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文章 qiime2自己建立分类器 greengene

...SV 的分类尤为重要。理论上，使用特定于引物的分类器，可以改进物种注释的效果，但仍建议你在首次运行自定义 16S 分类器时同时运行全长 16S 分类器进行比较。 自己手动建立分类器代码示例： 这里以V3-V4区引物为例： 338F...

文章 miRNA与靶基因相关性作图

....43072567351625       1.10413933910007 有了输入文件，然后就可以作图了，作图脚本比较简单，用法： Rscript correlation_analysis.R -i Correlation_analysis_input.txt -n Correlation_analysis 脚本代码： library(ggplot2)library('getopt');spec = matrix(c('help' , '...

问题 最新qiime2教程16S注释报错

我在运行到###alpha和beta多样性分析的时候 qiime diversity core-metrics-phylogenetic \   --i-phylogeny $workdir/3.asv_taxonomy/rooted-tree.qza \   --i-table $workdir/3.asv_taxonomy/feature-table-final.qza \   --p-sampling-depth 16900 \   --m-metadata-file $fastmap \   --output...

问题 circos绘制基因组共线性图绘图命令运行问题

...输入文件。最后运行绘图命令时出现如下报错，请问老师这个是哪里出问题了呀？要怎么解决呢？谢谢老师~   To see where Circos looks for the file, use       circos -debug_flag io   To see how configuration files work, create the example image, whos...

文章 统计不同样品-生物学重复基因表达量数据合并和绘图统计

...是代码使用技巧总结：   1.注意因子的使用，有序因子可以指定柱状图样品的label顺序   2.cowplot指定绘图主题，可直接用于文章发表主题，SCI主题   3.PCA图两种图例合并，颜色和形状，方便查看分组和不同的时期   4.数据的...

问题 pip install RSeQC安装时候报错，是不是底层的库不全？怎么解决呢

...l RSeQC，出现三处红色显示的错误，试了下pip install其他的也同样报错，不知道是不是什么库没安装； 分别是bx-python、python-lzo；代码如下，找了好几个版本的答案，没能解决 root@iZbp10cjxe9c7ip0m4hzhwZ:/bioapp# pip install RseQC Looking in ...

文章 NCBI基因组数据格式修改

...转录本序列的ID命名方式五花八门，所以没有通用的脚本可以修改其序列ID，只能具体情况具体对待，因此这里没有给出转录本序列文件修改的功能。 脚本代码 use Getopt::Long;use strict;use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;#get optsmy %opts;GetOptio...

文章 biom格式的文件如何转化

...table" --to-hdf5 --header-key taxonomy --process-obs-metadata taxonomy 就可以了

文章 2维韦恩图各部分基因上下调数量统计

...图，有时候会需要统计各部分基因的上下调数量，这时就可以使用下面的代码了。 用法如下： perl venn_up_or_down.pl  -in All_DEG_venn.xls  -id1 left_DEG.final.xls  -id2 right_DEG.final.xls  -k trans_full_table.xls -od out 该脚本的输入文件都为转录...

文章 绘制全基因组甲基化图谱

甲基化图谱可以直观的展示整个基因组甲基化的情况，绘图前我们需要准备如下文件。 #CHR    start   end     CG      CHG     CHH     samplechr01   0       1000000 0.0620822859927886      0.029991922127504       0.0567165930331734      ...

文章 BSA分析中QTL-seq 分析：95% 99%阈值置信区间是如何计算的

这里R语言源代码，有兴趣的可以研究看看 ####################################Arg<-commandArgs(TRUE)###########input###############################################individual_analysis<- c(Arg[1])reprication<-c(Arg[2])filter_value<-c(Arg[3])population_structure<-c(Arg[4])...

文章 qiime2 vsearch OTU 以及 ASV流程整理

...表序列rep_set.fa # 转换文本为Biom1.0，注意biom --version 2.1.5/8可以，2.1.7报错 qiime tools import --input-path $workdir/otu_table.biom \ --type 'FeatureTable[Frequency]' --input-format BIOMV100Format \ --output-path table_biom.qza qiime tools import --input-path $workdir/otus.f...

文章 picrust1 16S 微生物功能预测

...功能有哪些细菌，所有结果此文件很大，需要自行运行得到结果 #metagenome_contributions.py  -i normalized_otus.biom  -o ko_metagenome_contributions.xls -c $dbdir/picrust_data/ko_13_5_precalculated.tab.gz #metagenome_contributions.py  -i normalized_otus.biom   -t cog -o ...

文章 提取miRNA前后500bp序列

...  32412721        32412610        2e-56    222 3.接下来就可以提取序列啦,我有提供脚本哦，用法： perl /share/work/wangq/script/lv/miRNA_500_fasta.pl -id blast.out -fa Donkey_Hic_genome.20180408.fa -out result.fa -miR miRNA.fa -l 500 -id 后跟筛选的blast结...

问题 使用tcga_gene_exp_download.r下载TCGA数据始终无法产生gene expression相关的文件 killed

...我用docker 镜像下载完成后的数据，更换成课程使用的HNSC也无法产生表达的总结数据，更换网络也不能改善 更换网络同样无法改善 代码没做太多修改，是什么参数除了问题吗 表达的原始数据应该成功下载 运行过程： Failed ...