...AVA的环境设置 export JAVA_OPTS=-Djava.awt.headless=true 但是这样也还是不行，还是显示上面报错。 请老师们帮忙解答一下怎么解决！
以下是代码，我想出现这个问题是我参数设置有问题（我是按照教学视频上的参数设置的），还是数据输入时必须要有超过两个样本才能用conet做图？ Error message: java.lang.IllegalArgumentException: After filtering, less than 3 columns remain in ...
...te_genomic_scaffold_v1.0_gene.gff.gz#解压gunzip *gz#如果没有GTF文件可以转换一下gffread P_aphrodite_genomic_scaffold_v1.0_gene.gff -T -o P_aphrodite_genomic_scaffold_v1.0_gene.gtf 空间转录组 #可选操作，选择蛋白编码的基因：#spaceranger mkgtf P_aphrodite_genom...
...，给大家的使用带来了不便，这里介绍一个工具帮助大家可以从表格文件中快速生成itol需要的配置文件美化进化树。下面给出例子： . 示例数据 1. 进化树数据 abunt-tree.nwk： ((OTU_47:0.101892516,OTU_46:0.205918075)0.999:0.12637554249999997,((...
...吗？参考基因组好像只有NCBI里有怎么办呢？这种情况下可以手动修改吗？
...补充问题】 1.对不起啊，存心大意了 2.修改了之后是这个情况 第二种情况才是我的本意，每次跑出来不对，不知道是不是参数忽略了。 麻烦各位老师了！
...一种思路的深度分布图 (2) 组装两套基因组： 第一，可以结合HiC进行组装，软件有：hifiasm；verkko；FALCON-Phase。 第二，结合亲本测序数据，软件：canu；verkko；hifiasm。 其中hifiasm是对组装之后的graph进行拆分，canu是对reads进...
...纵轴为对应的Running ES, 在折线图中有个峰值，该峰值就是这个基因集的Enrichemnt score，峰值之前的基因就是该基因集下的核心基因。 第二部分为hit，用线条标记位于该基因集下的基因 第三部分为所有基因的rank值分布图, 对应...
... 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂...
...-TA"; gene_id "Gglean025954"; 转换： Cufflinks里面的工具gffread可以直接实现GFF与GTF的互相转换。 #gff2gtf gffread my.gff3 -T -o my.gtf #gtf2gff gffread merged.gtf -o- > merged.gff3
...辑距离越小，两个串的相似度越大 fuzzywuzzy的process模块可以比较两组（个）数据，并输出比对分数 如下面的脚本即是比对自己的一组数据和参考的一组数据，并得出比对结果，比如我这里使用基因 #!/usr/bin/env python3 import pandas...
...种情况，序列本身进行比对，也就是序列自己和自己比，可以发现内部的一些重复 blastn -query aaa.fasta -subject aaa.fasta -out out -evalue 1e-5 -outfmt 6 二、blast结果 1. 比对结果输出 query_id refer_id identity alignment_length ...
...---------------------------------------------------- 1. 有sudo权限的可以执行以下步骤： sudo apt-get install librsvg2-binsudo apt-get install librsvg2-devinstall.packages("rsvg")install.packages("RIdeogram") 2. 手动下载librsvg2库： git clone https://github.com/GNOME/librsv...
...e/6113.html）进行blast2go本地化，执行以下命令后，我的b2gdb这个文件下并没有作者显示的这么多，请问是哪一个数据库我导入出了问题？有没有无参GO注释的流程或者手册之类的推荐一下？ mysql -s -uroot -p密码 b2gdb < go_monthly-assocd...
...经差异分析结果，上下调信息如下，所以我只需要第一列可以做venn图，最后一列做数量统计： 当然我的差异表达分组很多，有很多这样的文件，不同的组合比较，我需要批量的用R读入数据，然后统计分组中差异表达基因的数...