问题 补充细节： 运行WGCNA代码后，12_Network heatmap plot_all gene.pdf 这个文件总显示文件大小为0

...为0，打开时显示“格式错误，文件已损坏”。请问这该怎么解决呢？非常感谢 老师，我刚重新运行后，看到错误提示是：Error in dev.off(): internal read in PDF_endpage   请问该怎么解决呢？

问题 自己电脑的docker image镜像如何共享到服务器的docker中

...望老师能够出一个教程（文字或视频版都可），展示关于怎么保存镜像、拷贝的镜像放服务器的哪个目录、以及怎么加载这个镜像的过程。 ps：服务器的Linux版本是centos7 —————————————————————————...

文章 顺势作用元件预测结果说明

在顺式作用元件的预测结果中有一个结果表格，以下是对文件中每一列的详细说明： 第一列：基因ID； 第二列：顺式作用元件ID； 第三列：顺式作用元件碱基序列； 第四列：起始位置，顺式作用元件在基因promoter序列上的起...

问题 老师您好，我最近在鉴定的一个基因家族，它没有专属的PF号，只有两个具有PF号的保守结构域，但是具有这两种保守结构域的不止这一类蛋白，hmm搜索筛查之后剩下了90多个基因，但是正常的家族成员应该只有20-40个，我可以用拟南芥里已知的成员做进化树来进一步筛选吗？

问题 老师，在学习扩增子高级分析群落数据co-occurrence network分析，运行代码network=net_pro(igraph) 出现报错 Error in average.path.length(igraph) : At core/paths/shortest_paths.c:188 : Weight vector must be non-negative, got -0.509662. Invalid value

问题 老师您好，最近在分析基因家族结构的时候遇到了问题。用视频中get_gene_exon_from_gff.pl脚本提取CDS信息时文件为空（参考基因组gff文件只有CDS信息），之后手动提取基因家族序列信息形成gff文件，用TBtools作图也出现了问题，不知道是什么原因？麻烦老师帮我看看呢？

手动提取gff文件长这样 TBtools长这样 ？？？

文章 TCGA数据分析机构及编码汇总 Center

...t.edu CGCC Broad Institute of MIT and Harvard BI 麻省理工学院和哈佛大学博劳德研究所 2 hms.harvard.edu CGCC Harvard Medical School HMS 哈佛医学院 3 lbl.gov CGCC Lawrence Berkeley National Laboratory LBL 劳伦斯·伯克利国家实验室 4 mskcc...

问题 基因家族成员命名问题

老师您好，在分析的时候我发现该物种的基因ID从小到大排序与染色体从小到大不一致，比如基因ID 为1，2，3，4，5，他们分别分布的的染色体为chr5，chr2，chr4，chr3，chr1，这样的话我是按照基因在染色体的位置顺序命名，还是按...

问题 Bioconductor包安装时出现警告，导致最后出来的图片部分缺失

教程中推荐安装步骤 Bioconductor包安装 R source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite(c("genefilter","ballgown","edgeR")) quit(save="no") 紧接着跑差异分析 echo "Step8: difference expression analysis " cd /var/data/work/ DE_HTSEQ=/var/data/work/5.de mkdir -p /var/dat...

文章 KEGG数据库-pathway对应基因的注释信息下载

...。 前面我们介绍了KEGG 数据库中蛋白序列的下载方式，现在来介绍一下patyway 相关数据的下载方式。这个主要采用KEGG 的API 进行获取，思路如下： 1. KEGG 有那些pathway ?  访问的API地址是： http://rest.kegg.jp/list/pathway 通过该API ，...

问题 MCScanX 下游dual_synteny分析

老师，我在分析两个物种间的共线性时在下游分析时报错，报错结果见图，数据截图也给出，麻烦帮我看看，谢谢！ 报错截图 gff文件 控制文件 生成的共线文件

问题 使用RNA-seq有参转录组课程提供的demo数据，进行参考基因组索引建立后与老师得到的结果不一致

如题，使用RNA-seq有参转录组课程提供的demo数据，进行参考基因组索引建立后与老师得到的结果不一致，请问是什么原因？我得到的没有5和6，而且1和2是空文件。

问题 log2 (FPKM) 画热图

已经有了基因在根、茎、叶中的表达数据，想根据FPKM值来绘制热图。在处理FPKM值时遇到问题：log2 (FPKM) 是指以2为底数，算这个值吗？还是以10为底数，2倍FPKM来算值？请知道的同学或老师帮忙回答一下，谢谢大家~

问题 通过blast比对来确定基因家族

我要研究的基因家族没有hmm模型我能利用您在： #######################共线性分析，基因加倍与串联重复分析MCScanX这一章节中的blast来分析我的基因家族在特异物种的蛋白序列来进行分析嘛？ 就是利用这个手段来找到我这个基因家...

文章 iTOL修改进化树的标签基因ID名称

...学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读 6. 更多学习内容：linux、perl、R语言画图，更多免费课程请点击以下链接： htt...