问题 在R中进行差异表达分析，运行GDCdownload(query = query, directory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='client')代码时，数据下载失败，并显示如下错误

Error in download.file(url, method = method, ...) :    无法打开URL'https://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.5.0_Windows_x64_0.zip' 此外: Warning message: In if (grepl("^https?://", url)) { : 条件的长度大于一，因此只能用其第一元素，还请各位大神帮帮忙...

问题 老师好，我想问一下自己找公司测序得到的GB文件和fasta的文件跟NCBI上下载的需要做一个统一化处理吗？如果要做的话，需要采用哪种方法？因为我发现他们注释的基因顺序不太一样，所以就担心对后期的分析有影响。（比如说特征统计分析，密码子偏好性分析，IR区边界分析，重复序列分析，结构变异分析，序列多态性分析，系统发育分析，分子标记开发等）

问题 老师，您好，找不到临床数据该如何解决？

> # 读取输入的参数 > expr_file <- "/Volumes/HUBGENE/TCGA/methylation/lab/GDC/TCGA_OV_methylation.txt" > clin_file <- "/Volumes/HUBGENE/TCGA/methylation/lab/Clinical/GDC/TCGA_OV_clinical.txt" > work_dir <- "/Volumes/HUBGENE/TCGA/methylation/lab" > p_cutoff <- 0.0...

问题 Sripts插件缺失，之前下了scripts的文件，然后在本地跑代码的时候跑出来文件发现为0，后找对接老师拿了压缩包，导入后还是不对，后检查，发现还是少了这个插件

但是老师说不会少插件，所以我也不确定是不是插件原因了。我这边检查对比后发现是少了的。

问题 麻烦求助，在使用ncbi_gff_2_Ensembl_gff.pl这个脚本的时出现报错显示：cant find the string terminator "Usage end"...in line 10

问题 老师，在运行WGCNA代码sft = pickSoftThreshold(datExpr0, powerVector = powers, verbose = 5)，遇到了这种错误Error in { : task 1 failed - "'x' has a zero dimension."，请问是什么原因呢？

问题 在docker中用cleandata与宿主序列比对得到sam文件这一步出现错误，

输入的命令是for i in `tail -n+2 $datafile/metadata.txt|cut -f1`;do bowtie2 --threads 6 \ -x $host_index/Canis_lupus/wolf \ -1 $workdir/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}_1.fastq \ -2 $workdir/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}_2.fastq \ -S $workdir/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}.bowtie.sam \ --v...

文章 ggalluvial 展示ceRNA调控关系

...使用ggalluvial R软件包来显示网络。作者基于miRDB，miRTarBase和TargetScan数据库综合分析，最后使用26个DElncRNA，4个DEmiRNA和6个DEmRNA来建立ceRNA网络。此外，作者计算了每个基因的拓扑系数以说明其在ceRNA网络中的重要性。HCC中ceRNA网络...

问题 vcftools --vcf GT_AGCT_Liujingyan.vcf --max-missing 0.5 --maf 0.05 --remove-indels -- min-alleles 2 --max-alleles 2 --minDP 2 --minQ 20 --recode -- stdout >SNP_filter_maf0.05_miss0.5.vcf在这基础上增加杂合率，激昂杂合率设为80%或者60%，如果是自交系或纯合体，杂合率设为10%-20%怎么改

问题 SoupX去除污染RNA

老师，您好，在对细胞亚群聚类分群之后发现有污染，在进行SoupX去除污染的时候发现有的教程是用的seurat对象RNA表达矩阵里面的count，有的使用的data，这两个要选哪个，如果选了data在去除污染之后重新聚类的时候还需要进行标...

问题 在MCScan目录下，做共线性分析时，遇到了permission denied，请问要输入什么命令才能解决这个问题。附：相应的软件是自己装的，不是你们的ova包，因为有点大，一时下载不下来。拜托解决下。谢谢

问题 老师您好，请问一下在做双通道芯片标准化时按照课程里的代码，前面都运行的很顺利，但是运行到如下过程就报错，提示Error: object 'SampleNameS' not found，该如何解决呢

问题 老师您好！请问一个处理只有5重复，能用这5个重复在MENA中做16S网络图分析吗（相当于MENA分析的样本量为5）？MENA网络图分析对样本量的要求是多少呢？

问题 AI在打开PDF格式图片时，图中地图的内蒙古轮廓的下方一部分没有显示，图中黑色圈出的部分，不知有什么方法可以避免这样，我试过从文件中打开以及嵌入，都会显示不全

问题 【MCScanX】 tandem文件中【串联重复】基因对，若其中一个基因A属于已鉴定基因家族，另一个基因B由于结构域不完全被剔除在外。请问在circos绘制串联重复图时，还要保留A基因吗？