文章 fastq文件转换成fasta 文件perl

...less(@ARGV==2);use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;open my $FQ1 ,"zcat $ARGV[0] |" or die "$!";my$fq1=Bio::SeqIO->new(-fh=>$FQ1,-format=>'fastq');open my $GZ1 ,"| gzip > $ARGV[1]" or die $!;my$fqo1=Bio::SeqIO->new(-fh=>$GZ1,-format=>'fasta');my$i=0;while ( my $obj1=$fq1->next_seq() )...

问题 在学习基因组重测序过程中，执行变异结果统计与绘图展示的命令报错

..._gene_ann.stat -o /work/my_reseq/5.var_ann -n SNP_gene_ann --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index Error in library("getopt") : there is no package call...

问题 老师您好！我在使用ParaAT是报错，提示Generating homologous group files for alignments: 0，请问这个如何解决？

....pl: [OK] Checking multiple sequence aligner: muscle[OK] Checking output format: [OK] Checking output folder: [OK] Outputing input parameters: Homologous groups = homo_pairs.txt1 Amino acids sequences = Input_pep.fa Nucleotide sequences = Input_cds.fa Process file = proc.txt Output f...

问题 Failed to open tabular per-dom output file zf-C2H2.txt for writing怎么解决

问题 基因组染色体共线性分析出现 Unable to run 'false OUTFig.gp', Inappropriate ioctl for device

采用/mummer-4.0.0rc1/mummerplot进行共线性分析画图时，出现报错，如何解决？

文章 绘制venn图报错Unexpected parameter length for "category"

在进行韦恩图绘制的时候出现报错： 出现这个报错的原因是在输入数据应当是一个有名字的list，要求是这个list中的每个元素都有名字。 venn <- list(A,B,C)names(venn) <- c("A","B","C") 这样之后再进行绘制就没有问题了 附：...

问题 docker-GSDS网站出错：Request-URI Too Long The requested URL's length exceeds the capacity limit for this server.

Request-URI Too Long The requested URL's length exceeds the capacity limit for this server.

文章 进化树中bootstrap值设置

...在小数与整数间切换。 3.点击Annotation upload > upload data for Boostrap value styles 4. 设置命令为： 5.显示  以上设置将隐藏小于75的bootstrap值，不同范围的值取不同颜色 还有很多bootstrap值设置内容，想了解更多可查看以下命令格...

问题 基因家族分析时用大豆gff文件报错 killed

...ser selected by AGAT: 3 gff3 reader error level1: No ID attribute found @ for the feature: 1    ena_assembly_gap        biological_region      2584646                                                                                    2594645  .  ...

问题 在01.phylo_tree ，文件格式转换这步，用您的docke或自安装 tassel-5 ，给vcf（23G)文件排序，排成tassel认可的序列，错误如下：Use -Xmx option in start_tassel.pl or start_tassel.batto increase heap size. Included with tassel standalone zip.

文章 Centos7下Rstudio-service配置教程

...udio/rserver.conf#设置内容如下：# Server Configuration Filersession-which-r=/share/work/biosoft/R/R-v4.0.3/bin/R rsession-ld-library-path=/share/work/biosoft/gcc/gcc-v6.4.0/lib64/:/usr/lib:/usr/lib64:/share/work/biosoft/bamtools/bamtools-v2.4.0/lib/:/share/work/biosoft/gcc/gcc-v6.4.0/lib64/:/...

问题 Linux中FOR循环做BWA比对报错[main_samview] fail to read the header from "-".

按照重测序课程中的命令 for i in CB2 CB3; do echo  "RUN CMD: bwa mem  Prunus_dulcis.T2T.assembly.fa ${i}_1.fq.gz \ ${i}_2.fq.gz -t 10 -M \ -R '@RG\tID:${i}\tLB:${i}\tPL:ILLUMINA\tSM:${i}' \ |samtools view -bS -h - > ${i}.bam" nohup bwa mem  Prunus_dulcis.T2T.assembly.fa ${i}_...

文章 samtools使用

...致看一下samtools都有哪些命令 $samtools Program: samtools (Tools for alignments in the SAM format) Version: 1.9 (using htslib 1.9) Usage: samtools <command> [options] Commands: -- Indexing dict create a sequence dictionary file faidx index/extract F...

问题 win10 中docker 下载镜像报错：no matching manifest for windows/amd64 10.0.18362 in the manifest list entries

问题 老师，我正在做泛基因家族分析的结构变异与基因注释部分，出现一些错误

...之后在excel中完成修改，结果如下：之后，#建立注释库 retrieve_seq_from_fasta.pl --format refGene --seqfile ${ref}.fa ${ref}_refGene.txt --out ${ref}_refGene.fa   ，在此过程中出现许多错误并得到最终的${ref}_refGene.fa，请老师帮忙看看是否正常 ...