文章 ensembl和NCBI基因组下载，基因序列下载查看

... 总结： Ensembl 网址收录的基因组全面，下载方便，在线可视化做得也不错，当然由于篇幅限制只能介绍一些简单的应用，还有其他一些实用得应用如blast搜索一些同源基因；BioMart ：支持用户个性化的筛选基因组上的注释...

文章 QIIME1格式转换

...table后跟物种注释） 2.转换成biom格式文件：（docker上下载QIIME1镜像） biom convert -i mat.txt -o otu_table.from_txt.biom --table-type="OTU table" --process-obs-metadata taxonomy --to-hdf5 3.在运用QIIME1脚本进行分类： 不同水平下相对丰度文件： summarize...

问题 泛基因集执行命令时，由syn.txt文件到最后output.txt和final.last.gene.pair.txt文件生成时会丢失一些基因吗？我做自己的物种分析时发现丢失了一些基因，是什么原因？这正常吗

泛基因集执行命令时，# 找到最佳匹配的基因对和共线性基因对的交集 sort -u 1vs1.txt| sed "s/\r//g"| awk '{if(ARGIND==1) {val[$0]}else{if($0 in val) print $0}}' syn.txt - > output.txt wc -l output.txt  #显示文件含有的基因数  #第三段命令 # 匹配位置信...

问题 预测序列cds区域或者ORF的在线网站？

问题 老师，我想问一下直接从某植物对应的基因组数据库里下载的FPKM文件可以直接用吗？比如说里面有各个基因在各个组织器官上的表达量，我可以直接用里面的数据做热图吗？

问题 宏基因组单独组装后的contigs需要注明来源以构建基因丰度表，混合组装呢

...的 如果是混合组装是需要使用bowties将contigs与样本fa重新匹配再注明来源吗

文章 一些常见R代码的报错和解决办法

Error: cannot allocate vector of size X Gb 这种问题尤其在32位R版本中常见，因为它们对可用内存有限制。即使在64位版本中，当数据集非常大时也可能遇到内存问题。解决这个问题通常需要优化代码以减少内存使用，使用更高效的数据...

问题 扩增子分析：qiime 聚类生成OTU-denovo方法分析报错

...0:42 5.5Gb   84.3% Reading lib, 141613 seeds 用的ampliseq-q1:v1.2的版本

文章 linux系统使用-生物信息视频课程

...装、绘图软件等。 很多生物信息分析软件都没有windows版本。像高通量测序出来的原始fastq数据windows中甚至都打不开；一些漂亮的学术图片也是linux版本软件绘制的。 推荐一门自学课程： 组学大讲堂精心录制的生信自学课...

问题 外泌体检测方法

...程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学...

问题 老师你好，我在使用qiime进行聚类分析中的pick_open_reference_otus.py进行聚类时，总是提示usearch61的版本不对，后来使用psortmerna_sumaclust 分析到一半的时候也开始报错了

具体报错的信息如下 Traceback (most recent call last):   File "/biosoft/miniconda/envs/qiime1/bin/pick_open_reference_otus.py", line 453, in <module>     main()   File "/biosoft/miniconda/envs/qiime1/bin/pick_open_reference_otus.py", line 432, in main     minimum_failure_thr...

文章 腾讯敏捷之道，实施敏捷开发,看我就够了

...越来越高，为了满足用户的需求， 人家一个星期发一个版本，我们仨月才能憋出一个来 ， 那还不被打的满地找牙？   问题是如何才能反应迅速？  我们先来看一个场景：   一、残酷的现实 软件开发有一大难题就是客户脑...

文章 Rstudio 防止中文乱码（保存与显示）

...程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，...

问题 老师您好，我在搭建t2t基因组时候，hic挂载时，使用bwa aln和sampe比对时说版本不一致无法使用，查找原因说是因为大于100bp，现在使用bwa mem比对后就格式不一样，使用课程里的allhic的PreprocessSAM.pl和filterBAM_forHic.pl就无法使用了，格式不对，修改脚本后过滤出9.8g的bam文件，使用ALLHic_partition进行分组设置k=15，但是分组运行后只能分出1组，该怎么办呢？这是什么原因？

文章 IF=4.8|对4种天南星科植物基因组进行WRKY基因家族分析，并分析其在魔芋中的表达

...间浮萍)。 使用ProtParam工具计算了成员的理化性质，使用在线工具WolF PSORT预测基因在细胞中的表达位置。 之后使用TBtools对基因在染色体上的位置进行可视化展示： 2. 系统发育分析探究家族成员在四种植物中的进化关系 作...