TCGA数据下载完成后，运行prepare代码进行数据整理时报错，如图所示，如何解决？谢谢啦！
...教课书，但是最近神经领域权威杂志《Neuron》上的一篇大数据分析文章发现，其实老年痴呆很可能与病毒感染有关，这将完全颠覆我们的认知，同时这也突显了生物信息数据挖掘在生命医学中的重要性。下面我们来简单看看这篇...
获取芯片原始数据得到为标准化的数据，需要查看原数据的分布情况，可以通过多种方法获得分布图片。 以affy包ReadyAffy()读取CEL结果：AffyBatch对象为例（GSE66196） 1、箱线图：基于boxplot查看，在加载affy之后，利用boxplot可以直...
目前在对转录组数据进行分析的时候，通常使用的数据库有： GO http://www.geneontology.org KEGG http://www.genome.jp/kegg/ NR ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db SwissProt http://web.expasy.org/docs/swiss-prot_guideli...
不同于affy包对affymetrix芯片数据分布绘图，Illumina microarray数据分布是基于lumi包： boxplot-method density-method（或者hist) affy包也可以利用boxplot，不过密度图利用hist,此处就展示一些lumi包针对Illumina microarray绘图过程（GSE63229）： ...
在进行数据集处理时，经常会合并两个数据集，这里说一下合并数据集常用的2个函数： 合并列：cbind 合并行：rbind 1.cbind cbind使用非常直观简单。当我们需要直接合并2个矩阵或数据框，不需要指定任何公共索引时，可以采用c...
...矩阵U计算两套样方排序得分，一套使用中心化后的原始数据Y，获得在原始变量Y空间内的样方排序坐标，即计算YU，在vegan里面称为“样方得分”；另一套使用拟合值矩阵Y^获得在X空间内的样方排序坐标，即计算Y^U，vegan里面称为...
...果物种选取的较少，也可以绘制成三角形的图片。1.下载数据绘制图片之前，我们需要下载数据，这里我们以下载拟南芥，白菜，甘蓝，油菜的数据（下载的数据为：gff和cds文件）为例，油菜的数据来自hzau网站（http://cbi.hzau.edu.c...
请问拼装的转录组数据如何上传到TSA数据库，麻烦给说一下相关的上传提交步骤，或者有相关的视频课程吗？谢谢。 另外，我需要把哪些拼装序列上传到TSA？谢谢！
pfam数据库被interpro数据库合并了，还有很多宝藏数据库可以进行结构域的查询 给大家推荐pfam官网推荐到数据库——HMMER网站 网站链接：hmmscan search | HMMER (ebi.ac.uk) 放入查询到序列，缺点是不能放文件，根据需要进行选择要查...
Mapman除了对基因进行注释及表达数据可视化之外，还可以利用软件之际对多样品数据进行聚类分析。主要操作过程如下： 从Experiments导入表达数据,具体参考文章：植物代谢通路注释+基因表达可视化神器--Mapman 按shift 或者ctrl...
GEO数据库是NCBI开发的基因表达数据库，主要接收通过高通量测序、基因芯片等方法获得的基因表达数据——这就方便大家利用他人数据发文章了。 而进行GEO数据挖掘的第一步就是进行数据下载，但是进入网站点点来下载，查询...