问题 老师，您好，我在16S数据实操中的qiime聚类生成otu的第一个方法中操作 pick_de_novo_otus.py 这一步，缺少了很多文件，之后我又单独操作的，在操作第三步 # Assign taxonomy command 时，没有出现qiime_rep_set_tax_assignments.txt 这个文件，第四步也没有办法操作，是哪里出问题了呢

问题 LD衰减分析

老师，您看我的两个群体绘制的LD图有点奇怪，其中一个是垂直下来的，这种是怎么回事

文章 LD衰减距离

LD衰减的速度在不同物种间或同物种的不同亚群体间，往往差异非常巨大。所以，通常会使用1个标准——“LD衰减距离”来描述LD衰减速度的快慢。 LD衰减距离通常指的是：当平均LD系数衰减到一定大小的时候，对应的物理距离。...

问题 转录组问题

老师您好，我想问一下，我做的转录组数据，处理与未处理之间的差异显著的基因，上调基因远远大于下调基因，怎么解释原因呢？谢谢老师

文章 sort: write failed: /tmp/sort0JADkd: No space left on device报错

... failed: /tmp/sort0JADkd: No space left on device 这个错误提示表明在设备上没有剩余的空间用于存储 sort 命令生成的临时文件。通常情况下，sort 命令在执行时会生成一些临时文件来辅助排序操作，但由于磁盘空间不足，无法写入这些临...

文章 绘制HIC热图

使用HiC-Pro和EndHiC软件可以实现以下HIC热图绘制。 一.运行HiC-Pro 文件准备： 1.准备index文件 bowtie2-build  genome.final.fa genome.final 2.准备annotation文件 要有两个：  第一个是bed文件，通过软件包里面HiC-Pro-3.1.0/bin/utils/digest_genome.p...

问题 如何查询hmmer 版本？

我安装完虚拟机之后，hmmer，meme等的版本应该怎么查呢？

问题 终端没反应

老师您好。我终端一直开启，大约两个小时没有跑程序，然后再ll后就没反应。回车后就到下一行，输入命令也没反应，这是怎么回事呢？

问题 命令

这条命令和书写到底哪有问题啊？

问题 单细胞测序数据FindAllMaker查找不同Cluster的Marker基因时报错

#快速找出所有细胞类型的差异/Marker基因 Rscript $scripts/seurat_FindAllMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \  -p FindAllMarkers --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25 ，执行此代码后报错：Warning: When testing 20 versus all: every gene...

问题 老师好，我在虚拟系统中筛选出53个基因，去两个网站上比对结构域，结果不同且差异较大，我选择了pfarm网站中的53个基因。但是再构建进化树时用邻接法却提示我序列差异太大，画不出来。然后我删掉了序列很短的基因6个。就画出来了。请问老师，我是应该筛掉基因还是用最大简约法画树。希望老师指导。谢谢！

问题 Error in seq.default(grps[start] + 1, grps[start + 1] - 1) : 'from' must be of length 1此外: Warning messages: 1: In file(con, "r") : InternetOpenUrl失败:’不能连接到吊销服务器，或者未能获得最终响应。' 2: In readLines(...) : 读'http://bioconductor.org/config.yaml'时最后一行未遂

在rstudio中运行 BiocManager::install("TCGAbiolinks")，迟迟无法下载数据，并显示上方错误，请问怎么解决

问题 文献检索

请问如何找到关于淮稻5号基因组的遗传图、物理图和测序的相关信息的文献？

问题 mcscan运行出错

请问为什么block和bed文件对应不上呢

问题 叶绿体基因组组装过滤代码错误

如题，我的订单号是：o_1744963744_680208a03f515_893847V2，在学习视频过程中，老师讲如果组装不成环，可能考虑是不是原始数据的问题，进而根据数据库过滤数据后在进行组装。但是原始代码中@被samtools识别为未知符号。所以bwa比对...