NCBI的基因组数据库更新了，要做比较基因组的话有两份CDS文件，文件说明里感觉描述大同小异，用哪个呢？
医学癌症TCGA-生存分析课程中基因表达数据处理时通过cmp对表达数据进行标准化处理 我分析的是mRNA的数据 运行下面代码，得到的数据如下图 norExpr <- DGEList(counts=datExpr)norExpr <- calcNormFactors(norExpr) 运行下面的代码后，得...
当有大量的数据需要上传NCBI的SRA数据库时，网页上传很费劲，而且支持的文件数量有限；一旦链接断开就得重新来： 这里介绍用linux中aspera的命令行来执行上传数据，会更稳定： linux当中安装与使用： 1.安装，下载地址：htt...
我之前下载PRAD前列腺癌数据的时候，运行图二代码最后能够在文件夹里头找到RDA文件和TXT文件，但这次下载HNSC的时候，运行相同的代码只能在文件夹里头找到RDA文件而没有TXT文件
在本篇文章，我们将展示如何使用reshape2包将宽型数据转换成长型数据，反之亦然。这个包也是由Hadley Wickham开发和维护的。 升级包 tidyr：https://www.omicsclass.com/article/1475 长数据 vs 宽数据 对于宽型数据，每列代表一个不同的变...
limma包可以对芯片数据进行处理，读取的原始数据格式的也比较多，包括gpr、txt等，这些文件格式和芯片图片处理软件有关。 而经过数据读取之后，获得RGList或者EList，前者对应双色芯片，后者对应单色芯片。 一般双色芯片RGLi...
GEO2R是GEO在线分析工具，基于此工具可以对部分GEO样品数据进行基因差异表达分析。该工具主要针对芯片数据，借助R 及Limma包完成分析过程，用户只需要在网业上进行简单的点击等手动操作即可获得分析结果。 以下内容，将利...
...次重复，用以检测该处理对水稻产量的影响。具体操作：数据--数据分析--方差分析：单因素方差分析--确定。 1、选中目标数据，点击工具栏中“数据”选项。 相关概念解释：方差分析中，所要检验的对象称为因素（factor）...
...两个基因的连线会看起来像是断线，但是我后来查了一下筛选的串联基因文件发现这两个基因并没有串联关系，请问一下这个是什么情况呢。具体要怎么解决。 断线就如同上述所示，蓝色圆圈圈出来的。 找到原因了，确实是...
...分析出现问题。 为避免出现这种情况，需要为其指定数据类型，用到参数为colClasses ，colClasses参数使用一个向量，为每一列指定数据类型。如下所示： data <- read.table(filename, head=FALSE, as.is=TRUE, quote="", comment.char="#", sep="\t",col...
...低、实验成本低的优势。但是很多老师设计了实验、拿到数据之后，不太清楚应该让测序公司使用哪种分析算法比较合适，今天小编就给大家简述下两种主流算法—ED算法和SNP-index算法的原理和区别。 ED算法 ED是Euclidean distance...
相近功能基因的检索方法 在做数据分析的时候很多老师经常需要搜索某一类功能的基因，有两种思路可以实现这一目标。第一种是直接序列比对，认为序列相似即具有相似的功能；第二种是利用这一类基因共有的蛋白保守结...