问题 老师，以下是我的基因家族列表，基因组ID文件，基因家族泛基因列表，以及独有家族基因，下一步要做统计家族成员数量、排序及存在缺失分析，请老师帮忙看看，由于我的基因组名称中C01-C09，L01-L09,Q01-109还有另xiaomi等基因组名称与基因id命名对不上，该怎么修改，以上我没有自己修改内部任何内容

问题 TCGA数据下载

TCGA数据下载时，像HNSC这种癌症，我只需要口腔鳞状细胞癌这个部分，数据下载的时候，不能够增加一个“primary site”这个参数进行筛选吗？不行的话要怎么改写R代码才能够完成这个目的，如果可以的话，为什么会报错呢？

问题 请问虚拟机进不去咋办

好久没用了，今天想做个热图，小鲸鱼也打开了，输入进入虚拟机命令，发现进不去

文章 高分文章1

...-020-1969-6 02 2,658例癌症全基因组非编码体细胞驱动因素分析 文献：Analyses of non-coding somatic drivers in 2,658 cancer whole genomes 发表时间：2020.02 简介：分析了2,658个肿瘤基因组中非编码区的驱动点突变和结构变异。对于点突变开...

文章 遗传图谱构建基础知识

...图。 遗传图谱 定义 通过估算位点之间的重组率来估测不同标记在染色体上的相对位置或线性排列图。 理论基础 在细胞减数分裂时，非同源染色体上的基因相互独立、自由组合，同源染色体上的基因产生交换与重组，交换...

问题 rnaseq分析中片段inner size出现问题

片段inner size，片段选择是否异常 输入命令后：for i in DL125NS1 DL125NS2 DL125NS3 DL125PS1 DL125PS2 DL125PS3; do echo "RUN CMD: inner_distance.py -i $workdir/3.map/hisat2/${i}.bam  -r $GENE_BED  -o ${i}_inner_size" inner_distance.py -i $workdir/3.map/hisat2/${i}.bam  -r $GENE...

问题 circos图的名字显示问题

想在这个图片中的，多个名字来自于一大个点，距离较近，怎么配置啊，我的总是不显示完全，会有遮挡的 谢谢啊，没有金币了

问题 MCScanX画出的点图

老师，我想问一下为什么MCScanX画的点图与一些文献上的点图不一样呢？第一张是MCScanX画的，第二张是一些文献上的图。 十分感谢老师回答！！

文章 pheatmap NA/NaN/Inf 聚类错误

...1)> scale(A)     [,1][1,]  NaN[2,]  NaN[3,]  NaN[4,]  NaN[5,]  NaN[6,]  NaN[7,]  NaNattr(,"scaled:center")[1] 1attr(,"scaled:scale")[1] 0> hclust(scale(A))Error in if (is.na(n) || n > 65536L) stop("size cannot be NA nor exceed 65536") :   missing va...

问题 老师，我更换镜像了，但本地镜像一直加载不了，显示如下。然后，我在服务器上，导入镜像，运行docker run -it --rm --name pangene --group-add keep-groups -v /home/us132/pangene:/work localhost/omicsclass/pan-gene-family:v2.0做了泛基因集构建。之后继续做其他分析，然而，运行镜像时一直出错，进不去，错误显示如下。

本地镜像导入：系统运行时

文章 生物专业由冷转热？你还敢选生物专业吗？

...是生物的世纪”。 在这个“预言”的感召下，很多人毫不犹豫地选择了各大高校的生物专业， 当年大学的生物专业分数线硬是“高人一等”哦~ 而在以后的十几年里，生物专业招生由最开始的“火爆”，逐渐转为平静，现在...

问题 保留蛋白编码基因一直错误!!!

每一步都是根据视频操作的，确认过无数次代码没有写错，就是不知道什么原因，从gff文件中提取的蛋白编码基因的文件一直是0KB。请众位老师赐教！

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-UM葡萄膜黑色素瘤(GSE139829)

...cRNA-seq 以单细胞分辨率询问肿瘤微环境。肿瘤细胞的子集分析证实了从批量分析中建立的全局基因组图谱，并揭示了新描述的亚克隆基因组复杂性和与表型可塑性一致的转录状态。免疫区室包含以前未被识别的细胞类型多样性，...

问题 lncRNA测序，如何把四种RNA分离，或者只提取mRNA

老师，我的样本测的是lncRNA测序，但是下游只想分析mRNA，请问有没有什么软件可以把mRNA、lncRNA、circRNA分开，或者只把mRNA提取出来，用于后续分析？

文章 当代博士的真实困境：秃头、延毕、论文难发、母胎单身......

...比工作轻松多了。。 事实上，读博与其说是学习，倒不如说是在“练级”更恰当些——经历各种挫败，一步一步徒手打怪，一次一次粉身碎骨又重新组合，在崩溃中艰难挣扎，为了最后的那本学位证书。 当代博士的四大困...