问题 基因家族hmmsearch时提示Failed to open tabular per-dom output file result.txt for writing

基因家族提取用hmmsearch --domtblout result.txt --cut_tc zf-C2H2.hmm  Fvesca_226_v1.1.protein.fa 时提示 Failed to open tabular per-dom output file result.txt for writing 

问题 我运行遗传群体进化的fst_pi_select_sweep.r这个脚本一直报错Error in dev.off() : cannot shut down device 1 (the null device)，将dev.off()语句改为while (!is.null(dev.list()))  dev.off()依旧报错，怎么解决？

问题 您好，请问一下 Failed to open sequence file GCF-000001735.4-TAIR10.1-protein.faa for reading，hmmsearch出现这种怎么解决呀

您好，请问一下 Failed to open sequence file GCF-000001735.4-TAIR10.1-protein.faa for reading，hmmsearch出现这种怎么解决呀

文章 Dsuite软件安装时编译报错

...alyse(int, int, const std::string&)':Dsuite_common.cpp:124:45: error: 'istream_iterator' is not a member of 'std'  124 |         VCFlineCount = (int)std::count(std::istream_iterator<char>(*vcfFile),std::istream_iterator<char>(),'\n');      |                      ...

问题 Error, no sequence for chr1 at /wcr/TransDecoder/util/gff3_file_to_proteins.pl line 82.

你好，你运行脚本的时候遇到问题了吗？Error, no sequence for chr1 at xxxxxxxxxxxxxxxx/util/gff3_file_to_proteins.pl line 82.

问题 在学习基因组重测序过程中，执行变异结果统计与绘图展示的命令报错

..._gene_ann.stat -o /work/my_reseq/5.var_ann -n SNP_gene_ann --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index Error in library("getopt") : there is no package call...

问题 输入脚本后报错，python mcscan jcvi 共线性分析报错:ValueError: invalid literal for int() with base 10: ''

文章 fastq文件转换成fasta 文件perl

...less(@ARGV==2);use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;open my $FQ1 ,"zcat $ARGV[0] |" or die "$!";my$fq1=Bio::SeqIO->new(-fh=>$FQ1,-format=>'fastq');open my $GZ1 ,"| gzip > $ARGV[1]" or die $!;my$fqo1=Bio::SeqIO->new(-fh=>$GZ1,-format=>'fasta');my$i=0;while ( my $obj1=$fq1->next_seq() )...

问题 老师您好！我在使用ParaAT是报错，提示Generating homologous group files for alignments: 0，请问这个如何解决？

....pl: [OK] Checking multiple sequence aligner: muscle[OK] Checking output format: [OK] Checking output folder: [OK] Outputing input parameters: Homologous groups = homo_pairs.txt1 Amino acids sequences = Input_pep.fa Nucleotide sequences = Input_cds.fa Process file = proc.txt Output f...

问题 Failed to open tabular per-dom output file zf-C2H2.txt for writing怎么解决

问题 基因组染色体共线性分析出现 Unable to run 'false OUTFig.gp', Inappropriate ioctl for device

采用/mummer-4.0.0rc1/mummerplot进行共线性分析画图时，出现报错，如何解决？

文章 进化树中bootstrap值设置

...在小数与整数间切换。 3.点击Annotation upload > upload data for Boostrap value styles 4. 设置命令为： 5.显示  以上设置将隐藏小于75的bootstrap值，不同范围的值取不同颜色 还有很多bootstrap值设置内容，想了解更多可查看以下命令格...

文章 绘制venn图报错Unexpected parameter length for "category"

在进行韦恩图绘制的时候出现报错： 出现这个报错的原因是在输入数据应当是一个有名字的list，要求是这个list中的每个元素都有名字。 venn <- list(A,B,C)names(venn) <- c("A","B","C") 这样之后再进行绘制就没有问题了 附：...

问题 docker-GSDS网站出错：Request-URI Too Long The requested URL's length exceeds the capacity limit for this server.

Request-URI Too Long The requested URL's length exceeds the capacity limit for this server.

文章 samtools使用

...致看一下samtools都有哪些命令 $samtools Program: samtools (Tools for alignments in the SAM format) Version: 1.9 (using htslib 1.9) Usage: samtools <command> [options] Commands: -- Indexing dict create a sequence dictionary file faidx index/extract F...