文章 tcga_gene_exp_download.r TCGA数据下载脚本使用说明。

...oject project                        input project ID of TCGA, for example TCGA-STAD,more                        project ID:https://www.omicsclass.com/article/1061                        [required]  -f files.per.chunk, --files.per.chunk files.per.chunk       ...

文章 linux用户管理命令介绍

...y.  If you _do_ define both, MAIL_DIR takes precedence.#   QMAIL_DIR is for Qmail##QMAIL_DIR      MaildirMAIL_DIR        /var/spool/mail  注：创建用户时，要在目录/var/spool/mail中创建一个用户mail文件；#MAIL_FILE      .mail# Password aging controls:##   ...

问题 gatk报错：java.lang.IllegalStateException: Read position too high for BAI bin indexing.

...91) Caused by: htsjdk.samtools.SAMException: Exception creating BAM index for record A00821:774:H5KM3DSX2:3:1628:6551:31281 1/2 150b aligned to Chr1A:536904672-536904820.         at htsjdk.samtools.BAMIndexer.processAlignment(BAMIndexer.java:119)         at htsjdk.samtools.BAMFileWriter.w...

文章 maf_oncoplot.r突变注释文件分类可视化maftools

...se] -o outdir, --outdir outdir output file directory [default cwd] -H height, --height height the height of pic inches [default 8] -W width, --width width the width of pic inches [default 8] 参数说明： -i   突变...

文章 miRNA与靶基因相关性作图

...rary(ggplot2)library('getopt');spec = matrix(c('help' , 'h', 0, "logical","for help",'input' , 'i', 1, "character","input file ,required",'name' , 'n', 1, "character","photo name"), byrow=TRUE, ncol=5);opt = getopt(spec);print_usage <- function(spec=NULL){cat(getopt(spec, usage=TRUE));q(status=1)...

文章 提取R中字符向量中的所有最大长度值，提取向量最大值

...=max(nchar(a))][1]"110""101""abc""cab" 得到最长字符，可以使用which.max() > a <- c("110", "101", "abc", "cab")> a <- c("110", "101", "abc", "cabs")> which.max(nchar(a))[1] 4 更多生物信息课程：1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分...

问题 老师，根据您的课程分析拟南芥WRKY基因家族，进化树构建时出现No common sites found for computing distances，该怎样解决？已把大的gap删除

文章 使用R语言安装包编译时gcc标准报错——“error: for loop initial declarations are only allowed in C99 mode”

...装Biostrings包的时候报错了： BiocManager::install("Biostrings",force=TRUE) 报错信息提示是gcc标准的问题，应该使用C99标准，可以使用withr包指定使用标准： with_makevars(c(PKG_CFLAGS = "-std=c99"), + BiocManager::install("Biostrings",force=TRUE), + assignment =...

文章 BSA分析中QTL-seq 分析：95% 99%阈值置信区间是如何计算的

...RIL"){x<-runif(1) if (x<=0.5){count<-1}else{count<-0} }else{for(i in 1:2){x<-runif(1) if (x<=0.5){number<-0.5}else{number<-0} if(number == 0.5){count<- count+0.5}}}return(count)}#######################################################################caluclate of genotyp...

文章 dQTL.seq方法研究基因定位

...ut; Figure=True: the output of figures from different methods. The default is True. Figure-resolution：图片分辨率。Figure-resolution=Low: the figure with low resolution; Figure-resolution=High: the figure with high resolution. The default is High. Figure-file-format：图片格式。Figure-...

问题 Error in UseMethod("groupOTU") : no applicable method for 'groupOTU' applied to an object of class "NULL" Calls: groupOTU Execution halted

各位老师，我在绘制进化树的过程中，使用命令ggtree.r -t fasttree.nwk -f $GROUP -g Group -n fasttree，运行后报错，出现下图报错，请问老师，我应该怎么处理呢？

文章 ggtree绘图lable显示不全如何调整

...circle")+ geom_tiplab(size=4)+ geom_text2(aes(label=label, subset = !is.na(as.numeric(label)) & as.numeric(label) > 1)) 可以通过调整绘图的x轴范围，使得lable信息不超出边界： p=ggtree(tree, ladderize=FALSE, size=0.3, branch.length="none",layout="circle")+ geom_tip...

文章 Perl脚本报错解析：annovar的exonic_variant_function文件格式错误排查指南

...enePred filegtfToGenePred -genePredExt gtf文件 库前缀_refGene.txt# 用retrieve_seq_from_fasta.pl生成 transcript FASTA fileretrieve_seq_from_fasta.pl --format refGene --seqfile fa --outfile 库前缀_refGeneMrna.fa 库前缀_refGene.txt 1.3. 注释 table_annovar.pl vcf文件 注释库所在...

问题 Failed to load R0 module F:\/VMMR0.r0: The path is not clean of leading double slashes: 'F:\/VMMR0.r0' (VERR_SUPLIB_PATH_NOT_CLEAN). 代码: E_FAIL (0x80004005) 组件: ConsoleWrap 界面: IConsole {872da645-4a9b-1727-bee2-5585105b9eed}

不能为虚拟电脑bio—Linux—8.0.7打开一个新任务

文章 基于R实现统计中的检验方法---T检验

...性检验方法）library(car)leveneTest(DATA$x,DATA$Group)Levene's Test for Homogeneity of Variance (center = median)      Df F value Pr(>F)group  1  0.0088 0.9264      17              #前两者是对原始数据的方差进行检验的，leveneTest是...