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文章 dQTL.seq方法研究基因定位

...ut; Figure=True: the output of figures from different methods. The default is True. Figure-resolution:图片分辨率。Figure-resolution=Low: the figure with low resolution; Figure-resolution=High: the figure with high resolution. The default is High. Figure-file-format:图片格式。Figure-...

问题 Error in UseMethod("groupOTU") : no applicable method for 'groupOTU' applied to an object of class "NULL" Calls: groupOTU Execution halted

各位老师,我在绘制进化树的过程中,使用命令ggtree.r -t fasttree.nwk -f $GROUP -g Group -n fasttree,运行后报错,出现下图报错,请问老师,我应该怎么处理呢?

文章 ggtree绘图lable显示不全如何调整

...circle")+ geom_tiplab(size=4)+ geom_text2(aes(label=label, subset = !is.na(as.numeric(label)) & as.numeric(label) > 1)) 可以通过调整绘图的x轴范围,使得lable信息不超出边界: p=ggtree(tree, ladderize=FALSE, size=0.3, branch.length="none",layout="circle")+ geom_tip...

问题 Failed to load R0 module F:\/VMMR0.r0: The path is not clean of leading double slashes: 'F:\/VMMR0.r0' (VERR_SUPLIB_PATH_NOT_CLEAN). 代码: E_FAIL (0x80004005) 组件: ConsoleWrap 界面: IConsole {872da645-4a9b-1727-bee2-5585105b9eed}

不能为虚拟电脑bio—Linux—8.0.7打开一个新任务

问题 老师请问我想解压.rar文件,然后在网站http://www.rarsoft.com/download.htm下载安装RAR 5.80 beta 1 for Linux x64,make后为何报这个错误?

文章 基于R实现统计中的检验方法---T检验

...性检验方法)library(car)leveneTest(DATA$x,DATA$Group)Levene's Test for Homogeneity of Variance (center = median)      Df F value Pr(>F)group  1  0.0088 0.9264      17              #前两者是对原始数据的方差进行检验的,leveneTest是...

文章 ggplot2点图geom_point中点的shape有多少?

... takes four types of values: an integer in [0, 25], # a single character-- which uses that character as the plotting symbol, # a . to draw the smallest rectangle that is visible (i.e., about one pixel) # an NA to draw nothing p + geom_point() p + geom_point(shape = 5) p + geom_point(shape = "k", siz...

问题 老师您好,我根据课程步骤的指令,改不了文件的格式,我能找到format_fa_for_qiime.pl文件,还把它放到了操作的文件夹,但是电脑找不到这个文件,是什么原因呢

问题 RNAseq有参转录组分析差异表达分析免疫亚型之间差异表达这一环节出现以下问题

#, S1 为免疫侵润高组 DESeq2Rscript $scriptdir/deseq_analysis1.r  -i $workdir/4.expression/all_gene_count.tsv \   --fdr 0.01 --fc 2   -m normal_vs_tumor.compare.txt -t group\   --case tumor --control  normal -p normal_vs_tumor.deseq#免疫亚型之间差异表达, S1 为免疫侵润高...

文章 R及R包的更新、移除、卸载

...,要更新library里所有包,一种方法是点击Tools,选择Check for Package Updates即可。 另外也可使用update.packages()函数实现。 old.packages() #检查library里哪些包有更新版本update.packages() #更新library里所有包 2.更新指定R包 如果只...

文章 TCGA数据库中临床样品编号详解(Barcode)

....com/article/1077 barcode编码各部分介绍: Label Identifier for 解释 Project Project name 来自哪个项目: 如TCGA、TARGET等等 TSS Tissue source site 样品来自哪个组织机构:01 代表International Genomics Consortium, 更多见:TSS Participant Study p...

问题 hmmersearch出现错误Error: Failed to open sequence file globins45 for reading,或者globins45换成globins45.fa也会出现同样的提示,这是什么原因呢,需要怎样操作才能正常运行呢?谢谢!

问题 GWAS分析的教程中06.impute的beagle填充出现问题

具体问题提示为:java.lang.IllegalArgumentException: Sample Line68 has an inconsistent number of alleles. The first genotype is diploid, but the genotype at position Chr2:35902177 is haploid

问题 有参转录组分析第五步5.deg Error in newCountDataSet报错

...  [ reached getOption("max.print") -- omitted 4 rows ] [1] "create DEG_list object is over" [1] "the number of origin gene is 27781" [1] "the number of gene (after filtering) is 17256" Error in newCountDataSet(countData = de$filterCounts, conditions = condition) :   could not find function "...

问题 在基因家族分析过程中,进化树的构建过程中遇到了如下图的问题:完全按照视频要求删减后加载,并经行的分析。insufficient data available for ml analysis.please validate your sequence data