问题 WGCNA分析中，导入txt的性状数据时（数据为12行样本，10列性状数据），报错Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 1 didot have 12 elements。但是数据如果是12行样本，8列性状，不会报错

各位老师，WGCNA分析中，导入txt的性状数据时（数据为12行样本，10列性状数据），代码为traitData = read.table("liunatrait1.txt",row.names=1,header=T,comment.char = "",check.names=F)但是报错Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec...

文章 Linux环境下从百度网盘上传、下载数据

...tall bypy -i https://pypi.doubanio.com/simple 2. 授权     首先把数据上传到百度网盘，打开浏览器，登陆百度网盘，保持此页面。     回到linux系统，输入 bypy info     从Linux输出屏幕中得到一个链接，复制到浏览器打开（第一步...

问题 请问没有我研究物种的基因组数据，可以用近源物种的基因组数据进行基因家族成员鉴定吗

我能查到的是转录组数据还是SRA，和叶绿体基因组数据，就是没有全基因组数据

问题 老师您好，请问怎么从GEO中几万个基因数据中找出几千个想要的基因数据呢？或者我已经筛选出了差异表达基因，我怎么找到这些差异表达基因的具体数据？

问题 老师您好，您之前的文章有一篇《TCGA临床数据各列含义》，有一部分临床数据找不到，请问有没有官方文档可以找到全部临床数据各列含义？

问题 想请问安捷伦双通道芯片数据得到了cy5和cy3通道的数据，想要做一些其它的分析，请问可以单独提取cy5的数据吗？然后对cy5中的数据重新进行别的分析？比如细胞类型反卷积之类的

我想要分析cy5通道样本的变化，能否只单单提取出cy5通道的样本呢？表达矩阵是通过exp=exprs.MA(averMAList)这个操作得到的

文章 微生物生态研究中常用数据库简介--转载

...列等。拿到序列后，面临的一个重要问题就是：选择什么数据库进行比对才能得到较好的分类鉴定结果呢？其实针对每一类生物的主要marker序列都有相应的数据库以方便比对鉴定。今天卢瑟菌就和大家简单聊一下微生物生态研究...

文章 芯片灰度图

...象直接可以绘制出每一个样本芯片的灰度图， 以GSE66196数据为例，绘制第一个样本灰度图。 image(AffyBatch[,1]) 相关课程：GEO芯片数据挖掘、GEO芯片数据标准化、R语言画图 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你...

问题 数据分析

通过GEO数据库和TCGA数据库分析得到的关于同种癌症的差异表达基因，能不能通过韦恩图将两个差异基因数据合并寻找交集进行分析？

问题 RNA seq要用什么数据来构建WGCNA

  RNA SEQ数据有原始的计数数据，标准化后的计数数据，还有转化后的FPKM或者RPKM数据这么多种。请问各位老师，应该拿哪一种数据来构建WGCNA网络

文章 利用 NAS 对实验室数据进行存储备份

...上，遇到质疑时最有力的回击方式之一就是提供原始实验数据。遗憾的是，并不是所有原始实验数据都能被很好地保存。一方面，古老文章的实验数据往往记载在纸上，时间一长比较容易受损或者丢失。另一方面，在管理不善的...

问题 转录组数据

老师您好，我想画热图，所以在GEO数据库中下载了转录组数据，但是我发现下载的数据基因ID和我的对不上，这怎么办呢？

文章 NCBI 数据下载

已发表的文章的原始数据往往会公布出来，大家可以基于原始数据进行信息深挖，结合自己的生物学问题也可以撰写出不错的文章。 这些公开的数据大部分会上传到大型数据库，少部分会进行自己网站的构建后放在自己的网站...

问题 转录组数据，数据分析时，Read1,Read2是什么？

问题 怎么用公用数据库收集某种疾病相关的蛋白质质谱数据集