...RTarBase: 是一个从已发表文章中，收集，整理miRNA靶基因的数据库。相比于其他数据库中都是对miRNA进行靶基因预测，有实验验证的结果，肯定会可靠好多。 该数据库有如下特点 1. 保持更新 miRTarBase数据库一直在更新，目前已经...
老师，您好，从NCBI下载了转录组数据，文件类型为文件，这类数据能不能分析？
各位老师好，我想请问一下，三代数据处理，已经进行了前面的分析，polish也已经完成。得到的结果如下，请问哪个是需要二代数据矫正的呢？是直接将polish.bam文件转换成fasta，进行矫正?或者将LQ进行矫正，然后与HQ进行合并呢...
友友们，在上传原始数据的时候报错了，是这样提示的：您的提交数据(subCRA027185)以下文件审核报错，原因为数据中重复的序列ID超出限制, 请核查数据情况，修改后重新上传数据，并登陆数据库点run编号后的修改在线更新数据md5...
...urceforge.net/projects/mev-tm4/ 。 使用界面如下图所示。 数据载入与设置 为了方便演示，小编整了四十个基因的表达数据，设置了八个样本（如下图），大家可以按照文件格式准备数据，注意：数据另存成Tab键分隔的文本格...
老师： 您好！ 我想请教您，是不是基因家族分析中的转录组必须是同种的植物，如果已知数据没有转录组数据，可以用同属不同种植物转录组代替吗？谢谢老师。
老师好，我使用R语言从GDC里面下载数据发现下载不出来，不知道怎么回事？如图所示，还有就是VIP群怎么一直不通过我的申请呀
老师好，GWAS教程最后一章提到了LD热图的做法以及候选基因的筛选，但“优势单倍型”结果的统计并没有提及。想问一下老师，有没有这部分的教程？
...分析出现问题。 为避免出现这种情况，需要为其指定数据类型，用到参数为colClasses ，colClasses参数使用一个向量，为每一列指定数据类型。如下所示： data <- read.table(filename, head=FALSE, as.is=TRUE, quote="", comment.char="#", sep="\t",col...
当有大量的数据需要上传NCBI的SRA数据库时，网页上传很费劲，而且支持的文件数量有限；一旦链接断开就得重新来： 这里介绍用linux中aspera的命令行来执行上传数据，会更稳定： linux当中安装与使用： 1.安装，下载地址：htt...
医学癌症TCGA-生存分析课程中基因表达数据处理时通过cmp对表达数据进行标准化处理 我分析的是mRNA的数据 运行下面代码，得到的数据如下图 norExpr <- DGEList(counts=datExpr)norExpr <- calcNormFactors(norExpr) 运行下面的代码后，得...
NCBI的基因组数据库更新了，要做比较基因组的话有两份CDS文件，文件说明里感觉描述大同小异，用哪个呢？
在本篇文章，我们将展示如何使用reshape2包将宽型数据转换成长型数据，反之亦然。这个包也是由Hadley Wickham开发和维护的。 升级包 tidyr：https://www.omicsclass.com/article/1475 长数据 vs 宽数据 对于宽型数据，每列代表一个不同的变...
我之前下载PRAD前列腺癌数据的时候，运行图二代码最后能够在文件夹里头找到RDA文件和TXT文件，但这次下载HNSC的时候，运行相同的代码只能在文件夹里头找到RDA文件而没有TXT文件
GEO2R是GEO在线分析工具，基于此工具可以对部分GEO样品数据进行基因差异表达分析。该工具主要针对芯片数据，借助R 及Limma包完成分析过程，用户只需要在网业上进行简单的点击等手动操作即可获得分析结果。 以下内容，将利...