文章 GEO在线分析工具--GEO2R进行基因差异表达分析

GEO2R是GEO在线分析工具，基于此工具可以对部分GEO样品数据进行基因差异表达分析。该工具主要针对芯片数据，借助R 及Limma包完成分析过程，用户只需要在网业上进行简单的点击等手动操作即可获得分析结果。 以下内容，将利...

问题 TCGA数据库下载基因表达数据TXT文件

我之前下载PRAD前列腺癌数据的时候，运行图二代码最后能够在文件夹里头找到RDA文件和TXT文件，但这次下载HNSC的时候，运行相同的代码只能在文件夹里头找到RDA文件而没有TXT文件

文章 双通道芯片MA和density

limma包可以对芯片数据进行处理，读取的原始数据格式的也比较多，包括gpr、txt等，这些文件格式和芯片图片处理软件有关。 而经过数据读取之后，获得RGList或者EList，前者对应双色芯片，后者对应单色芯片。 一般双色芯片RGLi...

文章 利用NCBI和Pfam数据库查找基因家族保守结构域相关信息

相近功能基因的检索方法 在做数据分析的时候很多老师经常需要搜索某一类功能的基因，有两种思路可以实现这一目标。第一种是直接序列比对，认为序列相似即具有相似的功能；第二种是利用这一类基因共有的蛋白保守结...

问题 如何下载NCBI中SAR数据库中的数据？

问题 我有几组16s扩增子数据分别为单端测序和双端测序数据，是否能将其一起分析，可以的话要对数据怎么进行处理

问题 想请问安捷伦双通道芯片数据得到了cy5和cy3通道的数据，想要做一些其它的分析，请问可以单独提取cy5的数据吗？然后对cy5中的数据重新进行别的分析？比如细胞类型反卷积之类的

文章 Excel多数据数值运算

准备好数据，在空白位置输入要上调的数字，这里以100,000,000为例。 按住Ctrl+C复制好100,000,000，然后选中要上调的数据。接着右键，点击选择性粘贴。 在选择性粘贴里面有个运算，选择里面的加 最后，所有的数据就会加...

文章 如何让生信大咖解决自己的问题

...很全的信息嘛？就不做筛选，给出特别多，或者直接代码数据一个压缩包发过来，"来，帮我改改"。或者大段的文字，有时还是直接拷贝的英文直接发过来。考没考虑过潜在回答者的心理阴影？作为求助者，要给别人提供最好的...

文章 O2PLS-DA分析

两组学数据的正交偏最小二乘法判别分析（2-way orthogonal Partial Least Square with Discriminant Analysis ） O2PLS 模型用于两个数据组间的整合分析，包括系统生物学组学间关联、分子调控机制-表型间关联等各种大数据组的内在联系都可通...

问题 老师，您好，请问知道登录号的情况下，怎么在EMBL数据库里下载全基因组的表达数据，我想从中提基因家族的表达数据做热图

文章 一秒让你读懂 DevOps 的本质及行业现状与趋势

...、频繁和可靠。 《RightScale2018 年度云计算调查》报告数据显示，DevOps 的整体采用率从 74% 上升到了 78%，同时企业的 DevOps 采用率达到了 84%。30% 的企业正在全公司范围内采用 DevOps，同比增长 9%。 这些数字的提升不仅代表了 De...

文章 转录组分析时，影响差异基因数量的因素有哪些？

    转录组分析时，差异表达基因的筛选标准一般为：Fold Change 大于等于2且FDR小于等于0.01，如果差异表达基因数量太少可以适当降低标准，差异表达基因数量太多适当调整。还有那些因素会影响差异表达基因的数量呢？ 第...

问题 怎么下载ICGC数据库里，某个基因的所有的突变数据

问题 老师你好，请问如何结合转录组数据分析某基因家族的表达量我有几个不同浓度胁迫下的转录组数据，想利用此数据分析一下某基因家族，请问如何结合转录组数据分析某基因家族的表达量?依据表达量画差异表达图？