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问题 进化树构建出问题

用自己做的物种蛋白序列单独构建进化树和加入其他参考物种（包括自己的物种）构建进化树的分组不一样，希望老师看到能解答下这种情况该如何处理？

问题 请问 下载镜像出现这种界面怎么办

下载不下来

问题 染色体位置

老师，我在做基因染色体位置绘图时，把需要的信息输入后，为什么网站一直不出结果，显示这样的画面？http://mg2c.iask.in/mg2c_v2.0/

问题 cytohubba筛选hubgene

wgCNA一个模块中找hub基因 我把cytoScapeinput-edges文件输入cytoscape中 用cytohubba计算 但是每次出来的结果都不一样 试了很多遍也不行 求解答 谢谢！

问题 求助大佬，MCScanX输出结果空白

如图为输入和输出文件，求问大佬是哪里出错了，不可能整个基因组都没共线性吧？

问题 蛋白3D结构预测

同一个家族成员，在swissmodel上通过手动选择生成的模型。和psi-blast、py生成的模型不一致，应该以哪个为主啊。swissmodel的GMQE值0.94。psi-blast的相似性30左右，

问题 请问老师，用比对后的bam文件进行call snp，bam文件中储存了比对的信息。假如样本mapping rate 值比较低在70左右，那么后续call snp的时候，需要把没有比对到基因组的reads提取出来过滤掉吗？还是说生成的bam文件储存的就是比对到基因组的这些序列？

...致重测序mapping rate 值较低的话，这种数据还可以进行gwas分析吗？发文编辑会不会质疑数据的可靠性？

文章 遗传图谱构建基础知识

...图。 遗传图谱 定义 通过估算位点之间的重组率来估测不同标记在染色体上的相对位置或线性排列图。 理论基础 在细胞减数分裂时，非同源染色体上的基因相互独立、自由组合，同源染色体上的基因产生交换与重组，交换...

问题 circos 分析

老师，以下是错误的日志内容： *** CIRCOS ERROR ***      cwd: /work/cm01_reseq_demo/8.circos      command: /biosoft/miniconda/envs/reseq/bin/circos -conf      /work/cm01_reseq_demo/8.circos/circos.conf -outputdir      /work/cm01_reseq_demo/8.circos -outputfile circos...

文章 这本SCI期刊的录用率高达100%！！真相是......

一篇论文历经重重关卡好不容易定稿完成，你以为这就完了吗?并不!“斗智斗勇”的大型投稿酸爽之路才刚刚开始。。。。往高了投吧，又怕录用不上;往低了投吧，总感觉很亏;最好是能卡在这篇文章所能达到的最高分的那个临...

问题 GSDS error 报错

老师好，我在做基因结构时GSDS一直出现这个错误 我做了三个物种的其中一个物种的gff可以绘制，如图， 其他的就不可以，如图下， 但是报错都一样，希望老师可以帮帮我

问题 串联重复基因对

请问MCscanX给出来一个基因家族的串联重复基因对，蛋白质序列差异大，这与串联重复基因的定义不一致，这种怎么处理呢？然后就是计算串联重复基因对的Ka/Ks的值，说明是这两个基因进化是保守的吗？还是怎么？

问题 请问一下用CoNet构建网络没有环境因子表格可以做吗？一般用MENA、CoNet以及SparCC构建网络至少需要多少个平行？？

我用CoNet构建的网络，一个处理5-8个平行，直接上传的biom格式以及直接下载的OTU表格去构建，设置好参数，没有添加环境因子，点击“go”，每次都出现error

问题 用tiquxulie.pl时，出现报错: 提取的序列长度大于序列总长？？

老师您好：    我是根据视频学习到做顺势作用原件分析时出现问题： 我是做的甜樱桃HSP70基因家族，下面是我使用get_gene_weizhi.pl后得到的gene_weizhi.txt： 如图所示，第二列并不是某一条染色体，我想是我的樱桃基因组数据...

问题 wgcna hub基因

老师好 请问怎么从wg一个模块中找hub基因 我把cytoScapeinput-edges文件输入cytoscape中 用cytohubba计算 但是每次出来的结果都不一样 试了很多遍也不行 求解答 谢谢！