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问题 非模式物种数据库做GO KEGG注释,生成的pep文件为空。

....fa文件内容: 初步断定是我的ensemble文件出了问题。但清楚具体问题在哪,或者我需要怎么整理?请老师告知。付费讲解也可以。谢谢!

问题 甲基化芯片标准化问题

分析甲基化数据需要标准化吗?用什么方法

问题 外显子测序没有正常样本

具体怎么分析呢?在公众号没找到相关代码

文章 linux查看文件夹大小

...和所有子目录大小,最后一行会显示当前目录的总大小,包括隐藏文件。 df :用于显示磁盘分区上的可使用的磁盘空间,默认显示单位为KB  df -h :以可读性高的结果展示磁盘分区上的可使用的磁盘空间

文章 DNBC4tools—华大DNBelab系列单细胞分析基因表达定量

...NR1093076/DP8400026127BL_L01_70_2.fq.gz 3.dnbc4tools工具表达定量分析: dnbc4tools rna run \--name 1D1 \    --cDNAfastq1 ~/BGI-sc/data/ara/DP8400025960BR_L01_97_1.fq.gz \    --cDNAfastq2 ~/BGI-sc/data/ara/DP8400025960BR_L01_97_2.fq.gz \    --oligofastq1 ~/BGI-sc/data/ara/DP840002...

文章 空间转录组数据挖掘流程记录-甲状腺癌(GSE250521)

...状腺癌样本和 4 个间变性甲状腺癌样本进行空间转录组学分析。4 个癌旁组织样本中的 3 个、4 个乳头状甲状腺癌样本中的 3 个以及 4 个局部晚期甲状腺癌样本中的 3 个被用于单细胞转录组学分析。两名经验丰富的病理学家对每...

问题 合并GVCF文件

老师,您好,就是我目前还有一批样本没有下机,我已经处理了一批了,我是可以先把这一批的合并之后过滤继续分析呢?还是需要等全部的样本一起合并?

文章 Science上的健康中国人群PBMC的单细胞测序数据-73种PBMC细胞的Marker

...ce上的健康中国人群PBMC的单细胞测序数据,数据量贼大,分析的也贼细致,如果咱们自己做的也是PBMC的数据,可以把它当作一个标杆进行参考。在单细胞方面本研究的核心内容可以概括为: 做了什么数据/规模多大:对 428 名...

问题 保守结构域进化树

老师,用保守结构域构建的进化树,加上motif分析和基因结构后,发现相似的结构域没有聚在一起,这个正常吗?该怎么解释呢?

文章 clinvar数据库人类疾病数据库ANNOVAR数据库使用

...数据库中的位点,根据注释信息的可靠性,分成了1到4个同的星级,星级越高,可信度越高。 数据库地址:https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/clinvar/vcf_GRCh37/ 安装了ANNOVAR就可以直接下: perl  annotate_variation.pl --downdb --buildver hg19  -...

问题 WGCNA中性状与模块相关性图总出现colorMatrix[, c] : incorrect number of dimensions错误

之前一切运行正常 Error in colorMatrix[, c] : incorrect number of dimensions 我就知道哪里出问题了。求助 啊

问题 构建WGCNA

各位老师,就是我有一个芯片,里面含有lncRNA,miRNA和mRNA的数据集。我在构建WGCNA的时候,可以把差异的这些都一起扔进去分析吗?亦或者把lncRNA和miRNA的数据都拿出来,只用mRNA的来构建。

问题 泛基因组

泛基因组分析中的可视化软件sequenceTubeMap 在自己的服务器上怎么安装?有没有提供docker 镜像? 官网上说有docker, 但是网站打开,能能提供一下docker?

问题 bootstrap consensus tree的nwk文件能正常打开

...bootstrap consensus tree,将其nwk文件上传到evolview等了很久也出结果。而用Original Tree的nwk很快就出图了。 我尝试用MEGA7打开nwk文件,Original Tree的可以打开,bootstrap consensus tree的打开 两个nwk文件大小一样,Original Tree的9KB,...

问题 16s聚类OTU时报错

老师,您好!请问在进行OUT分析时出现以下报错该怎么处理,谢谢您