有维护数据库，最近的更新也已经...