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文章 转录本组装软件StringTie的使用说明

... <dir_path>}   选项:     --version : 输出软件的版本信息     -G 参考序列的基因注释文件 (GTF/GFF3)     -l 输出转录本的名称前缀 (default: STRG)     -f 最少转录本的比例 (default: 0.1)     -m 组装转录本的最小长度 (default: 200) ...

文章 做微生物研究必懂的OTU table相关知识

...作为一个OTU，在OTU聚类的同时，也获得了该OTU的物种注释信息。优点：所获得的OTU可信度高；另外，由于不同文章中检测的16S区域不同，如果要合并分析，不能用de novo OTU picking的方法聚类，因此只能用close-reference方法聚类。缺...

文章 转录组分析基因注释常用的数据库

1 、Nr：NCBI非冗余蛋白数据库，包含的信息很全面, 注释到的基因较多。 2、COG ：中文释义即“同源蛋白簇”。COG 分为两类，一类是原核生物的，另一类是真核生物。原核生物的一般称为 COG 数据库；真核生物的一般称为 KOG 数...

文章 空间转录组细胞共定位分析结果解读 MISTy分析

... 结果解读： 1.不同的视角：MISTy将细胞的空间位置信息划分为多个不同的“视角”来捕捉不同尺度上的相互作用： Intraview（Intrinsic） ：聚焦于单个spot内部的分子表达，即spot自身的特征。 Juxtaview ：关注邻近spot对目标sp...

问题 生存分析datExpr数据的bcr_patient_barcode列是 . 号分隔，后续报错

...入进来就变成了 . 号。并且在进行下一步 # 3. 合并临床信息和表达量信息############################################################clin <- clin[clin_info$bcr_patient_barcode %in% datExpr$bcr_patient_barcode,]exprSet<-merge(clin_info,datExpr,by.x="bcr_patient_barcode",...

文章 SNP指纹图谱软件SNPT

...用tab分隔，第一列为样品，第一行为SNP在基因组上的位置信息； Strain 325 968 2351 4768 4980 6971 9323 1319ARK0000038 G C C G G A G TARK0000056 G C C G G A G TARK0000062 G C C G G A G TARK0000066 G C C G G A G TARK0000069 G C T G G A G T... 软件下载：SNPT.zip 基因...

文章 DNA和氨基酸 编码对照表IUPAC

...编码对照表，就可以把杂合位点编码成一个字母记录序列信息： 数据来源：https://www.bioinformatics.org/sms/iupac.html IUPAC nucleotide codeBaseAAdenineCCytosineGGuanineT (or U)Thymine (or Uracil)RA or GYC or TSG or CWA or TKG or TMA or CBC or G or TDA or G or THA or C o...

文章 使用Dockerfile制作生物信息分析基础镜像

使用 Dockerfile 定制镜像 从刚才的 docker commit 的学习中，我们可以了解到，镜像的定制实际上就是定制每一层所添加的配置、文件。如果我们可以把每一层修改、安装、构建、操作的命令都写入一个脚本，用这个脚本来构建、...

问题 外泌体检测方法

...白组学测序时，如何检测分离出的外泌体？ 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解...

文章 必须收藏！比较基因组学分析必备神器-OrthoVenn2

...同物种同源基因簇的存在或者缺失情况的直观显示及统计信息（绿色表示存在，灰色表示缺失）还可以通过个性化展示功能区进行调整展示内容，以及设置图片颜色、字体等；页面右侧则统计了各物种基因组蛋白数、基因家族数...

文章 MCScanX 在biolinux上安装及使用

...data目录下的两个文件，at.gff 和at.blast 分别为基因的位置信息和blast比对结果： 官方例子：http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/examples/example1.php sudo ./MCScanX data/at 运行完成之后生成文件如下： 其中at.collinearity 为共线性结果，at.tandem为...

文章 基因家族docker 镜像使用方法

...###################################################下载拟南芥基因组信息#wget ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-41/fasta/arabidopsis_thaliana/dna/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa.gz#wget ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-41/fasta/arabidopsis_thaliana/c...

文章 IGV可视化使用

... 2.如果里面没有需要的基因组，可以自己构建基因组信息     下面以水稻基因组为例介绍如何使用：         首先点击Genomes选项，选择Create .genome.File         打开之后，按照下图填写对应的信息      ...

文章 GEO在线分析工具--GEO2R进行基因差异表达分析

...显示出计算的相关数据，包括P值，logFC，以及相关的基因信息等等，而通过页面Save all results，可以针对所有的数据分析下载保存，不限于Top250。 点击左侧单个探针ID,可以查看到该ID对应数据变化的分布情况，如下图所示,由...

文章 微生物多样性分析之Bray curtis距离

...计比较两个群落微生物的组成差异。与unifrac距离包含的信息完全不一样相比于jaccard距离Bray-Curtis则包含了OTUs丰度信息。其中S_(A,i)和S_(B,i)表示第i个OTU分别在A群落和B群落中的计数。min表示取两者最小值。 举例说明群落A和群落B...