问题 Error in UseMethod("groupOTU") : no applicable method for 'groupOTU' applied to an object of class "NULL" Calls: groupOTU Execution halted

各位老师，我在绘制进化树的过程中，使用命令ggtree.r -t fasttree.nwk -f $GROUP -g Group -n fasttree，运行后报错，出现下图报错，请问老师，我应该怎么处理呢？

问题 老师您好，在分析IBD的时候出现Exception in thread "main" java.lang.IllegalArgumentException: missing genotype separator (.)，这样的报错，VCF已经过滤，设置的是0.8，这是怎么回事

问题 GO富集气泡图和柱状图一样报错

Rscript go.dote.R -i LGO.txt -o result -n speci -H 6 -W 7 -T godote Warning messages: 1: In scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :   EOF within quoted string 2: In scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :   number of items read i...

问题 利用perl脚本提取基因上游的1500bp（指定位置）序列时提示出现Incorrect parameters to subseq的错误

...UT> " unless(@ARGV==3 );use Math::BigFloat;use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;$in = Bio::SeqIO -> new(-file => "$ARGV[0]",                                  -format => 'Fasta');$out = Bio::SeqIO -> new(-file => ">$ARGV[2]",                               ...

问题 perl 哈希输出的问题

...                     'name' => 'Gohir.A01G185500.1_and_Gohir.D01G176300.1',                              'motifs' => [                                            {                   ...

文章 biom格式的文件如何转化

... 0.0 0.0 0.0 0.0 3.0 0.0 k__Fungi; p__Fungi_phy_Inc 549c55efd9ef6cd14bd36400788f522b 34.0 30.0 0.0 0.0 3.0 9.0 7.0 5.0 0.0 19.0 20.0 6.0 0.0 0.0 3.0 10.0 0.0 0.0 4.0 0.0 k__Fungi; p__Basidiom...

问题 运行DESeq2出错

各位老师，可以帮我看一下吗 Error in h(simpleError(msg, call)) :   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': could not find function "cpm"Calls: std_two_condition_comp_deseq2 -> new_DGE_list -> rowSums -> .handleSimpleError -> h

文章 Python模块导入的 路径索引

...、以什么样的顺序调用的呢？ 在Python中有内建函数(built-in)、第三方库(site-packages)以及自义库三种可以 调用的模块。在 import时，Python的搜索顺序是先built-in模块，然后搜索 sys.path这个路径列表中的模块，其中自定义库和第三方...

问题 请问在运行利用exprs()获取表达矩阵 exprSet = exprs(gset)时，报错Error in (function (classes, fdef, mtable) : unable to find an inherited method for function ‘exprs’ for signature ‘"factor"’不知道什么原因？

请问在运行利用exprs()获取表达矩阵  exprSet = exprs(gset)时，报错Error in (function (classes, fdef, mtable)  :    unable to find an inherited method for function ‘exprs’ for signature ‘"factor"’不知道什么原因？

问题 Deseq分析差异表达基因时，我按照转录组自主分析课上教的方式运行，一直出现Error in `[.data.frame`(ori_data, , as.vector(f_mat[, 1]))，导致无法进行。想请教一下，如何解决这个情况。

Deseq分析差异表达基因时，我按照转录组自主分析课上教的方式运行，一直出现Error in `[.data.frame`(ori_data, , as.vector(f_mat[, 1]))，导致无法进行。想请教一下，如何解决这个情况。

问题 blast2go注释，报错“Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: org/jdom/JDOMException”，请问如何解决，详细一点

[root@iZ8vb8s8t9gi6cyewfy80bZ b2g4pipe]# java -jar blast2go.jar -in 122_cds_wanted.fa.tab -a -v -out 122_annot_result Blast2GO Pipeline Version 2.5.0 -------------------------------------- Hash for resource ec2go_19072011.txt of type ec created. 4003 associations loaded. Blast2GO build: 23092011 Ch...

问题 老师您好，我在作比较基因组学，麻烦您帮我看看这两个文件bed和cds有什么问题吗？因为出现AT3G10920 not in AT.bed这种问题

文章 使用fastp软件对fastq文件进行剪切

...里介绍如何对fastq文件进行剪切。 其命令如下: fastp --in1 data_yuanshi/Tres_2_1.clean.fq.gz --out1 Tres_2_1.clean.fq.gz --in2 data_yuanshi/Tres_2_2.clean.fq.gz --out2 Tres_2_2.clean.fq.gz  --trim_front1  15  --trim_front2 15  --correction --thread 8 参数： --in1    r...

文章 18年上半年，利用GEO/TCGA数据库发表文章超过1000+

...数据库发表的SCI论文：如： 1：An integrated lncRNA, microRNA and mRNA signature to improve prognosis prediction of colorectal cancer ，该文采用TCGA数据库中结直肠癌及癌旁组织的mRNA，lncRNA,miRNA进行差异表达，获得显著变化的分子，用于构建生存分...

问题 麻烦求助，在使用ncbi_gff_2_Ensembl_gff.pl这个脚本的时出现报错显示：cant find the string terminator "Usage end"...in line 10