问题 hisat2中提示"/work/my_rnaseq/ref/Gmax_508_v4.0.fa" does not exist

查了路径，设置好了，也重新进入docker重设路径了，还是不想，一直提示不存在

问题 老师，请问我如何操作这4个exl才能得到完整的像课程中的一个VCF？直接复制粘贴exl到一个txt？

ding的SV数据.xlsx 表9-12应该是需要的SV文件;如何将4个exl变成vcf文件呢？

文章 deepseek绘图之--多组学瀑布图

...短短5分钟内完成一幅专业的多组学瀑布图，助您在科研工作中以极致的效率和专业度获得竞争优势！ 初步构建绘图提示词 要绘制转录组与代谢组瀑布图，为了让他更高效的出图,我们尽量描述的详细一点，这样能够减少我们后...

问题 MCscan运行问题：ZeroDivisionError: float division by zero

...most recent call last):  File "/usr/lib/python2.7/runpy.py", line 174, in _run_module_as_main    "__main__", fname, loader, pkg_name)  File "/usr/lib/python2.7/runpy.py", line 72, in _run_code    exec code in run_globals  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/jcvi/graphics/karyotype....

文章 cactus下载

...t https://github.com/ComparativeGenomicsToolkit/cactus/releases/download/v2.9.9/cactus-bin-v2.9.9.tar.gz 安装配置： # 解压缩tar -xzf cactus-bin-v2.9.9.tar.gz# 进入文件夹cd cactus-bin-v2.9.9# 要构建 python virtualenv 并激活，执行以下步骤。这需要 Python 版本 >= 3....

文章 samtools使用

...mapping quality >= INT [0] # 比对的最低质量值，一般认为20就为unique比对了，可以结合上述-bF参数使用使用提取特定的比对结果 -@ Number of additional threads to use [0] # 指使用的线程数 下面来看几个例子，如果想要比较直观的结果，...

文章 环境因子分析

...))) #   } # } ``` ## 2.读入数据并做处理 ```{r } #设置工作目录 #setwd("D:\\网络培训\\微生物扩增子分析实操\\ENV环境因子分析") #读取数据 env=read.table("data/env.txt",header=T,sep="\t",row.names = 1,comment.char = "",stringsAsFactors = F) otu=read.t...

文章 微生物生态研究中常用数据库简介--转载

...库提供质控、比对、注释的细菌、古菌16S rRNA基因和真菌28S rRNA基因序列。目前其数据库最新版本为RDP Release 11.5，于2016年9月30日更新。更新后的数据库包含3,356,809条比对、注释的原核16S rRNA基因序列和125,525条真菌28S rRNA基因序列...

文章 perl中判断数组中是否含有某个元素

...号！ 看几个grep的列子： 过滤掉小数字 my @numbers = qw(8 2 5 3 1 7); my @big_numbers = grep { $_ > 4 } @numbers; print "@big_numbers\n"; # (8, 5, 7) grep返回大于4的值，过滤掉不大于4的值。 过滤掉新文件 my @files = glob "*.log"; my @old_files = grep {...

问题 老师您好，在基因家族分析中，进行共线性分析绘图时，一直出现一下报错，麻烦老师帮忙解答一下

...onda2/bin/python -m jcvi.graphics.karyotype --format=pdf --figsize=15x15 ph_seqid ph_layout06:27:19 [base] Load file `ph_layout`06:27:19 [base] Load file `PH.bed`06:27:20 [base] Load file `PY.bed`Traceback (most recent call last):  File "/biosoft/miniconda/miniconda2/lib/python2.7/runpy.py", line 1...

文章 最新研究：爱笑的人，论文质量一般不会太差......

...会测量法(如最新学术成果的跟随者或粉丝数)指标定义的工作成就呈正相关。 最后的结果表明： 在拥有同样数量的论文的前提下，满面笑容的科学家们的论文质量更高、被引次数也更多， 且他们的最新信息吸引的跟随者或粉...

问题 Orthofinder报错出现ZeroDivisionError: float division by zero

...  main(args)   File "/home/nick/data/software/scripts/cluster/reanalysis_20250731/psiblast/mmseq2/OrthoFinder-master/scripts_of/__main__.py", line 1344, in main     GetOrthologues(speciesInfoObj, options, prog_caller)   File "/home/nick/data/software/scripts/cluster/reanalysis_20250731/psibl...

文章 Bugbase表型预测

...和病原体含量可以帮助预测肠胃道的健康等。 3、BugBase工作流程图：输入两个文件，运行脚本，得到四种文件。 二、使用方式 1、在线网站.https://bugbase.cs.umn.edu/ 点击parse data,进入上传数据页面。输入的文件有两个，网站对...

问题 这条命令报错cat ../id.txt|while read ind;do cut -d" " -f1 ./check/${ind}_pep_need_to_confirm.fa|sed -e "/^>/ s/$/_${ind}/g" -e "s/\*//g" > ./check/${ind}_pep_need_to_confirm.fas

问题 Python 版mcscanx出现AttributeError: 'LayoutLine' object has no attribute 'order'

$ python2.7 -m jcvi.graphics.karyotype  --format=pdf  --figsize=15x5 hv_at_mcscan_seqid hv_at_mcscan_layout 17:22:57 [base] Load file `hv_at_mcscan_layout` 17:22:57 [base] Load file `hv.bed` 17:22:58 [base] Load file `at.bed` Traceback (most recent call last):   File "/home/chenxh/miniconda3...