转录组分析时，差异表达基因的筛选标准一般为：Fold Change 大于等于2且FDR小于等于0.01，如果差异表达基因数量太少可以适当降低标准，差异表达基因数量太多适当调整。还有那些因素会影响差异表达基因的数量呢？ 第...
在我们的课程中介绍了TCGA下载miRNA数据的方法，但是下载的数据是miRNA 基因水平的表达量，而不是miRNA的5p 或3p的表达量。那么如何下载miRNA的5p, 3p 表达量呢？ 可以参考如下的代码： # 设置下载的参数 project <- "TCGA-CHOL" data_cat...
老师您好！我在使用你们提供代码在GDC数据库下载数据在询问目录下载TCGA-CHOL项目时候用R跑代码提示以下错误请老师帮我看看谢谢！ GDCdownload(query = query, + directory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='client') Downloading...
老师，请问能够再分享一下hgmd数据库的下载版本嘛，最近HGMD数据库进不去了
...质的修饰、定量蛋白质表达水平。质谱分析会得到大量的数据，如何利用软件及算法对质谱下机数据进行充分挖掘，高效、精准分析是研究的关键环节。 为了助力科研工作者深入了解蛋白质组质谱数据分析方法，提升相关分析...
从事生物信息分析的老师和同学一般都会接触SRA数据，下载SRA数据的方法也有很多，这里来简单总结一下。 方法一：SRA Tookit下载 SRA Tookit 是NCBI 提供的下载软件，我们需要下载安装，下载地址：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/...
...、频繁和可靠。 《RightScale2018 年度云计算调查》报告数据显示，DevOps 的整体采用率从 74% 上升到了 78%，同时企业的 DevOps 采用率达到了 84%。30% 的企业正在全公司范围内采用 DevOps，同比增长 9%。 这些数字的提升不仅代表了 De...
...步确认。由于菠萝基因组注释不好，作者还利用转录组的数据回比基因的信息进一步确认基因注释的准确性，注释不准的候选基因给删除掉，最终在菠萝基因组当中鉴定了54个基因为WRKY基因家族基因，另外还选取了部分最终的菠...
加权基因共表达网络（WGCNA）可以利用基因表达数据，构建出加权的基因共表达网络，从而挖掘协同表达的基因模块，探索基因模块与性状之间的关系。 这种分析方法在生物研究领域中被广泛使用，以期对实验做出具有生物学...
如何从某一个文本文件中随机抽取一部分数据。譬如右下方这样的基因表达量数据的统计文件ref_trans_full_table.xls目标是由此文件中随机抽取一部分数据。 1、可以利用shuf获取随机数据，譬如随机选出其中的10个基因：（先获取...
前面我们介绍了如和用命令行的方法上传高通量测序数据到NCBI的方法，见：https://www.omicsclass.com/article/398 但是，aspera命令行由于连接的原因老是中断，本想着利用晚上的时间上传数据，明天一早就能完成，但是第二天起来发现...
请问一下老师，为什么根据课程进行芯片数据标准化之后，他的表格数据没有对应上，而且有的数据很大是怎么回事？看了一下您课程里获得的表达数据也是这种情况。希望老师可以帮忙解答