aggregate可以对数据分组处理，见：https://www.omicsclass.com/article/153 页面 limma包提供一个函数avereps可以对相同ID的数据取均值，识别的输入数据可以是matrix,MAList或者EList，后两者涉及芯片数据标准化过程，此处仅介绍如何针对matrix...
KEGG数据库收费以后，很多单位的KEGG数据库还是用曾经免费的那版本，一直没有更新。由于现代测序技术和信息技术的发展，KEGG数据库有很多的更新，所以更新KEGG数据库是非常有必要的，一般来说需要更新的信息包括，蛋白序...
...低、实验成本低的优势。但是很多老师设计了实验、拿到数据之后，不太清楚应该让测序公司使用哪种分析算法比较合适，今天小编就给大家简述下两种主流算法—ED算法和SNP-index算法的原理和区别。 ED算法 ED是Euclidean distance...
老师您好：数据上传遇到几个问题，想要请教您。 1.文章投稿前，需要上传转录组数据到SRA或GEO，请问一般传哪个数据库？ 2. 转录组数据上传，是只上传测序数据，还是上传测序+组装，还是测序+组装+表达量...
TCGA数据下载完成后，运行prepare代码进行数据整理时报错，如图所示，如何解决？谢谢啦！
...两个基因的连线会看起来像是断线，但是我后来查了一下筛选的串联基因文件发现这两个基因并没有串联关系，请问一下这个是什么情况呢。具体要怎么解决。 断线就如同上述所示，蓝色圆圈圈出来的。 找到原因了，确实是...
...教课书，但是最近神经领域权威杂志《Neuron》上的一篇大数据分析文章发现，其实老年痴呆很可能与病毒感染有关，这将完全颠覆我们的认知，同时这也突显了生物信息数据挖掘在生命医学中的重要性。下面我们来简单看看这篇...
目前在对转录组数据进行分析的时候，通常使用的数据库有： GO http://www.geneontology.org KEGG http://www.genome.jp/kegg/ NR ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db SwissProt http://web.expasy.org/docs/swiss-prot_guideli...
获取芯片原始数据得到为标准化的数据，需要查看原数据的分布情况，可以通过多种方法获得分布图片。 以affy包ReadyAffy()读取CEL结果：AffyBatch对象为例（GSE66196） 1、箱线图：基于boxplot查看，在加载affy之后，利用boxplot可以直...
不同于affy包对affymetrix芯片数据分布绘图，Illumina microarray数据分布是基于lumi包： boxplot-method density-method（或者hist) affy包也可以利用boxplot，不过密度图利用hist,此处就展示一些lumi包针对Illumina microarray绘图过程（GSE63229）： ...