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问题 转录组分析流程详细流程？

想问一下这个审稿意见是什么意思？是转录组分析过程哪一部分不完整吗？下图是意见和我的转录组分析步骤。

问题 群体结构分析

请问老师，家系和野生的群体核酸多样性总pi值没有差异，但是LD衰减分析看是野生的衰减速度更快，这两个结果不相符合唉？这是什么原因呢？不应该是衰减速率快的种群可能拥有更高的核酸多样性吗？

问题 jcvi微共线区域(Microsynteny)可视化

博主您好，我是一名本科生，近日在学习JCVI的时候遇到了一些问题，看了您2023-08-15的回答，有些问题想跟您请教：在绘制微观图时，我用的是六个物种的基因组，看它们共有的一个家族基因的共线性，block文件如图所示 但是这...

文章 TCGAbiolinks 下载临床数据，警惕有多次随访数据

在我们的《TCGA-生存分析》课程中，我们提供了临床数据的下载方法。有学员反馈，有些癌症有多次临床数据，随访时间还不一样。我细致的看了一下出现这种情况的原因： 1. 随访曾中断过: 存在多次随访 2. 出现了新的癌症：...

问题 转录组测序数据量如何选择？

我想做个转录组实验，但是不知道应该测多少合适，公司说有有4G、6G、8G之类的是啥意思？怎么衡量测的数据量够不够呢？

问题 生存分析报错

重复一次 我再到r里重复了两次，这次还出现直接报错它说什么外接函数不能有NA，难道是临床数据的两个days下面有NA的原因我用课件里提供的数据也仍然会报错 意思好像就是迭代次数不对还是怎么的，求求老师解答

问题 illumina芯片矫正

...个sample都有信号值，但是我这些样本都没有信号值，请问怎么矫正？不知道老师有没有发现这个问题  我选的数据 课上的例子数据

问题 利用Perl遍历哈希

上次的问题不太明确，这次重新提问一下，谢谢各位老师！ 读入cucumberprotein.fasta文件，创建一个id和序列对应的hash, 遍历该hash，并输出到一个新创建的文件中

问题 进化树构建出问题

用自己做的物种蛋白序列单独构建进化树和加入其他参考物种（包括自己的物种）构建进化树的分组不一样，希望老师看到能解答下这种情况该如何处理？

问题 wgd解析运行不了？？

解析之前，按照课程的和脚本的要求准备了相应的数据。然后，wgd命令输进去后，显示未找到命令？到底是什么情况呢？？是服务器上没有安装相关的脚本或软件嘛？？

问题 微生物16s实操教程

OTU分析按照视频中方法一(pick_de_novo_otus.py)做的，显示usearch版本不对，应该怎么办？

问题 宏基因组基因定量salmon

老师您好，我在用salmon构建索引之后，对每个样本进行定量时显示不支持RapMap类型的索引，请问该怎么解决？详见图片

文章 clusterProfiler做非模式物种的功能注释

...看基因的功能。比较常见方法就是查看基因的GO，KEGG注释和富集情况。 我在《转录组数据分析》课程中推荐大家采用clusterProfiler。这个软件目前能支持20种模式物种的注释，但其实不止这些，软件的作者也给出了，针对非模式...

文章 第9期武汉站“基因家族分析实操培训班”开始报名了！

...因家族分析实操培训班”开始报名了！ 目前该培训班已在北京、南京、泰安、广州等地开办了8期，学员反馈热烈；第9期将于2019年8月16日—8月18日（周五至周日），在武汉举行，为期3天，小班教学，包学包会，人数控制在30人...

问题 求助大佬，MCScanX输出结果空白

如图为输入和输出文件，求问大佬是哪里出错了，不可能整个基因组都没共线性吧？