文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-CRC直肠癌(GSE178341)

...式以及这些类型结直肠癌之间的主要差异，我们对来自 28 名 MMRp 和 34 名 MMRd 患者的 371,223 个肿瘤细胞和邻近正常细胞进行了转录分析。无监督分析确定了来自 7 个不同细胞谱系的 88 个细胞亚群，以及 204 个基因表达程序的相关...

文章 easySFS的使用

...，另外一个是VCF文件中样本的分类文件。 sample1 pop1 sample2 pop1 sample3 pop2 sample4 pop2 他的使用一般有两步，第一步是运行preview，确定每个群体向下投影的值。 easySFS.py -i file.vcf -p pop.txt --preview > proj_flag proj_flag文件的主要内...

文章 clusterProfiler做非模式物种的功能注释

...》课程中推荐大家采用clusterProfiler。这个软件目前能支持20种模式物种的注释，但其实不止这些，软件的作者也给出了，针对非模式物种的一些解决方案。 参考这个方案，我们看看目前能支持哪些非模式物种 1. 从AnnotationHub搜索...

问题 如何通过转录组测序结果geneID“TRIAE_CS42_6DL_TGACv1_527316_AA1702110”找到对应的“TraesCS4A02G403700”这样的ID？

文章 用AI写代码批量整理GEO数据库中的单细胞数据

...的数据： 这是我想要的结果：以样本名命名文件夹(3521-SR-2) 链接三个文件： 3219-SR-1  barcodes.tsv.gz    features.tsv.gz    matrix.mtx.gz 这里的步骤关键是如何批量提取文件中的样本名字，以下是我的提示语 让ai给我生成bash命令...

文章 cytoscape-cytoHubba插件的安装与使用

...之后，在Apps点击cytoHubba 1、首先选择左边的cytoHubba进入工作页面 2、选target network择待分析的网络 3、点击calculate 4、点击Top，可根据自身课题需要，调整提取关键基因的数量 5、下方Closeness可下拉选择计算方法 6、Particular node...

文章 NCBI基因组数据格式修改

...因ID 加 ".1"，如果有多个转录本，第二个转录本改为加 ".2"，以此类推；CDS ID改为转录本ID。 脚本帮助     Usage    Forced parameter:        -gff        genoma gff file           <infile>      must be given    ...

文章 xargs一些常用的小技巧

... 准备一个文本文件复制url cat url.txt | xargs -n 1 -t wget 2，删除过多相同特征的文件，rm命令有参数限制，超过了就会报错，这个时候可以用xargs find ./ -type f -name "*.log" -print0 | xargs -0 rm -f 3，删除空文件 find ./ -name "*" -type f -size...

问题 老师，提取出来的结构域是下图那样，这条命令应该怎么改：#选择第一个结构域进行后续分析 sed -i "s/_.*$/_${ind}/g" ${ind}.UGT_domain1_final.fa

文章 基因家族分析课程更新-批量进行kaks计算

...批量并行的做基因对的比对，并把比对的结果转换成KaKs_Calculator需要的axt格式文件，对于大批量的基因对之间的kaks计算十分有用。 蛋白序列比对（可选比对软件 clustalw2 | t_coffee | mafft | muscle）。根据蛋白比对结果回译成codon对...

文章 北京2例鼠疫确诊，实验小鼠安全吗？

...鼠疫风险，此次疫情进一步扩散的风险极低。市民可正常工作、生活和去医疗机构就医，不用担心感染风险。” 好了，现在问题来了—— 科研汪们还能愉快地“撸”小鼠吗? 如何科学地向身边的亲朋好友们解释，经常与小鼠...

问题 请问老师我同学做简化基因组做物种鉴定，遇到这种问题。

...要结果  同学急着毕业，测序公司在WH，近期公司也不能工作。  很急！

文章 perl语言标量SCALAR

一、perl中的标量 1、整数的表示： 1212e2　　#1200-12　　　#-121_200_000     #perl可以使用下划线当做分隔符 数字还是1200000，但方便看012           #八进制数，值为100x1f           #十六进制，值为31   f不分大小写   2、浮点...

问题 MCsanX运行报错ZeroDivisionError: float division by zero

... File "/biosoft/miniconda/miniconda2/lib/python2.7/runpy.py", line 174, in _run_module_as_main     "__main__", fname, loader, pkg_name)   File "/biosoft/miniconda/miniconda2/lib/python2.7/runpy.py", line 72, in _run_code     exec code in run_globals   File "/biosoft/miniconda/miniconda2/li...

文章 一名科研汪的十二时辰，过于真实！

...文献，走路思课题。 下面请观赏大型图解现场：科研工作者每天十二个时辰的日常—— 科研路上的艰辛，只有科研人自己懂。 在《Nature》的一项全球青年科学家调查中，38%的受访者报告每周工作时间超过60小时——其中9%...