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文章 R报错：incompatible dimensions

报错： 用R进行相关性分析的时候出现报错： Error in cor(x, y, use = use, method = method) : incompatible dimensionsCalls: corr.test -> cor 到脚本里看发现报错出现在这个函数里： cor.result <- corr.test(A,B,method = method,adjust = adjust) 原因调查： ...

问题 老师们好，在生成gvcf文件合并vcf文件时，出现这种警告信息，请问是什么原因，如何处理啊？

..., ploidy) = (46, 2). Fields, such as  PL, with length equal to the number of genotypes will NOT be added for this sample for this locatio

问题 请问老师R脚本运行后没有图片输出怎么处理？

Fst和pi一起做选择清除分析，报错：z Fst quantile:  0.7538857 1.410428 1.95557 2.640438  log2 Pi ratio(popa/popb) quantile:  0.4297574 0.8249645 1.297266 4.702742  Error in dev.off() : cannot shut down device 1 (the null device) Execution halted

问题 我在做T2T，docker下载T2T镜像错误

...sing unqualified-search registries (/etc/containers/registries.conf)Trying to pull docker.io/omicsclass/genome-t2t:v1.0...Error: initializing source docker://omicsclass/genome-t2t:v1.0: pinging container registry koq0g34v.mirror.aliyuncs.com: StatusCode: 403, This request is forbidden. Please procee...

问题 基因流分析时，treemix.r报错

...reemix.r -i treemix -o ./ -e 1 -r pop WARNING: ignoring environment value of R_HOME --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index Error in library(R.utils) :...

文章 Treemix 软件：群体基因交流分析的得力工具

...after adding all populations  -tf [file of nwk]  Read the tree topology from a file  -m [int] 基因流次数 -root [string]  -se 权重标准误 -bootstrap -noss 关闭亚群个体的矫正，当你的亚群中仅存在一个个体的时候可以使用 # 假设各群体间没有基因流...

问题 蛋白三维结构预测遇到问题：当在swiss-model中选择使用模板的方法时，在上传模板的时候发现因为以下问题没法上传

... ATOM record (e.g. miss-aligned columns). This prevents loading structures from this file

问题 在运行core_pan_gene_curve.r的时候报错

...ndex Attaching package: ‘dplyr’ The following objects are masked from ‘package:stats’:     filter, lag The following objects are masked from ‘package:base’:     intersect, setdiff, setequal, union Warning message: In log(C - pan_mean) : NaNs produced Error in nls....

文章 ROC曲线的含义

...nefits)，显然收益越高，代价越低，模型的性能就越好。 x 轴为假阳性率（FPR）：在所有的负样本中，分类器预测错误的比例 y 轴为真阳性率（TPR）：在所有的正样本中，分类器预测正确的比例（等于Recall） 从FPR,TPR的定义来...

文章 安装R包报错 fail to lock directory

...试使用R的install.packages函数安装新的包时。错误信息"fail to lock directory"意味着R不能锁定用于安装包的目录，这通常是因为之前的安装进程没有正确完成，导致锁文件（一个隐藏的文件，用于防止同时写入目录）仍然存在。 解决...

问题 circos 分析

... ***      cwd: /work/cm01_reseq_demo/8.circos      command: /biosoft/miniconda/envs/reseq/bin/circos -conf      /work/cm01_reseq_demo/8.circos/circos.conf -outputdir      /work/cm01_reseq_demo/8.circos -outputfile circos  CONFIGURATION FILE ERROR  Could not parse value for conf...

问题 你好，能否向您请教一下单因素cox分析的问题

VarNames <- gene_names > Univar <- lapply(VarNames, Unicox)有的这个代码，但报错了Error in parse(text = x, keep.source = FALSE) :    <text>:1:9: unexpected input 1: mysurv~1_             ^不知道什么原因

文章 singularity运行fastqc报错OutOfMemoryError

...ngularity中运行： singularity exec /share/singularity_images/reseq_v1.2.sif fastqc $datadir/*.gz  -o $workdir/1.fastqc 可能报错： 可以加一个-t选项，多线程运行，如下图，指定一下线程，可以在自己服务器允许的情况下，多指定几个线程。

问题 hmmer搜索结构域

...提取 #结构域位置 grep -v '#' WRKY_hmmerOut_final.txt|awk 'BEGIN{OFS="\t"}$10==1 {print $1,$18,$19 }' >domain1_final.bed grep -v '#' WRKY_hmmerOut_final.txt|awk 'BEGIN{OFS="\t"}$10==2 {print $1,$18,$19 }' >domain2_final.bed #截取序列 seqtk subseq  ../01.data_prepare/Mlu.gene.pe...

问题 重测序中两个GATK运行都失败，显示如下代码和图片，麻烦老师进行解答

.../broadinstitute/hellbender/Main has been compiled by a more recent version of the Java Runtime (class file version 61.0), this version of the Java Runtime only recognizes class file versions up to 55.0