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文章 去除fasta或fastq文件中ID重复的序列

fastq和fasta 文件中序列ID都是唯一的，如果出现不唯一的情况，就需要给他去重复。这有一脚本可 实现此功能。 脚本帮助： UsageForced parameter:-fa        fasta file           <infile>-fq fastq file   <infile>-fq1 fas...

文章 已知目标基因，如何进行局部共线性绘图？

...中，禾本科多物种间SSP基因座——Sec1和Sec4的局部共线性分析绘图进行一下实操。 绘图准备 使用jcvi进行局部区域(感兴趣基因)共线性绘图需要准备三个文件： 1.各物种的基因组序列文件(即cds序列，fasta格式) 2.记录各物种基...

文章 基因组重复序列分类 转座子

...素、预测方法及标记开发等方面取得一系列成果，跟踪和分析植物转座子的最新研究进展对全面了解转座子的功能具有重要意义。为了理清植物转座子与基因表达调控关系，本文综述了植物转座子分类、起源和转座机制以及转座...

文章 seurat_sc_cluster.r 使用帮助：

...              out file name prefix [default demo] 单细胞数据分析参考：https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial CCA RPCA整合参考：https://satijalab.org/seurat/articles/integration_rpca

文章 linux中字符串截取

...到精通必修基础课：linux系统使用、biolinux搭建生物信息分析环境、linux命令处理生物大数据、

问题 误: 无法分配大小为7.4 Mb的矢量 Killed after 9 m

所有释放内存的方法都试过了，不仅不能解决而且，R软件直接退出去了，请问老师该怎么解决，如果优化代码，该如何优化，希望老师解惑，这个问题一直困扰无法进行下一步。 > # 加载R包 > library(TCGAbiolinks) > library(Sum...

文章 蛋白质组和转录组相关性图绘制

...蛋白质组的项目越来越多，经常有蛋白质和转录组相关的分析。 deg_file <- 'S-1_S-2_S-3_vs_R-1_R-2_R-3.all' dep_file <- 'S-1_S-2_S-3_vs_R-1_R-2_R-3.DEP.all.xls' # 设置筛选参数 dep_fc <- 1.5 dep_fdr <- 0.05 deg_fc <-1.5 deg_fdr <- 0.05 # 读取文件 ...

文章 兰花发育中器官发生的时空图谱数据下载示例

...92617.lite.1_2.fastq.gz SRR18292617_S1_L001_R2_001.fastq.gz 空转数据分析： cat $datadir/meta.txt|grep -v "#"|while read series_sample_id developmental_stage  tissue code SRR slide;do     python3 $scripts/scanpy_st_qc.py \  -d ../01.spaceranger/$slide/outs/filtered_feature_bc_matri...

问题 使用NCBI下载的基因组和gff文件进行基因家族分析时，保留编码蛋白基因的命令似乎无法识别NCBI的gff文件（描述中为日志，图片为尝试获取的gff文件）

以下是日志 [root@b3b8d8255335  13:06:20 ~]# cd $workdir [root@b3b8d8255335  13:06:34 /work/desaturase]# cd 01.data_prepare [root@b3b8d8255335  13:06:41 /work/desaturase/01.data_prepare]# ll total 0 -rwxr-xr-x 1 root root 152M Jul 23 16:04 Branchiostoma_floridae.fa.gz -rwxr-xr-x 1 root ...

文章 轻松搞定iTOL注释文件

...棵超酷炫的系统发育树  和  进化树中如何体现分组。不会使用iTOL的同学可以去看一下这两篇文章，这能够让你很快的学会iTOL基本的使用方法。但是iTOL使用真正的难点在于注释文件的准备，基本都需要手动准备，因此会花费...

文章 corrplot包绘制相关性图，简单又好看！

相关性分析作为一种强大的工具，能够帮助我们量化变量间的关联程度。R 语言中可以做相关性矩阵可视化的包有很多，小编最喜欢用的还是corrplot 这个包。 corrplot包非常容易使用，并在可视化方法、图形布局、颜色、图例、文...

文章 叶绿体或线粒体重复序列圈图绘制

细胞器基因组分析的重复序列展示中有时会展示为下面这种circos圈，用来描述基因组的微卫星重复序列（SSR）、串联重复序列（Tandem repeats）的分布以及散在重复序列（Dispersed repeats）的共线性关系，简洁美观，今天带大家一起...

文章 混合线性模型中BLUE值 VS BLUP值

...lue_effect是用固定因子的预测均值 减去 整体均值 GWAS关联分析课程推荐：https://bdtcd.xetslk.com/s/2KgXQq

问题 GATK 将VCF文件导入db出现问题

...der.vcf -rwx------ 1 root root  3417 Aug  4 16:55 vidmap.json 感觉是不完成整的。 生成的日志文件是这样的： Using GATK jar /share/work/biosoft/GATK/gatk-4.4.0.0/gatk-package-4.4.0.0-local.jarRunning:    java -Dsamjdk.use_async_io_read_samtools=false -Dsamjdk.use_async_io_w...

文章 遗传进化英文方法参考

...old was set as 1/n (n, total SNP number).     基因组重测序数据分析视频课程：https://bdtcd.xetslk.com/s/1VQOjQ或者扫码二维码：     Reference [1] Li H, Durbin R. Fast and accurate short read alignment with Burrows–Wheeler transform. Bioinformatics.2009; 25(14):1754...