目前我的数据有39条contigs，3543 个protein-coding genes, 10 rRNA genes, 65 tRNA genes等等，我想把这些数据上传到Genome数据库，需要准备什么未见啊，恳求指点
WGCNA中的性状数据，主要可以分成两类： 1. 数量性状的数据 数量性状的数据，不需要改变，保持原有的值即可，比如年龄，复发时间等。 2. 分类数据 分类数据，需要进行one-hot 编码。也就是说分类数据只有0，1两种值，不同...
aggregate可以对数据分组处理，见：https://www.omicsclass.com/article/153 页面 limma包提供一个函数avereps可以对相同ID的数据取均值，识别的输入数据可以是matrix,MAList或者EList，后两者涉及芯片数据标准化过程，此处仅介绍如何针对matrix...
KEGG数据库收费以后，很多单位的KEGG数据库还是用曾经免费的那版本，一直没有更新。由于现代测序技术和信息技术的发展，KEGG数据库有很多的更新，所以更新KEGG数据库是非常有必要的，一般来说需要更新的信息包括，蛋白序...
你好，我做小麦基因家族分析时筛选得到的Terpene_synth_C_removed_redundant_and_confirmed_IDlist.txt这个文件的基因是141个，运行下面的命令，得到的Terpene_synth_C_domain_new_out_removed_redundant.txt这个文件怎么是147个？谢谢老师 ！ manager@bl8vbox[ge...
老师您好：数据上传遇到几个问题，想要请教您。 1.文章投稿前，需要上传转录组数据到SRA或GEO，请问一般传哪个数据库？ 2. 转录组数据上传，是只上传测序数据，还是上传测序+组装，还是测序+组装+表达量...
目前在对转录组数据进行分析的时候，通常使用的数据库有： GO http://www.geneontology.org KEGG http://www.genome.jp/kegg/ NR ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db SwissProt http://web.expasy.org/docs/swiss-prot_guideli...
...教课书，但是最近神经领域权威杂志《Neuron》上的一篇大数据分析文章发现，其实老年痴呆很可能与病毒感染有关，这将完全颠覆我们的认知，同时这也突显了生物信息数据挖掘在生命医学中的重要性。下面我们来简单看看这篇...
TCGA数据下载完成后，运行prepare代码进行数据整理时报错，如图所示，如何解决？谢谢啦！
获取芯片原始数据得到为标准化的数据，需要查看原数据的分布情况，可以通过多种方法获得分布图片。 以affy包ReadyAffy()读取CEL结果：AffyBatch对象为例（GSE66196） 1、箱线图：基于boxplot查看，在加载affy之后，利用boxplot可以直...
不同于affy包对affymetrix芯片数据分布绘图，Illumina microarray数据分布是基于lumi包： boxplot-method density-method（或者hist) affy包也可以利用boxplot，不过密度图利用hist,此处就展示一些lumi包针对Illumina microarray绘图过程（GSE63229）： ...