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文章 一键显示影响因子与分区

...程 这里编以谷歌浏览器的安装为例,给大家介绍一下如何安装Scholarscope插件。 1. 安装谷歌浏览器,如果不能正常使用谷歌浏览器的话,可以参考文章《谷歌学术搜索可以用了!》安装一下谷歌助手。 2. 点击以下链接进入chr...

文章 如何绘制SNP密度图

高通量测序横行的时代,主角分子标记也从SSR变成了SNP;无论是重测序还是转录组都会生成SNP信息,下面,编教你画一个高逼格的SNP标记在不同的染色体的分布密度图(如下图所示): 该图使用 CMplot 包来绘制,不过需要...

文章 机器学习文章套路-预测土壤枯萎病-ISME IF=9

...的方法包括:随机森林(RF)、支持向量机(SVM)和逻辑回归(LR)。作者分别对发病土壤和健康土壤的微生物群落进行学习并构建分类模型,根据准确度,作者选择了随机森林(一种用于分类和回归分析的稳定机器学习算法)...

文章 植物学家奇思妙想-改造基因组培育辣味番茄!

...的论文,论文中作者详细梳理了辣椒素的生物合成机制,比较了辣椒和番茄的相似性,认为虽然具有挑战性,但通过CRISPR/Cas9等基因编辑技术激活辣椒素基因在番茄中表达,有望创造出高产辣椒素的番茄。不过作者培育辣味番茄...

文章 计算lncRNA 与基因的表达相关性

...码gene  (pc gene) 间的表达相关性,一般采用皮尔逊相关系数。具体如何做呢? 1.  首先获得lncRNA 的表达矩阵 > head(lncRNA) lncRNA1 lncRNA2 lncRNA3 lncRNA4 lncRNA5 sam1 7.80 5.81 6.40 6.11 4.87 sam2 1.47 1.75 2.49 2.20 2.02 s...

问题 比较基因组数据分类

老师我想知道我做比较基因组的韦恩图数据在哪个文件里,我想知道我做的物种里特有的基因家族但是我不知道在哪个文件里

文章 SOM(Self-organising maps,自组织)简单介绍

...权重和 SOM 网格中靠近它的神经元会朝着输入矢量的方向调整。一旦确定了 BMU,下一步就是计算其它哪些节点在 BMU 的邻域内。自组织的组成部分初始化:将所有连接权重初始化为随机值。竞争:输出节点相互竞争激活的机会,...

问题 比较基因组学分歧时间脚本

老师好,我在运行比较基因组学分歧时间10和11.的脚本的时候,遇到如下报错,请问该怎么解决?

问题 GEO2R三组之间怎么比较呢?

请教老师,看了一些GEO2R的教学视频,都是分两组进行比较(normal and tumor),想问下三组之间怎么比较呢? 正常对照组、疾病组、治疗组,然后想看看药物对疾病的靶点

文章 NBT同时两篇文章:单细胞数据分析流程 比较

7种单细胞测序技术比较:https://www.nature.com/articles/s41587-020-0465-8 13种单细胞测序技术比较:https://www.nature.com/articles/s41587-020-0469-4

问题 比较基因组学共线性分析

比较基因组学共线性分析运行这个命令时候报错,请问是什么东西没有安装正确啊?

问题 动植物比较基因组

老师您好!我想请问一下在动植物比较基因组的全部分析过程中,分析过程中你们都用到什么软件,软件是什么版本的,以及这些软件的具体使用过程。麻烦告知一下,非常感谢。

文章 SCI文章绘图及数据统计暑期班

....收藏贴-基因/蛋白功能注释、富集分析在线工具详解 3. 如何下载基因组及查找基因 4. CDS、cDNA、ORF等等傻傻分不清 5. qRT-PCR相对定量计算详解 6. 绘一棵超酷炫的系统发育树! 7. 100+篇2019年基因家族分析SCI(1-3月发表)免...

文章 linux下samtools安装指南

...都是基于比对结果来进行后续各项分析的,比对结果格式比较常见的是sam和bam文件,例如转录组Tophat分析软件输出的比对结果为.bam文件,而重测序中BWA、bowtie等比对软件则主要输出为.sam文件。 samtools是一个用于操作sam和bam文件...

问题 你好,我在做麦GWAS分析时,按照脚本过滤生成clean.vcf.gz文件,文件变得非常怎么回事,修改过滤参数还是一样,到进化树分析时显示文件为空,有人能解答吗