文章 转录组后续实验怎么做？

...以什么样的实验继续深入挖掘转录组数据呢？为了求证这个命题，小编搜索了18年三月最新的转录组文章，发现了两篇以积雪草（Centella asiatica）为材料的文章，并且是以同一个转录组数据连发的两篇SCI（2017年12月一篇；2018年3月...

文章 univariate_cox_batch.r 基因表达量批量单因素cox回归分析

...存数据与基因表达量可以做批量单因素cox回归分析 $ Rscript $scriptdir/univariate_cox_batch.r --husage:  univariate_cox_batch.r [-h] -m metadata -g                                                         expset [-t time]                     ...

问题 想请问一下，我的代码在前面都是没有报错，但是运行这个代码之后，结果只显示了3个样本名称是为什么？

源代码： ##物种组成分析 qiime taxa barplot \   --i-table ../03.asv_taxonomy/feature-table-final.qza \   --i-taxonomy ../03.asv_taxonomy/taxonomy.qza \   --m-metadata-file $metadata \   --o-visualization taxa-bar-plots.qzv 结果：

问题 有个问题想请教一下大家，从数据库中下载的原始数据的gff文件，他们是怎么得到这些基因的注释信息的的，测完序后根据序列比对吗？

问题 请问老师，在用tbtools做进化树，基因结构，motif三者图时，出现进化树基因有43个，但是基因结构图和motif图基因数只有36个是撒原因？？

问题 目前我感兴趣的植物基因(全基因组测序未完成），仅仅在NCBI上公布了mRNA序列，大概有80个。请问可以进行基因家族生物信息学分析吗？

文章 merge_tsv_files.r 根据共有ID横向合并表格文件

使用方法： $Rscript $scriptdir/merge_tsv_files.r -husage: /work/STAD_immu_demo1/scripts/merge_tsv_files.r [-h] -i input                                                       [input ...]                                                      ...

问题 微生物16S分析物种功能预测PICRUSt2部分，进行代谢通路差异比较可视化

微生物16S分析物种功能预测PICRUSt2部分，进行代谢通路差异比较可视化时，如果是三组之间比较分析，这个代码应该怎么修改，谢谢老师！Rscript $scriptdir/ggpicrust2.r --daa_method $m  \     --pathway_table q2-picrust2_output/pathway_abundance.qza \ ...

文章 R语言基础入门—矩阵介绍

...支持。 矩阵里的元素可以是数字、符号或数学式。 一个 M x N 的矩阵是一个由 M（row） 行 和 N 列（column）元素排列成的矩形阵列。 以下是一个由 6 个数字元素构成的 2 行 3 列的矩阵： 矩阵创建 R 语言的矩阵可以使用 ma...

问题 请教下，我现在装了几个计算节点，我用管理节点切换到计算节点后，环境变量都变了，怎样使把管理节点账户的环境也能同步过去呢

问题 conet构建网络

请问我的数据是一个实验设计有5个处理，每个处理做了3个重复样测序，想做一下每个处理的单独的otu网络，只有3个重复，800多个otu,在用conet构建网络，在过滤那步跑了几天也没跑完，是不是样品量太少的时候不能用conet啊？

问题 老师，我有30个经过高氮、低氮处理的转录组数据，但是不清楚我的性状定义是否正确？能指导下吗？谢谢！ 图片压缩后总提示太大，不知道是否成功上传

...2h和不加NAA处理12小时（H48_NAA12和 H48_N12）， 算上重复共30个样本。我参考这篇文章TCGA临床数据中的TNM分期，如何转换成WGCNA分析中的性状数据 - 组学大讲堂问答社区 (omicsclass.com)，用0和1制作了性状数据 ，不知道是否正确。  

问题 could not find function "newCountDataSet"运行deseq_analysis.r这个脚本报错

运行另外一个样是正常的，另外一个样是3个处理，3个重复，这个样是4个处理，3个重复 这是分组文件

问题 在绘制共线性图是出现“zerodivisionerror: float division by zero”错误。我按照老师的讲解一共准备了五个物种的共线性资料，最后在绘图时报错。

问题 老师，在泛基因列表构建时，总共113个基因组，成功提取了最长转录本，提取bed文件，但提取cds文件时，有一个文件A10总是失败，不知道什么原因。