文章 对组装结果中GAP左右批量设计引物

...getcwd);use Getopt::Long;use Data::Dumper;use FindBin qw($Bin $Script);use File::Basename qw(basename dirname);use Bio::SeqIO;my $BEGIN_TIME=time();my $version="1.0";# ------------------------------------------------------------------# GetOptions# ----------------------------------------------------...

文章 Perl正则表达式

...存放在$_变量中,并对$_进行替换处理.        while(<FILE>){print if(m/error/);}#这一句稍微复杂一些,他将打印FILE文件中所有包含error字符串的行.     Perl的正则表达式中如果出现(),则发生匹配或替换后()内的模式被Perl解释器自...

文章 Linux三剑客之grep-文件中的信息捕获

...达式进行复杂的信息捕获。 基本语法 grep [选项] PATTERN [FILE...]# PATTERN：要搜索的字符串或正则表达式。# FILE：要搜索的文件名，多个文件用空格分隔。 其中每个[选项]所代表的意思如下： 正则表达式选择与解析： -E， --extend...

问题 老师，你好。orthofinder运行是出现too many values to unpack问题怎么解决

问题 变异结果统计与绘图时，最后一步出现Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 17 did not have 34 elements的问题，查看文件发现并没有缺失的部分，怎么解决

... "darkgreen,yellow,red" -t "SNP Density"这条代码后出现Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :   line 17 did not have 34 elements的问题， 查看了第17行，34个元素都在，并没有缺失

问题 各位老师好，在做mcscanx共线性分析的时候，提取pep.fa的时候，pep.fa应该是输出文件，结果报错Could not read file 'pep.fa': No such file or directory

脚本内容如下 报错信息如下 如果创建了pep.fa的空白文件的话程序可以正常运行，但是文件没有输出结果。 希望各位老师能够答疑，小弟感激不尽！

问题 在进行KAKS计算时出现不报错，但结果文件是空的现象

...txt<br>Method(s): MA<br>Genetic code: 1-Standard Code<br>Please wait while reading sequences and calculating...<br>manager@bl8vbox[dupl-id1]  这是无结果文件输出的显示！ manager@bl8vbox[dupl-id1] /home/manager6/KaKs_Calculator2.0/KaKs_Calculator2.0/bin/Linux/Ka...

文章 LTR_HARVEST的并行软件LTR_HARVEST_parallel

...hive/refs/tags/v1.6.5.tar.gz tar zxvf  v1.6.5.tar.gzcd genometools-1.6.5make -j4# make -j4 install prefix=~/gt 2. LTRharvest 使用 使用之前需要用suffixerator 进行库构建 genometools-1.6.5/bin/gt suffixerator -db 基因组 -indexname 前缀 -tis -suf -lcp -des -ssp -sds -dnagenome...

问题 cafe做基因家族扩张和收缩，报错Failed to initialize any reasonable values

...提示： 不再具体提示差异大的家族ID，但还是报错Failed to initialize any reasonable values，请问各位老师这是什么原因？是因为我选的物种差异太大的原因么？选择的9个物种都是同一个门的物种。请问有什么解决办法么？

问题 我在进行比对的时候就无论怎样都报错Warning: [Errno 2] No such file or directory: '/home/chn/文' (ERR): Read file '/home/chn/文' doesn't exist Exiting now ...求大佬解惑

文章 tassel 软件做GWAS关联分析多年多点表型数据整理格式

...ot require users to provide information on number of rows and columns. The file starts with the key word <Trait> followed by names of columns. The column for line should not be labeled and elements are tab delimited. Example 1, Simple list of trait values: Example 2, Traits data collected ...

文章 NCBI 基因组文件下载——datasets

...tasets download genome accession GCA_027406505.1 --include  genome,gff3 --filename GCA_027406505.1.zip 3. 帮助信息 ./datasets --helpData Retrieval Commands  summary     Print a data report containing gene, genome or virus metadata  download    Download a gene, genome or virus dataset...

文章 从docker file 导入docker

例如导入NCBI安装好的sratoolkit工具的docker镜像，免去安装的麻烦：https://github.com/ncbi/docker/tree/master/sra-toolkit   目前最新的版本2.10.4：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software

文章 R报错‘length(x) = 12 > 1' in coercion to 'logical(1)’

运行R报错： 解决： 将脚本中group$group == treat || group$group == control中“||”改为“|”，即改成group$group == treat | group$group == control || 和 | 都是表示“或”，区别是||只要满足第一个条件，后面的条件就不再判断，而|要对所有的条...

文章 LD连锁不平衡--PopLDdecay软件下载安装

下载安装PopLDdecay git clone https://github.com/BGI-shenzhen/PopLDdecay.gitcd PopLDdecaychmod 755 configure;./configure;make; 执行./bin/PopLDdecay，出现以下界面，即安装成功。