文章 双通道芯片MA和density

limma包可以对芯片数据进行处理，读取的原始数据格式的也比较多，包括gpr、txt等，这些文件格式和芯片图片处理软件有关。 而经过数据读取之后，获得RGList或者EList，前者对应双色芯片，后者对应单色芯片。 一般双色芯片RGLi...

文章 MNP标记设计

...bp）的滑动窗口 以5bp 的步长扫描基因组。多态性窗口的筛选标准为DP指标： DP= t / c ( N ,2)，其中c ( N ,2) 是N 个品种中任意两种的品种组合对数， t是每对品种在窗口内至少有两个分散的 SNP 的数量。之后使用misa[2]软件在全基因组...

文章 利用NCBI和Pfam数据库查找基因家族保守结构域相关信息

相近功能基因的检索方法 在做数据分析的时候很多老师经常需要搜索某一类功能的基因，有两种思路可以实现这一目标。第一种是直接序列比对，认为序列相似即具有相似的功能；第二种是利用这一类基因共有的蛋白保守结...

问题 如何下载NCBI中SAR数据库中的数据？

问题 我有几组16s扩增子数据分别为单端测序和双端测序数据，是否能将其一起分析，可以的话要对数据怎么进行处理

问题 想请问安捷伦双通道芯片数据得到了cy5和cy3通道的数据，想要做一些其它的分析，请问可以单独提取cy5的数据吗？然后对cy5中的数据重新进行别的分析？比如细胞类型反卷积之类的

问题 hmmer搜索提取结构域时出现错误

...搜索后的HSP20_domain_new_out_removed_redundant.txt文件为 用0.1来筛选获取序列出现错误。

文章 Excel多数据数值运算

准备好数据，在空白位置输入要上调的数字，这里以100,000,000为例。 按住Ctrl+C复制好100,000,000，然后选中要上调的数据。接着右键，点击选择性粘贴。 在选择性粘贴里面有个运算，选择里面的加 最后，所有的数据就会加...

文章 O2PLS-DA分析

两组学数据的正交偏最小二乘法判别分析（2-way orthogonal Partial Least Square with Discriminant Analysis ） O2PLS 模型用于两个数据组间的整合分析，包括系统生物学组学间关联、分子调控机制-表型间关联等各种大数据组的内在联系都可通...

问题 老师，您好，请问知道登录号的情况下，怎么在EMBL数据库里下载全基因组的表达数据，我想从中提基因家族的表达数据做热图

问题 怎么下载ICGC数据库里，某个基因的所有的突变数据

问题 老师你好，请问如何结合转录组数据分析某基因家族的表达量我有几个不同浓度胁迫下的转录组数据，想利用此数据分析一下某基因家族，请问如何结合转录组数据分析某基因家族的表达量?依据表达量画差异表达图？

问题 WGCNA分析中，导入txt的性状数据时（数据为12行样本，10列性状数据），报错Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 1 didot have 12 elements。但是数据如果是12行样本，8列性状，不会报错

各位老师，WGCNA分析中，导入txt的性状数据时（数据为12行样本，10列性状数据），代码为traitData = read.table("liunatrait1.txt",row.names=1,header=T,comment.char = "",check.names=F)但是报错Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec...

文章 Linux环境下从百度网盘上传、下载数据

...tall bypy -i https://pypi.doubanio.com/simple 2. 授权     首先把数据上传到百度网盘，打开浏览器，登陆百度网盘，保持此页面。     回到linux系统，输入 bypy info     从Linux输出屏幕中得到一个链接，复制到浏览器打开（第一步...

问题 请问没有我研究物种的基因组数据，可以用近源物种的基因组数据进行基因家族成员鉴定吗

我能查到的是转录组数据还是SRA，和叶绿体基因组数据，就是没有全基因组数据