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问题 R安装包报错ERROR: failed to lock directory

ERROR: failed to lock directory ‘/home/huangls/biosoft/miniconda3/envs/rna-seq/lib/R/library’ for modifying Try removing ‘/home/huangls/biosoft/miniconda3/envs/rna-seq/lib/R/library/00LOCK-stringi’

问题 python3.9: error while loading shared libraries: libpython3.9.so.1.0: cannot open shared object file: No such file or directory

报错

问题 java -version不是内部命令或外部命令或批处理文件

...装不成功。麻烦帮我看下，哪出错了。 JAVA_HOME D:\Program Files\Java\jdk-11 PATH(为啥我的会这么长一串) %SystemRoot%\system32;%SystemRoot%;%SystemRoot%\System32\Wbem;%SYSTEMROOT%\System32\WindowsPowerShell\v1.0\;C:\Program Files (x86)\Agilent\IO Libraries Suite\bin;C:\Pro...

问题 mRNAid_to_geneid.pl这个文件是所有基因共用的，还是不同基因这个文件也不同

mRNAid_to_geneid.pl这个文件是所有基因共用的，还是不同基因这个文件也不同

文章 linux行列互换

行转列样例文件如下 cat file.txt a b c d e f g h i 1、cat file.txt |xargs -n1 2、xargs -n 1 < file.txt 3、tr " "  "\n" < file.txt 4、sed 's/ /\n/g' file.txt   此命令在Linux上执行正常，在Mac上执行无效，原因是因为Mac上的sed是BSD版本，Linu...

文章 BLINK（C版本） 进行 GWAS分析的教程

...入到环境变量中或者手动指定软件路径 blink_linux --gwas --file myData --vcf --trait 2#--file 指定输入文件前缀#--trait 用来选择自己想要分析的表型，2代表第2个表型#注意 --gwas和--vcf后不加参数 运行之后得到以下结果：生成了map文件，...

文章 biolinux导入虚拟电脑失败，报错VBOX_E_FILE_ERROR VirtualBox Machine settings file already exists.

症状如上图，显示为：VirtualBox Machine settings file already exists.                   明细：Machine settings file 'C:\Users\administrators\VirtualBox VMs\Bio-Linux-8.0.7\Bio-Linux-8.0.7.vbox' already exists.         返回 代码: VBOX_E_FILE_ERROR  (0x80BB0004) ...

问题 参考基因组建立索引报错，这是什么原因？

...and line syntax is changing. ********** ********** For more information, please see: ********** https://github.com/broadinstitute/picard/wiki/Command-Line-Syntax-Transition-For-Users-(Pre-Transition) ********** ********** The command line looks like this in the new syntax: ********** *******...

问题 TCGAbiolinks下载“Copy Number Variation”在提取矩阵时报错（在下载miRNA和甲基化数据时也遇到这个问题）， expdat变量不是SummarizedExperiment这个类型，导致assay(expdat)不能提取，请问怎么解决

...ata.type = "Copy Number Segment")    GDCdownload(query, method = "api", files.per.chunk = 50)  expdat <- GDCprepare(query = query)    count_matrix=assay(expdat)  write.csv(count_matrix,file = paste(cancer_type,"Copy-Number-Variation.csv",sep = "-"))####报错> count_matrix=assay(expdat...

问题 老师您好！用SNPhylo构建系统进化树，该如何输入input file？

dnaml: can't find input file "infile"

文章 怎样画一张曼哈顿图CMplot

...", "red"), signal.col=c("red","green"),signal.cex=c(1,1),        file="jpg",memo="",dpi=300,file.output=TRUE,verbose=TRUE) 结果如下: 最后附上CMplot使用方法及常用参数： CMplot(Pmap, col=c("#377EB8", "#4DAF4A", "#984EA3", "#FF7F00"),      bin.size=1e6, bin...

文章 施一公：如何提高英文的科研写作能力

...，Jeremy急匆匆过来找我，拿了一叠纸， “This is the draft. Please let me know what you think. We can aim for a Science report.”（这是初稿，你看看如何，我们可以试试《科学》）我仔细一看，天啊！一共7页，四个多小时Jeremy已经把文章的整体...

问题 isoseq3 cluster 跑不出unpolished.bam

...e.flnc.bam unpolished.bam --verbose -j 24 --verbose --num-threads 24 --log-file cluster.log 本地的日志文件是： Read BAM                 : (398156) 11s 226ms                                                                                  ...

问题 R包安装

...R’ is not available for this version of R A version of this package for your version of R might be available elsewhere, see the ideas at https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages    请问老师，出现这种情况应该怎么处理？

问题 UPARSE to pick OTUs in QIIME

...just different version? Is there any methods using the algorithm of UPARSE to pick OTUs in QIIME? Althogh it can do in USEARCH, but I prefer QIIME.       Thanks!