问题 基因家族物种间共线性，老师，为什么我的物种间共线性分析总是报错，我检查了文件格式他还是报错。 我用这个物种的文件vs这个物种的文件就可以得到结果，两个不同的就没有结果，文件应该没有问题。这是为什么呀老师？（下面的图片也是同一个物种，但是不是同一个网站的数据）

问题 老师，我的基因组有113个，今天运行整理泛基因集列表中共线性分析生成pangene.bed和pangene.cds那一步，已经运行了18个小时了，才运行到79个基因组，其他步骤也是，比较慢，有没有快一点的方法呢？与网络有关系吗，换一个快的网线能加快进度吗？或者有没有其他命令可以加快。

问题 GWAS做关联区域分析时，根据p值获取关联区域中，为什么要用如下语句以合并P值（此语句是2023.4.10日添加的） cat pvalue.bed region.bed |sort -k1,1 -k2,2n >all.region.bed 合并P值在获取关联区域的作用是什么，可否像之前录像讲的那样不用这个语句吗？

问题 关于代谢组学的原始文件处理

老师您好，我去找测序公司提供原始数据，准备按照代谢组课程进行分析，但是公司提供的全是后缀.raw的文件，并说没有excel之类的或者什么矩阵文件，只有波谱峰度，请问我该如何进行下一步处理或分析？

问题 nt 数据库

我再下载nt 数据库的时候，总是下载不完全，你能把把这个数据库通过百度网盘发给我把，谢谢。

问题 关于WGCNA模块hub基因筛选的问题

网站提供了通过KME值来筛选hub基因的方法如下：datKME=signedKME(datExpr, MEs, outputColumnName="kME_MM.") 能提供通过MM和GS方法分析hub基因的代码和分析吗？

问题 在使用组学大讲堂中介绍的方法计算Kaks时，系统结果生成的文件里面没有内容，求老师们告知原因。

命令输入如下： 使用Editplus打开生成的文件： 奇怪的是，我同样的方法做了5组基因，有2组出现这个问题。

问题 老师，拟时序基础初步分析时，运行以下代码时Rscript $scripts/cell_trajectory_monocle3.r --rds ../04.cell_type_ann_leaf/leaf.added.celltype.qs \ --use.seurat.umap --groupby mycelltype -o monocle3.1 --cpu 6，出现图中报错，是因为聚类分群的时候resolution值太低了吗

文章 ggbio绘制基因结构图​

...install.packages()就可以直接安装了，但是有的时候可能报错版本问题，这个时候可以借助BiocManager或者是devtools安装R包 install.packages(c("ggplot2", "ggh4x"))if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))    install.packages("BiocManager")BiocManager::install(c("gg...

问题 .errorbar出图调整

老师请教一下在10.function_picrust这里出图之后发现大量的图数值重叠，p值显示不全，能不能进行调整或者出图代码添加美化的修饰，请老师指教

文章 linux处理fasta和fastq序列

...ut_file.fa（4）fastq统计条数zcat reads.fq.gz | echo $((`wc -l`/4))（5）fasta序列的数量grep -c "^>" reads.fa（6）某个短序列出现次数> zgrep -c 'ATGATGATG' reads.fq.gz    398065    > zcat reads.fq.gz | awk '/ATGATGATG/ {nlines = nlines + 1} END {print nlines}'  ...

问题 诱变材料且以自交M6代，可不可以采用 QTL-seq 的方法来定位到基因？

...原理。但是为什么诱变得到的材料，就不能够用 QTL-seq 来分析？ 我说获得的 EMS 诱变材料已经是自交 M7 代的材料了，也不能用 QTL-seq 来分析么？因为 Mutmap 方法需要自交，所以感觉比较费时间，而 QTL-seq 可以筛选到表型后直接...

问题 SRA数据上传无法继续

在SRA数据上传填写过程中，出现如下问题（见图）：多次修改都无法继续，不知道问题在哪？

问题 kaks计算

你好，我想问问计算kaks时，我利用别人文章的数据进行验证，数据从NCBI下载，在TBtools进行提取基因，用MEGA比对和DNAsp计算kaks,可是结果和文章的结果不一致。终止密码子去掉也不对，

问题 关于TajimaD计算问题

老师，请问计算完的结果发现几乎所有的染色体值都是大与0的，而不是在0上下波动，这样算是对的吗？