文章 docker 中vi vim显示颜色配置

通常VIM配色方案文件存放在“/usr/share/vim/vim74/colors” ，具体位置可能略有差异。比如我的该目录下的内容为：（其中“.vim”就是配色方案） blue.vim default.vim desert.vim evening.vim koehler.vim morning.vim pablo.vim README.txt shine...

问题 老师，想请教一下TCGA基因表达数据的问题，我从xena.ucsc网页上下载了基因表达数据TCGA-CESC.htseq_counts.tsv；然后发现该数据中只有Ensembl格式的基因ID ，没有SYMBOL格式的。所以接下来进行基因ID格式转换，却发现同一个SYMBOL ID对应的多个Ensembl格式的ID，想问下老师，这种情况该怎么处理？同一个SYMBOL ID所对应的多个Ensembl格式ID的基因表达数据应该留下哪一个？

文章 circos|修改不同染色体之间区块block及连线link的颜色

...   </rule>         <rule>    #这条rule将Chr0和Chr7之间的所有连接都设置成蓝色             condition= between(Chr0,Chr7)             color= blue             flow= continue    #这个参数表示rule设置未完成，...

文章 hmmsearch寻找相似序列

...大的软件包，它的一般用途是识别同源蛋白或核苷酸序列和进行序列比对。与BLAST、FASTA等序列比对和数据库搜索工具相比，HMMER更准确。 再有HMM模型的情况下寻找相似序列可用hmmsearch，用法如下： hmmsearch --domtblout Ensembl.txt  ...

问题 在进行KAKS计算时出现不报错，但结果文件是空的现象

manager@bl8vbox[dupl-id1] /home/manager6/KaKs_Calculator2.0/KaKs_Calculator2.0/bin/Linux/KaKs_Calculator -i 2.axt -o kaks2.txt<br>Method(s): MA<br>Genetic code: 1-Standard Code<br>Please wait while reading sequences and calculating...<br>manager@bl8vbox[dupl-id1]  这是无...

文章 如何利用NCBI提取特定位置的基因组序列？

...接：遗传图谱构建与QTL分析6. 微生物16S/18S/ITS多样性分析和宏基因组分析，学习链接：宏基因组分析 ；微生物16S/18s/ITS多样性分析7. 细胞器基因组与比较基因组分析是真正的无需实验就可以发表2区期刊的文章思路，成本低，文...

问题 老师您好!在课程里边有两处都讲到串联重复基因，前面一种通过相似性大于0.75计算出来的串联重复基因对，后边一种通过McscanX计算出来串联重复基因对请问两种方法都需要进行吗?

问题 老师，请问，用Evolview美化进化树时，在添加background colors for leaf labels，提示error: error: at least one valid colorset data should be given; data not upload/ updated是什么原因呢

问题 我在进行比对的时候就无论怎样都报错Warning: [Errno 2] No such file or directory: '/home/chn/文' (ERR): Read file '/home/chn/文' doesn't exist Exiting now ...求大佬解惑

问题 老师，我有141个样品，现在IndexFeatureFile，tabix，bcftools都无法成功构建gvcf的索引，只有CSI格式能成功索引，这个格式在后续也用不了，这个gvcf索引还有其他的解决办法嘛，还是说我只能重新生成vcf文件了

文章 解决Rstudio Server卡顿问题

在使用Rstudio Server出现卡顿，这是因为每次打开Rstudio server时都会加载之前的工作。如果之前运行R代码使用了大量运行内存Rstudio会缓存大量数据，下次登录Rstudio加载缓存可能导致卡顿。 建议每次分析完数据保存好结果后，重...

文章 下载TCGA基因表达量文件，应该选Count,FPKM还是FPKM-UQ ?

...对应着不同的定量方法。 Counts 就不用说了，来看看FPKM和FPKM-UQ有啥差别，这个可以查看GDC的官方说明文档中的转录组分析部分，两者的计算公式：     RCg: 比对到基因上的reads数量     RCpc: 比对到所有编码蛋白基因上的...

问题 老师，您好，我在16S数据实操中的qiime聚类生成otu的三个方法中，都出现了运算中断的问题，不知道哪里出错了，在挨个进算的时候发现图中的这步运行有问题，老师您看看是哪里出错了(╥_╥)

问题 老师您好，我在运行megahit对200多个环境微生物宏基因组数据进行组装时，megahit报错Exit code -9

2025-05-26 07:57:39 - b'INFO  sorting/seq_to_sdbg.cpp       :  191 - Read 65536 reads to search for mercy k-mers' 2025-05-26 08:15:16 - b'INFO  sorting/seq_to_sdbg.cpp       :  191 - Read 65536 reads to search for mercy k-mers' 2025-05-26 08:27:54 - Error occurs, please refer to /data2...

问题 老师您好！我在使用ParaAT是报错，提示Generating homologous group files for alignments: 0，请问这个如何解决？

具体的错误提示如下： **************************************************************** Checking input parameters: [OK] Checking Epal2nal.pl: [OK] Checking multiple sequence aligner: muscle[OK] Checking output format: [OK] Checking output folder: [OK] Outputing input parameters: H...