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文章 非小细胞肺癌（GSE148071）

....ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE148071&format=file" -O GSE148071_RAW.tartar xvf GSE148071_RAW.tar 数据map.txt 准备： GSM4453576 P1 71 female LUSC advanced GSM4453577 P2 62 male LUAD advanced GSM4453578 P3 67 male LUSC advanced GSM4453579 P4 58 male LUSC advanced GSM4453580 P5 6...

问题 获取选择区域的基因

...################################################## cd  $workdir/05.select_sweep #以Fst top 5%的区域作为候选区域，筛选区域里面的基因为例 #合并区域 新版bedtools 不允许bed文件有表头 2023.11.1 sed '1d' fst_pi_ROD/Fst.wild.cultivated_selected_region_top0.05.txt | ...

问题 用 domain_xulie.pl 提取 domain.fa 时文件为空，请老师指点一下

用 perl script/domain_xulie.pl result.txt Ppersica_298_v2.1.protein.fa domain.fa 1.2e-28 提取的 domain.fa 文件为空

文章 ANNOVAR注释变异VCF结果说明

...所在的区域进行注释（exonic, splicing, UTR5, UTR3, intronic, ncRNA_exonic, ncRNA_intronic, ncRNA_UTR3, ncRNA_UTR5, ncRNA _splicing, upstream, downstream, intergenic）。说明：1、exonic 应该包括 coding exonic portion、UTR3 和 UTR5，但 ANNOVAR 注释结果中 exonic 只代表 cod...

问题 成功安装WGCNA包后，调用时报错

...RL 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/3.5/WGCNA_1.66.zip' Content type 'application/zip' length 3436551 bytes (3.3 MB) downloaded 3.3 MBpackage ‘WGCNA’ successfully unpacked and MD5 sums checkedThe downloaded binary packages are in C:\Users\NY\AppData\Local\Temp\Rtmp...

问题 在GDC数据库下载数据出错

... TCGA-CHOL 试开URL’https://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.6.0_Windows_x64-py3.7_0.zip' Content type 'application/zip' length 16207515 bytes (15.5 MB) downloaded 440 KB Error in unzip(basename(bin)) : zip名字参数不对 此外: Warning message: In if (grepl("^https?://"...

问题 eggNOG 保留蛋白序列时提示同一 ID 被多个一级特征使用，而子特征的 Parent 属性没有得到相应更新，导致注释关系不明确的问题，该怎么解决

...gff和fasta都是非模式物种ncbi数据库染色体水平的组装，ga_protein_coding.gff3文件正常生成了，请问warning对结果有影响吗，应该如何解决？谢谢！ agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl --gff $gff --attribute gene_biotype --value protein_coding -t '!' -...

文章 PICRUSt2扩增子功能预测与差异比较分析

...运行#链接文件过来，qiime2分析的table和序列ln -s ../4.export_data/feature_table_tax.biom .ln -s ../4.export_data/dna-sequences.fasta .#PICRUSt2提供流程一键完成f分析picrust2_pipeline.py -s dna-sequences.fasta -i feature_table_tax.biom -o picrust2_out_pipeline -p 20#后续分...

文章 转录组个性化分析之可变剪切分析工具：rMATS turbo

...安装好conda，这些基础的包均已包括了。 conda create -n my_rmats_envconda activate my_rmats_envconda install rmats-turbormats-turbo --version 软件使用 参数说明： python rmats.py -husage: rmats.py [options]optional arguments: -h, --help            show this help me...

文章 使用grep函数判断数组元素的有无

...例，使用grep函数判断数组中是否含有某个元素： if(grep{$_ eq $gene_id}@array) { print"Have"; } else{ push @array,$gene_id; ...

问题 转录组比对中，同源性很高的两个基因比对不正确

...isat2 -p 6 --rg-id=${i} --rg SM:${i} --rg LB:${i} --rg PL:ILLUMINA \-x $REF_INDEX --dta --rna-strandness RF \-1 $workdir/2.data_qc/${i}_1.clean.fq.gz \-2 $workdir/2.data_qc/${i}_2.clean.fq.gz \-S ${i}.sam 2>${i}.summary donecat /work/config | while read idosamtools sort  --threads 6 -m 18G -o $...

问题 在NCBI网站上，同一个SAMN具有多个SRR文件，获得的fastq文件合并成一个文件

在NCBI网站上，同一个SAMN具有多个SRR文件，如何将这些下载下来的多个fastq文件合并成一个文件，并且最后获得read_1和read_2文件

文章 二叉树算法介绍

...文问给大家分享一个二叉搜索树的代码：class Node:    def __init__(self, val):        self.left = None        self.right = None        self.val = valclass BST:    def insert(self, root, val):        if not root:            return Node(val)        else:  ...

文章 perl 中批量创建不同的文件，用于文件批量分隔成小文件

...存储； my%fout=();for my$i (1..10){my $f=FileHandle->new("> ${i}_links.txt");$fout{$i}=$f;} #根据不同的条件输出到不同的文件当中 while(<IN>){my@tmp=split(/\t/);print $fout{$tmp[0]}  $_;}

文章 samtools使用

...的比对结果 samtools view abc.bam scaffold1:30000-100000 $gt; scaffold1_30k-100k.sam # 根据fasta文件，将 header 加入到 sam 或 bam 文件中 samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam 2. sort sort对bam文件进行排序。 Usage: samtools sort [option] <in...