老师，您好！最近我学了WGCNA的课程，跟着代码跑了一遍。我比较疑惑的是我们怎呢木材可以让所有模块出现在一张图立案，而不是出来很多颜色的模块文件，这样子我们一个处理下的数据出来的图是分开的
对找到的基因进行多序列比对 输出两种格式文件aln和phy aln格式文件如下： phy格式文件如下（缺少了一部分基因id）： 6.两种格式的文件aln和phy都将格式转换axt 后进行kaks计算都遇到报错not equal， aln格式转化后计算kaks时候如...
执行命令：perl $scriptdir/vcf_stat.pl -vcf snp.unknown_multianno.vcf -type snp perl $scriptdir/vcf_stat.pl -vcf indel.unknown_multianno.vcf -type indel 报错：2024-03-26 10:56:32: Rscript /work/my_reseq/scripts/barplot.r -i /work/my_reseq/5.var_ann/SNP_gene_ann.stat -o /work/my_reseq/5...
老师您好，在组学大讲堂学习了wgcna和cytoscape的课程，发现wgcna最后导出的用于cytoscape输入的文件有两个，分别是CytoscapeInput-nodes-文件和CytoscapeInput-edges-文件，但后续的cytoscape分析似乎只用到了edge文件，那请问nodes文件时用来做...
perl script/domain_xulie.pl data/NB-ARC_AT_hmm_outa.txt data/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa data/NB-ARC_AT_domain.fa 1.2e-28 并且尝试了perl-bioperl 的安装，但是安装成功后并没有Bio：：SeqID 模块，求解决
cd $workdir #回到工作目录mkdir 01.phylo_treecd 01.phylo_tree#文件格式转换run_pipeline.pl -Xmx5G -importGuess $workdir/00.filter/clean.vcf.gz \ -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter#最大似然法构建进化树#方法1：fasttree 构建进化树fasttree -...
...我生成bash命令批量完成： 点击链接查看对话详情： https://www.doubao.com/thread/w19bbe94b644bac3d 给我的命令： #!/bin/bash# 遍历当前目录下所有以 GSM 开头的文件for file in GSM*; do # 提取 _ 到最后一个数字的内容 identifier=$(echo "$fi...
最近在调试代码的时候，发现总是有问题，最后才发现是windows当中用记事本编辑过这个文件，导致换行符与linux当中不同，导致脚本出错。因此建议统一编码格式utf-8；避免由于换行符导致错误： 小知识windows中的换行符：\r\nlin...
大神老师，您可以再共享一次HGMD数据库么 我们团队在做先心病的核心家系研究，基于60个家系发现novel associated mutation的文章倒是好写，但是易感突变在临床上其实意义不大，我们始终想在临床上把这些患者家系给诊断清楚，经...
兰花空转文章： 数据空转GEO数据下载： wget -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE198128&format=file" -O GSE198128_RAW.tar 样本信息 #series_sample_iddevelopmental_stagetissuecodeSRRslideGSM5939574bud1-6FlowerAM559-ST-010001SRR18292617slide1GSM5939575bu...
Evolview这款在线软件在进化树修饰方面非常出色。在设置Bootstrap值的显示方式上也是非常的优秀。 设置方法 1.使用进化树“(A:0.1,(B:0.2,(C:0.3,(D:0.4,E:0.5)40:0.6)80:0.05)100:0.1)90:0.43;”进化树必须含有bootstrap值。 2.点击 “Basic > sho...
做WGCNA分析，数据量比较大，有45783个基因，但样本数只有12个。运行后得到的cluster dendrogram图中的module colors的颜色只能显示出蓝色，但我table(moduleColors)后得到的颜色模块还是很多的。想问下我这个操作是哪里出现问题了呢？万...
...片其实有两种，可以基于原理的不同可以分为 Infinium I, 和 Infinium II 。两者的检测原理可以用如下这张图来展示： Infinium I： 采用两个探针检测一个位点，分别是3‘端匹配和不匹配的探针。 Infinium II： 采用一个探针检测一个...
我使用ont数据填gapfill，将fq转换成fa之后，出现下面的报错：[root@dd575523c318 14:41:32 /work/kangding_ont/06.gapfill_hap1/ONTReads]# INFO : Run tgsgapcloser. from /share/work/biosoft/TGS-GapCloser/TGS-GapCloser_v1.2.1 ; Version : 1.2.1 ; R...