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文章 cactus下载

...rativeGenomicsToolkit/cactus ·GitHub 如果下载的是源代码或者在docker里面使用可以参考这个: cactus/README.md 在 v2.9.9 ·ComparativeGenomicsToolkit/cactus ·GitHub 检测使用: source venv-cactus-v2.9.9/bin/activate# 看看能不能找到which cactus# 看看版本编...

文章 STAMP使用(组间差异)

...易云课堂上有各种教学视频,有兴趣可以了解一下: 1.docker 生物信息工具安装 2.OTU网络图 3.R 语言入门与基础绘图 4. 转录组标准分析后的数据挖掘 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读 6. 更多学习内容:linux、perl、R语言...

文章 重测序群体遗传进化分析之—进化树构建

...前期数据准备与后续进化树构建分析: #运行环境准备:docker镜像启动#镜像下载:docker pull omicsclass/pop-evol-gwas:v1.3#启动遗传进化镜像docker run --rm -it -m 4G --cpus 1  -v D:\pop:/work omicsclass/pop-evol-gwas:v1.3#对vcf文件进行数据过滤...

文章 远程服务器登录putty(云服务器,实验室服务器等)

...程 6. 生物信息入门到精通必修基础课:linux系统使用、docker搭建生物信息分析环境、实验室linux生信分析平台搭建、linux命令处理生物大数据、perl入门到精通、perl语言高级、R语言画图、R语言快速入门与提高、python语言入门到精...

文章 cactus 软件:从基因组比到泛基因组分析​

...kit/cactus/blob/v2.9.9/BIN-INSTALL.md 如果下载的是源代码或者在docker里面使用可以参考这个: https://github.com/ComparativeGenomicsToolkit/cactus/blob/v2.9.9/README.md 检测使用: source venv-cactus-v2.9.9/bin/activate# 看看能不能找到which cactus# 看看版本编...

问题 重复序列注释问题

老师您好,我在用 omicsclass 的docker 镜像进行基因组重复序列注释时,出现如下错误该如何解决?  W tensorflow/stream_executor/platform/default/dso_loader.cc:64] Could not load dynamic library 'libcuda.so.1'; dlerror: libcuda.so.1: cannot open shared object file: No ...

问题 Admixture算STRUCTURE,出来的CV erro值随着K增大而递增是怎么回事,算了好几组数据都这样

...果的CV值都随着K增大而递增,用的是群体遗传进化课程中docker的代码,如下: workdir=/work #设置工作路径 refdir=$workdir/ref datadir=$workdir/data scriptdir=$workdir/scripts export PATH=$scriptdir:$PATH GROUP=$datadir/yuan.txt #LD过滤 plink --vcf  $wo...

文章 生成OTU方法如何选择,OTU/ASV?

...易云课堂上有各种教学视频,有兴趣可以了解一下: 1.docker 生物信息工具安装 2.OTU网络图 3.R 语言入门与基础绘图 4. 转录组标准分析后的数据挖掘 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读 6. 更多学习内容:linux、perl语言画...

文章 qRT-PCR相对定量计算详解 qPCR

...程 6. 生物信息入门到精通必修基础课:linux系统使用、docker搭建生物信息分析环境、实验室linux生信分析平台搭建、linux命令处理生物大数据、perl入门到精通、perl语言高级、R语言画图、R语言快速入门与提高、python语言入门到精...

文章 canda 安装的jcvi 遇到字体错误: UserWarning: findfont: Font family [u'sans-serif'] not found. Falling back to DejaVu Sans (prop.get_family(), self.defaultFamily[fontext]))

...课程6. 生物信息入门到精通必修基础课:linux系统使用、docker搭建生物信息分析环境、实验室linux生信分析平台搭建、linux命令处理生物大数据、perl入门到精通、perl语言高级、R语言画图、R语言快速入门与提高、python语言入门到...

文章 机器学习文章套路-预测土壤枯萎病-ISME IF=9

...研究微生物多样性,您选对区了吗?11.微生物多样性分析docker镜像使用12.生成OTU方法如何选择,去噪还是聚类?13.微生物多样性组间差异分析—STAMP使用!14.16S rDNA你知道多少?

文章 TCGA数据库重大更新-数据如何下载?

...ormaticsFMRP/TCGAbiolinks") 或者用我们组学大讲堂提供的最新 docker镜像,里面已经更新了最新的TCGAbiolinks包:  omicsclass/r-server:lastest 用命令行代码《tcga_gene_exp_download.r》自动下载表达数据,运行命令如下: Rscript tcga_gene_exp_download....

文章 cactus-bin-v2.9.9 安装笔记

...i}; done````vcfwave` isn't included in the release binaries (but is in the docker image).  You can can try building it and adding it to `bin/` with the following command```build-tools/downloadVCFWave```## TestingTo test Cactus, the following will run a tiny sumulated alignment.```cactus ./jobstore ...

文章 2区纯转录组文章如何写作?

...,不可错过,内容涵盖:   (1)生信语言与工具基础:Docker安装与使用、linux系统入门、Perl语言入门到精通、Python生信入门到精通、perl语言高级编程   (2)生信绘图技能:R语言基础与绘图、R语言绘图基础(ggplot2)   (3...

文章 宏基因组的基因组binning-BASALT 介绍和用法

...LT.zip ~/.cachecd ~/.cacheunzip BASALT.zip 其他的还可以尝试使用docker, conda,singularity等软件安装,网页里都有写, 软件的运行需要samtools,CheckM2等一系列辅助软件,需要在环境变量里有 03 — 使用方法 1. 输入准备: 原始数据:每个样本...