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问题 数据准备 检查变量对应有问题

...查变量时,运行‘ll $workdir’和‘ll $scriptsdir’显示变量存在,运行‘echo $ref’成功,从昨天晚上开始试了很多遍都是这样,请问老师怎么解决?辛苦您了,谢谢。

文章 linux命令之cp

...目录连接的原始文件或目录; -f:强行复制文件或目录,论目标文件或目录是否已存在; -i:覆盖既有文件之前先询问用户; -l:对源文件建立硬连接,而非复制文件; -p:保留源文件或目录的属性; -R/r:递归处理,将指定...

文章 从tar压缩文件夹中仅提取某一个目标文件

...如下命令进行操作: 如果我们对压缩文件夹的目录构成清楚的话,可以使用tar tvf指令进行查看: tar tvf file.tar 比如我们需要从中提取某个MD5文件,那么执行如下指令: tar xvf 1.tar ./MD5/file.md5

问题 TCGA下数据报错“I could not find the file”

我按照教程执行命令,想借此下自己感兴趣的数据 在执行到GDC下这一步,突然出现下数据找到,而出现下中断,无法继 还有个问题,查询到的样品数目为何和癌症和癌旁样本加起来一样。。。。少的去哪里了

问题 使用重测序的var_density.R脚本没有按照染色体正确排序,这个怎么解决?

如图所示,染色体排序太正确:

问题 老师我排查问题发现ALLHiC_partition这一步只能生成一个txt文件

然后这里我更改了酶切位点改为2以后能生成11个文件,但是得到的热图和之前老师发的文章的图一样这是我的命令以及排查的操作

问题 老师请问gff文件提前mRNA的id是数字,是字母,是是脚本需要换?

这个和拟南芥的GFF3文件的东西一样,是能用mRNAid_to_geneid.pl这个脚本了。。

问题 使用plotQ绘制structuretu图的问题

...当中,每一个K值柱状图下面的样品顺序都是相同的,能能直接在最下面或者最上面显示样品名而是在每个图下面显示,代码因该如何修改 这个是绘图的代码 p<-plotQ(qlist,imgoutput="join",#showlegend=T,returnplot=T,exportplot=F,quiet=T,ba...

文章 Transcriptome study based on RNA-seq data

...于真核生物全基因组测序来说,转录 组测序得到的序列含有内含子及其它非编码序列,因此 转录组 测序有着无可比拟的高性价比优势

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-肝细胞癌(HCC)(GSE149614)

...细胞ID与count矩阵中的细胞ID一致,无需做处理 单细胞分析: #count数据和metadata数据无需解压可直接读入 Rscript $scripts/seurat_sc_qc.r \ --count GSE149614_HCC.scRNAseq.S71915.count.txt.gz \ --metadata GSE149614_HCC.metadata.updated.txt.gz \ --nUMI.min 500...

问题 请问怎么把windows里的文字粘贴到组学大讲堂提供的linux系统里?

我已经设置了粘贴板双向共享,但是还是没法把windows里的文字粘贴到linux系统里,知道为什么??

文章 Python中的Tkinter库报错

...ort matplotlibmatplotlib.use('Agg') 当然,很多时候这个脚本并是你编写的,那就要贸然更改 如果你的系统里有xvfb,(用wiich查看) xvfb-run 后接你的命令就可以了 没有的话可以尝试使用matplotlib的非交互模式,将matplotlib配置...

问题 染色体较长的在HaplotypeCaller这一步完了以后应该怎么建立索引?

...步支持,又尝试了bcftools -c可是这个建立的索引CombineGVCFs识别)

文章 大专、本科、研究生......你知道你的学历超过了多少人吗?

...大学生一抓一大把”、“研究生满地都是”、“双非本科值钱” ...... 在这种意识的冲击之下, 你会因为自己是博士而有优越感吗?你会因为自己是专科学历而有自卑感吗? 学历是什么?是近几十年才有的一种衡量受教...

问题 ANNOVAR变异注释报错:Erro: invalid record found in exonic_variant_function file (exonic format error)

... feature gene, 当时按照提示解决的:-ignoreGroupsWithoutExons 知道是是这里的问题影响了后边? 这个问题我在Github上查了一下,有个人提问作者,和我的问题是一样的 作者给出的回答是手动改掉有问题的那三行,给后边加...