文章 R语言基础入门—运算符！

...结果是布尔值。 运算符描述例& 它被称为元素逻辑AND运算符。它将第一向量的每个元素与第二向量的相应元素组合，并且如果两个元素都为TRUE，则给出输出TRUE。 v <- c(3,1,TRUE,2+3i)t <- c(4,1,FALSE,2+3i)print(v&t)#它产生...

问题 R语言出现error

当R studio运行 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 出现Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : cannot open the connection In addition: Warning message: In file(filename, "r", encoding = encoding) : InternetOpenUrl failed: '操作超时'。 请问怎么解决？

问题 进行16S分析时，对样品按照分组进行分类汇总出现问题。

...type，现在出现的问题是代码无法读取我的 metadata的head line，试过很多方法无法解决。###代码如下： mkdir taxa_summary_group for i in  type group;do   #这里的type group  来自metadata文件     collapse_samples.py -b feature_table_tax.biom -m $metadata \...

文章 单细胞 TypeError: load() missing 1 required positional argument: 'Loader'

...ack (most recent call last):   File "/share/work/biosoft/python/Python3/bin/scumi", line 4, in <module>     __import__('pkg_resources').run_script('scumi==0.1.0', 'scumi')   File "/share/work/biosoft/python/Python3/lib/python3.8/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 651, in run...

文章 基于R实现统计中的检验方法---T检验

...,Low,paired=FALSE)        Welch Two Sample t-testdata:  High and Lowt = 1.9319, df = 13.016, p-value = 0.07543alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 095 percent confidence interval: -2.263671 40.597005sample estimates:mean of x mean...

问题 检查数据是否正确时 出现以下错误：> exprSize = checkSets(multiExpr) Error in checkSets(multiExpr) : data does not appear to have the correct format. Consider using fixDataStructureor setting checkStructure = TRUE when calling this function.

...样解决？谢谢您，可以的话可否加个微信 18289816802 Error in multiExpr[[1]]$data : $ operator is invalid for atomic vectors Error in checkSets(multiExpr) : data does not appear to have the correct format. Consider using fixDataStructureor setting checkStructure = TRUE when callin...

问题 老师您好，问题是文中说到CPEB3 has a close positive correlation with cytotoxic cells, Th1 cells, and CD8 T cells（图a），为啥作者在正相关的一堆中提到了相关性不是最高的这三个，而在后面进一步分析中才提到TCM这中在图a中显示相关性最高的免疫细胞

文章 提取指定基因的fasta序列

...本，用法非常简单。 用法如下： perl /share/work/huangls/piplines/01.script/get_fa_by_id.pl <id><fa><OUT> 例如： perl /share/work/huangls/piplines/01.script/get_fa_by_id.pl id.txt input.fasta out.fa 其中 id.txt 为要提取的序列ID，input.fasta 为输...

问题 利用getGEO函数下载GSE数据时提示“Error in open.connection(x, "rb") : cannot open the connection”下载GDS，GPL和GSM都是正常的。

我就觉得奇怪了，下载GDS.GPL和GSM的时候都是正常的，就是这个GSE下载不了，就这样提示，谢谢！

问题 在进行WGCNA时，为什么会有如下报错，要怎么解决呢?：Error in hclust(dist(datExpr0), method = "average") : N must be at least 2.

问题 Error in UseMethod("groupOTU") : no applicable method for 'groupOTU' applied to an object of class "NULL" Calls: groupOTU Execution halted

各位老师，我在绘制进化树的过程中，使用命令ggtree.r -t fasttree.nwk -f $GROUP -g Group -n fasttree，运行后报错，出现下图报错，请问老师，我应该怎么处理呢？

问题 老师您好，在分析IBD的时候出现Exception in thread "main" java.lang.IllegalArgumentException: missing genotype separator (.)，这样的报错，VCF已经过滤，设置的是0.8，这是怎么回事

问题 GO富集气泡图和柱状图一样报错

Rscript go.dote.R -i LGO.txt -o result -n speci -H 6 -W 7 -T godote Warning messages: 1: In scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :   EOF within quoted string 2: In scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :   number of items read i...

问题 利用perl脚本提取基因上游的1500bp（指定位置）序列时提示出现Incorrect parameters to subseq的错误

...UT> " unless(@ARGV==3 );use Math::BigFloat;use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;$in = Bio::SeqIO -> new(-file => "$ARGV[0]",                                  -format => 'Fasta');$out = Bio::SeqIO -> new(-file => ">$ARGV[2]",                               ...

文章 biom格式的文件如何转化

... 0.0 0.0 0.0 0.0 3.0 0.0 k__Fungi; p__Fungi_phy_Inc 549c55efd9ef6cd14bd36400788f522b 34.0 30.0 0.0 0.0 3.0 9.0 7.0 5.0 0.0 19.0 20.0 6.0 0.0 0.0 3.0 10.0 0.0 0.0 4.0 0.0 k__Fungi; p__Basidiom...