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问题 CNV分析

老师,您好,我做CNV 分析的时候,所用参考基因组不是染色体水平,而是scaffold,那我perl $scriptdir/split_chr.pl -ref $REF -lenFilter 10000000 -od split_chr_dir,指令时,该怎么对应修改脚本文件呢

问题 motif

鉴定得到的motif已知该基因家族的motif相似性较低,或者说含有更多未知的motif,已经扩大了motif的搜索结果,并且多次调整motif搜索范围,得到的已知该家族的motif数量还是较少。是什么原因呢?

问题 关于mapman使用过程的一些问题

...途径、谷胱甘肽代谢途径,类黄酮生物合成途径等,但是mapman软件中的pathway中没有该如何? 2、添加自己的数据时,所有样本差异基因表达量作为一个文件上传,还是每个样本差异基因表达量单独上传?如果添加的是比较...

问题 重复文章代码出错

...c02a28301dc8923504593611d69db3d80ae2814a93&scene=21#wechat_redirect “人工智能(AI)微生物组中的应用-随机森林分类与回归预测 ”一文中,运行到第10步(如上图)出错,提示:Error in rfImpute.default(m, y, ...) : No NAs found in m    请问...

问题 Perl相关软件的安装

安装eclipse的时候,解压后点击eclipse.exe安装软件,但是出现图中显示的对话框,点击对话框的确定之后没有反应,请问怎么解决

文章 linux中sed 替换

...件中的内容其用法如下: sed -i 's/A/a/g' file.txt 参数-i 会源文件中直接替换,所以要确定后使用此参数。 s表示替换,后通常跟正则表达式。 该命令会按行替换文件中所有的A,如果只想对文件中的某些行进行替换,可以这...

文章 细胞焦亡、铁死亡及铜死亡等基因集

...、铁死亡及铜死亡浅析细胞死亡维持多细胞生物的稳态发育中起关键作用,迄今为止,可分为两类:意外性细胞死亡(Accidental cell death,ACD)程序性细胞死亡(Programmed cell death,PCD)。ACD是由暴露于严重的物理、化学或机...

问题 构建进化树bootstap值自动变动及结构域的选择

...的结构域会选择不要 ? 如图几个短的结构域都验证过 视频分析前期看到会选择删除,请问大概多短的结构域会选择删除?有什么影响呢?是指分析进化树的时候有影响吗?

问题 重新挂载显示不出文件

老师, 您好!长期没用linux系统,再用的时候,重新挂载上后却一直显示没有文件,这是怎么回事呢?

问题 启动子feature.bed

老师,您好,请问做启动子分析得到的plantCARE.tab文件,怎么得到feature.bed 文件呢?课程的那个shell命了还是没有看懂谢谢!

文章 轻松搞定Krona图

...物多样性分析中,我们要查看某个样品或者分组中各物种各分类水平上的丰度信息,可以用柱状图,分类学树状图(饼图),OTU table表格等展示。今天我们介绍另一个展示工具KRONA,能够很好的展示样品中物种的分类等级以及...

文章 绘制基因结构图软件GSDS使用过程中图片的修改问题

使用GSDS绘制基因结构或者是顺势作用元件时,如果图例太多,网页展示不出来,这个时候你需要对图片进行修改.增大背景画布就可以显示了,点击下图红色箭头所指按钮,进入到图片编辑界面: 拉大背景画板,如下图红箭...

问题 mapman染色体视图没有彩色

老师:请教一下,我这个是哪存设置问题吗,怎么没有彩色呢?

问题 查找共线性基因的问题

BLAST结果如下图,应该是没问题的,gff表格如下图,应该也是对的,,,可是运行MCSCANX查找共线性时,怎么会没结果呢?

问题 结合转录组分析基因家族

老师,您好,我下载了别人发表的转录组数据,想拿结合做热图,但是文件太大,有十几个G,这样的文件该怎么打开筛选表达量数据呢