问题 老师，转录组课程中一个基因提取一个蛋白序列作为基因代表序列用于同源注释，我152个基因，但是只提取出138个蛋白序列，没提取出来的在总的蛋白库里都有，想问下为啥提不出全部

问题 老师您好，我在运行collapse_samples.py这段代码用于物种注释时出错，出错信息为 qiime.parse.QiimeParseError: No header line was found in mapping file.请问该如何解决？

文章 nfs的一个缺陷

在linux下mount了另一台机器通过NFS方式共享出的目录，若后者宕机，那么前者的NFS分区即不可访问，使用umount不能够去除，df命令工作也不正常，等等。当然也可以重启消除此问题，可有几十台都要如此，那就惨了！ 这个问题是n...

文章 已测基因组植物统计（增补完善版），建议收藏！

...：遗传图谱构建与QTL分析 6. 微生物16S/18S/ITS多样性分析和宏基因组分析，学习链接：宏基因组分析 ；微生物16S/18s/ITS多样性分析 7. 细胞器基因组与比较基因组分析是真正的无需实验就可以发表2区期刊的文章思路，成本低，文...

文章 exp_immu_cor_plot.r 基因表达量与免疫侵润相关性绘图分析

使用方法： $Rscript ../scripts/exp_immu_cor_plot.r -h usage: ../scripts/exp_immu_cor_plot.r [-h] -e expset -i immu [-m method] [-a alternative] [-n ncol] [-l] [-x label.x.npc] [-y label.y.npc] ...

问题 老师你好，我是在NCBI上面下载的枣的gff，以及蛋白质序列，做共线性分析的时候，perl get_gene_position.pl GCF_000826755.1_ZizJuj_1.1_genomic.gff AT.gff输出之后的文件与perl get_fa_by_id.pl AT1.gff GCF_000826755.1_ZizJuj_1.1_protein.faa pep.fa输出的文件是空的，应该怎么办。

文章 如何预测同一基因不同转录本对应蛋白的功能域差异

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问题 老师，求助，转录组差异表达基因分析报错-只有pfd文件没有PNG文件，且PDF打不开

[root@9dfb61184b6e  08:23:54 /work/my_rnaseq/5.deg]# Rscript $scriptdir/heatmap.r -i $workdir/4.expression/all_gene_fpkm.tsv -l S10_vs_J10.DEG.final.tsv -p S10_vs_J10.deg_gene_heatmap -o ./ --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners...

问题 Tbtool中Quick Mscanx Wrapper使用的时候总是得不到结果

我按照简书上的基因家族分析步骤，分析两个物种的共线性。已经得到了merge的blast结果和gff结果，使用Quick Mscanx Wrapper的时候总是得不到结果，只能得到两个merge之的文件的副本。这是结果和参数图。

问题 测序数据质控报告GC分布

...么呢？并且map结果统计文件中可以看见每条染色体的深度和覆盖度，但是除了物种本身的十几条染色体外，最后出现了5.8S核糖体RNA和U1剪切RNA（pseado），这是为啥呢？是因为测序建库的DNA中有RNA污染吗？谢谢

问题 甲基化图谱可以直观的展示整个基因组甲基化的情况，绘图前我们需要准备如下文件

这个文件怎么生成？我用bismark提取到甲基化信息，怎么生成那个文件用于全基因组甲基化图谱分析

文章 轻松搞定fasta索引文件、序列提取

fasta是常用的序列存储格式，很多软件（如GATK、IGV等）在导入序列以及进行快速查找时通常需要建立索引文件。下面就来介绍如何使用 samtools 便捷的建立fasta文件的索引以及快速进行序列提取。 1 建立索引 建立索引只需在Linu...

问题 您好！我目前是mapman的新入门小白。我想问一下您有那个Mac 系统的mapman的安装包吗？我在官网上下载了好久都没有下载下来。在网速合理的条件下，文件大小一直不变。谢谢您

问题 老师你好，我在紫花苜蓿的全基因组数据库中通过Blast比对得到76个WOX家族基因，这76个基因的序列都是不同的，但有的很相似，可能是同源基因，用不用去冗余

问题 老师您好，我的重测序数据在NCBI上按照（双端下载是这样：https://www.omicsclass.com/article/1703）这个教程下载的，但是在做数据质控的时候总是报错，以下是数据，您看看哪儿存在问题。