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文章 Windows Terminal 安装与配置指南

...配置 安装完成之后,WT 默认是长这样的: 修改配置: 可以复制以下内容直接配置文件profiles.json: // To view the default settings, hold "alt" while clicking on the "Settings" button. // For documentation on these settings, see: https://aka.ms/terminal-documentat...

文章 SCP 安装成功的单细胞转录组 docker镜像使用 single-cell-v5

...as_sub, srt_ref = panc8_rename, ref_umap = "SeuratUMAP2D")ProjectionPlot( #这个会报错  srt_query = srt_query, srt_ref = panc8_rename,  query_group = "SubCellType", ref_group = "celltype")pancreas_sub <- RunPAGA(  srt = pancreas_sub, group_by = "SubCellType",  linear_reduction = "PCA", no...

文章 高分文章1

...症正威胁着国民健康,正因如此针对肿瘤的科学研究热度逐年上升,小编盘点了一下2020年国际顶级学术期刊《Nature》在人基因组方面的重要研究成果,其中肿瘤相关 文献:Pan-cancer analysis of whole genomes 发表时间:2020.02 简介...

文章 R语言绘制多分组差异分析结果图

...d.text = element_text(size = 13)) p 好了,小编就先给大家介绍这里。希望对您的科研能有所帮助!祝您工作生活顺心快乐!参考文献:Liu, X., Zhao, S., Wang, K. et al. Spatial transcriptomics analysis of esophageal squamous precancerous lesions and their pro...

问题 单倍型报错

...eneHapR)# 设置工作目录setwd(opt$workdir)#######   1.从数据导入单倍型鉴定# 导入各种数据vcf <- import_vcf(vcf)              # 导入VCF格式的基因型数据,建议先提取感兴趣的位点gff <- import_gff(gff)                    ...

文章 dcaps标记设计软件——SNP_Primer_Pipeline

....com/pinbo/SNP_Primer_Pipeline 利用其中的 getCAPS-with-user-input.py 可以同时做caps和dcaps标记引物设计,用法如下: python getCAPS-with-user-input.py -i input.fa -t chr5D:9950377_Ref -p 301 -r A -a C -m 1000 其中 -i:输入序列;-t: 目标序列;-p: SNP位置;-r: ...

文章 perl中读取和写出Excel的包,xls,和xlsx

介绍两个perl中的两个包,分别可以读取Excel的文件,包括2003 的xls文件Spreadsheet::ParseExcel,和2007的xlsx的文件Spreadsheet::ParseXLSX。 use Spreadsheet::ParseExcel;#读取Excel2003版本的excel文件 my $parser   = Spreadsheet::ParseExcel->new();my $workboo...

文章 BUSCO评估基因组组装和完整性详解

... 此外,我们在网易云课堂上有各种教学视频,有兴趣可以了解一下: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?...

文章 rbsurv对生存分析的单因素进行鲁棒性检验

... AC005523.3 209.16 476.32 * 可见30个因素都比较显著, 可以选择这些比较显著的单因素,进行下游的多因素分析。 如果您对TCGA数据挖掘感兴趣,请学习我们的TCGA相关课程: 《TCGA-基因差异表达分析》 《TCGA-生存分析》 ...

文章 BIOM 微生物数据格式及文件转换

...,丰度为0会多次记录,如果转换成长表格,丰度为0的OTU可以不记录,原理如下图:biom格式转换常用命令:转换经典表格为HDF5或JSON格式 biom convert -i table.txt -o table.from_txt_json.biom --table-type="OTU table" --to-json biom convert -i table.txt -o ta...

文章 BSA分析中MutMap 分析:95% 99%阈值置信区间是如何计算的

R语言代码有兴趣可以了解一下: ###########genotype#############################genotype<-function(){count<-0 if (population_structure=="RIL"){x<-runif(1) if (x<=0.5){count<-1}else{count<-0} }else{for(i in 1:2){x<-runif(1) if (x<=0.5){number<-0.5}else{n...

文章 阿里云短信发送API笔记

...ument_detail/55359.html?spm=a2c4g.11186623.2.16.39c06e44yEn8JH 然后就可以安装python包:   SDK 使用说明 概述 该python SDK包含MNS、SMS功能,同时兼容python2.6+、python3.0+ 文档概述 ├── aliyunsdkdybaseapi #原aliyunsdkdybaseapi库│ └── request...

文章 multi_cox.r 基因表达量做多因素cox分析

...存率是否有差异。 模型预测性能评估 模型的好坏可以从区分度(Discrimination)和一致性(Calibration)两方面考虑。区分度主要用于反映预测模型的区分能力,是评估模型有多大把握确定它所预测的患者发生该事件的能力...

文章 ssgsea_enrich_diff.r GSVA富集分析

...分数矩阵,然后再通过差异表达分析筛选富集结果,设置这个参数则不对富集结果进行筛选 使用举例: Rscript ../scripts/ssgsea_enrich_diff.r -g enrich/c2.cp.kegg.v6.2.symbols.gmt \ -i ../02.sample_select/TCGA-KIRC_gene_expression_TPM_immu.tsv -m metadata...

文章 食管癌相关文章ESCC

...有效的生物标志物,许多ESCC患者被诊断为晚期,并且在这个阶段往往已经发生远处转移,导致预后不良。 如今,单细胞测序技术正为肿瘤研究开启新的篇章。这项在单个细胞水平上对基因组、转录组、表观组进行高通量测序的...