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文章 Rocks集群系统(cluster)的安装与管理维护

... insert-ethers -hostname="compute-0-3"  #安装计算节点指定名称 5.显示集群节点列表 rocks list host

文章 WGCNA剔除异常样本

做WGCNA分析，需要对基因和样本进行一定的筛选。一般来说，会采用如下的筛选方案： 1.  筛选掉基因表达丰低， 在各个样本中变化不大的基因 2. 筛选掉异常的样本 基因的筛选，比较好处理。但是异常样本比较难办，可以参...

问题 染色体挂载，bwa比对问题

您好，根据基基因组装与注释课程，我在做自己物种染色体挂载时，使用bwa aln 和bwa sampe 参数，提示 Unmatched SAI magic. Please re-run `aln' with the same version of bwa. 重装软件也不管用，这种情况怎么解决？

文章 如何有效利用企业资源，发挥Scrum最大优势？

...须有效利用企业来获得最大效益。 有效利用企业资源的5个步骤 第1步：明确企业需求，融汇贯通 深入思考什么才是企业真正想要的。或许先要有一个明确的使命宣言。再深入一点，探索业务目标。然后，思考实现这些目标的...

问题 SNP数据统计

...师，群体遗传中使用指令zcat clean.vcf.gz|grep -v "#"|wc -l查看不同样品共获得多少SNP，那如何查看每个样品各自拥有多少SNP呢？在该文件SNP_gene_ann.stat中可以查到每个样品的SNP，但是总数和使用指令zcat clean.vcf.gz|grep -v "#"|wc -l获得SNP总...

问题 SNP数据统计

...师，群体遗传中使用指令zcat clean.vcf.gz|grep -v "#"|wc -l查看不同样品共获得多少SNP，那如何查看每个样品各自拥有多少SNP呢？在该文件SNP_gene_ann.stat中可以查到每个样品的SNP，但是总数和使用指令zcat clean.vcf.gz|grep -v "#"|wc -l获得SNP总...

文章 R语言的小tip

...：输出pdf格式与png格式的图表时，两种格式中的字体大小不一致时，在使用size参数时，将字号用函数I()引起来 0-1标准化是指将数据按比例缩放，使之落入0-1区间：x=（x-min）/（max-min）

文章 barplot()R语言绘制状图

数据： OTU IDCRWMembrane Transport0.1232550610.1314609080.136381709Carbohydrate Metabolism0.1185871220.1152349450.101467081Amino Acid Metabolism0.0990784610.1023070980.098133001Replication and Repair0.0640276080.081496790.077107142Energy Metabolism0.0630605790.0669996830.055660175Translation0....

文章 Bowtie2使用方法与参数介绍

...缩. --al-bz2 <path> ... ,bz2压缩. --un-conc <path> 将不能和谐比对的paired-endreads写入<path>. --un-conc-gz <path> ... ,gzip压缩. --un-conc-bz2 <path> ... ,bz2压缩. --al-conc <path> 将至少能和谐比对一次以上的paired-endreads写...

问题 老师，我想问一下，第一列的1234这种数字代表的是啥呀？我能不能自己添加？

第一张是拟南芥的，第二张是我自己物种的，上传到基因结构分析分析网站GSDS网址的时候，它显示我的gff文件的第一列有问题让我检查（第三张图）

问题 MutMap_framework1.4.4

http://genome-e.ibrc.or.jp/home/bioinformatics-team/mutmap 需要下载MutMap Pipeline（MutMap_framework1.4.4.tar.gz），但这个网站好像下载不下来了，请问哪位有没有保存的给我发一份，万分感谢。

问题 mapman非模式植物基因注释时遇到的问题

Mercator3.6几秒就变成完成注释，但是页面下载点不了，Mercator4能够注释成功，但是得到的基因注释文件跟mapman的binname不一致，出图也是错位的

问题 mapman非模式植物基因注释时遇到的问题

Mercator3.6几秒就变成完成注释，但是页面下载点不了，Mercator4能够注释成功，但是得到的基因注释文件跟mapman的binname不一致，出图也是错位的

问题 课程里TCGA数据下载代码问题

...第二个问题，我按照给的代码运行，运行到这步报错了，不知道该怎么解决，希望老师能帮看看

问题 GBLUP模型问题

...-tcrossprod(X)/ncol(X)，分母的ncol(X)和常规的VanRaden G矩阵定义不一样，这个会对结果有影响吗？ （2）能否简单解释一下为什么GBLUP模型的预测值是这么计算的：y_pred = final_fm$mu + as.vector(G21 %*% solve(G11) %*% final_fm$ETA[[1]]$u)