文章 在凤蝶属基因组中的基因进化分析和水平基因转运(HGT)模式

...Genomics》杂志发表了一篇题为“ Genomic evolution and patterns of horizontal gene transfer in Papilio”的比较基因组文章。文章研究了11个凤蝶物种间的进化关系，分析物种中的HGT事件，揭示不同种之间存在的显著差异。” 01 — 基因组获取...

文章 GATK SPARK 环境安装 加速GATK

... curl -fL https://github.com/coursier/coursier/releases/latest/download/cs-x86_64-pc-linux.gz | gzip -d > cs && chmod +x cs && ./cs setup --install-dir  /share/biosoft/scala/binexport PATH=/share/biosoft/scala/bin:$PATH 2， 安装Spark 并设置环境变量： wget https:/...

文章 immunedeconv 包安装错误： download from 'https://api.github.com/repos/icbi-lab/immunedeconv/tarball/HEAD' failed

...s::download.file(url, path, method = method, quiet = quiet,  :  download from 'https://api.github.com/repos/icbi-lab/immunedeconv/tarball/HEAD' failed 可以用Rstudio安装包： 以管理员身份打开Rstudio：   然后在终端依次运行： 以下代码： #设置镜...

问题 asv分类报错

...e2' and setting permissions on it.The above exception was the direct cause of the following exception:Traceback (most recent call last):  File "/root/miniconda3/envs/qiime2-amplicon-2024.2/lib/python3.8/site-packages/q2cli/click/type.py", line 116, in _convert_input    result, error = q2cli.util...

问题 老师，我在用GATK的VariantFiltration过滤SNP的时候，遇到了报错java.lang.IllegalArgumentException: Inconsistent number of provided filter names and expressions: names=[PASS, my_snp_filter] exps=[QD < 2.0 || MQ < 40.0 || FS > 60.0]

文章 字节跳动核心竞争力到底是什么？

2012年创建的字节跳动，短短几年时间发展到估值接近千亿美元的互联网大鳄，拥有今日头条、抖音、西瓜视频等多个爆品app，除了搭上了移动互联网的春风，其企业自身的核心竞争力也得到了极大的体现。因此，对其核心竞争...

文章 perl 中 $#ARGV 是什么意思

...and-line arguments intended for the script. $#ARGV is generally the number of arguments minus one, because $ARGV[0] is the first argument, not the program's command name itself. See $0 for the command name. $#加数组名表示数组最后一个元素的索引这种方式在实际的代码中不常...

文章 Seurat 对象手动添加降维结果 UMAP PCA TSNE 等

CNV=obj_cnv_all@meta.data[,c("cnv_umap_1", "cnv_umap_2")] colnames(CNV)=paste0("cnv_umap", 1:2) CNV=as.matrix(CNV) obj_cnv_all[["cnv_umap"]] <- CreateDimReducObject(embeddings = CNV, key = "cnv_umap_", assay = "RNA") obj_cnv_all[["RNA4"]] <- as(object = obj_cnv_all[["RNA"]], Class = "A...

问题 用 hisat2 建索引时出现 “is not reverse-deterministic, so reverse-determinize...”

...接位点位置信息和外显子位置信息，之后用如下命令： hisat2-build -p 12 --exon ${EXON} --ss ${SPLICE} ${FASTA_File} ${BASE_NAME} 结果如图所示： 最后系统自动kill掉了建索引的进程，请问这该怎么解决？谢谢！

文章 从gff文件当中提取对应转录本ID的基因结构信息用于GSDS绘制结构图脚本更新

脚本名称：get_gene_exon_from_gff.pl 用法：perl ../script/get_gene_exon_from_gff.pl -in1 WRKY_domain_new_out_emoved_redundant.txt -in2 Arabidopsis_thaliana.TAIR10.31.gff3 -out gene_exon_info.gff 输出结果（部分）： 脚本源代码： use Getopt::Long; my %opts; use Data::Dumpe...

问题 老师您好，我在运行megahit对200多个环境微生物宏基因组数据进行组装时，megahit报错Exit code -9

...ut_prefix /data2/temp/megahit/tmp/k21/21 --num_cpu_threads 64 -k 21 --kmer_from 0 --input_prefix /data2/temp/megahit/tmp/k21/21 --need_mercy; Exit code -9 应该是运行内存不够，目前是1T运存，是否可以分成几个批次组装，然后合并组装后的final.contigs文件，再去冗...

问题 R gsl 报错

      |     ^~~~~~~~~~~~~~~~~ make: *** [/share/work/biosoft/R/R-v4.2.2/lib64/R/etc/Makeconf:169: ellint.o] Error 1 ERROR: compilation failed for package ‘gsl’ * removing ‘/share/work/biosoft/R/R-v4.2.2/lib64/R/library/gsl’ The downloaded source packages are in ‘/tmp/RtmpSMiwn...

问题 请问怎么从镜像里拷贝pl脚本2.0

 /share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl /share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl 请问老师，这两个脚本怎么从镜像里下载呢。——————（以下是问题背景）——————课题组服务器不让安docker...

问题 你好，刚才那个问题写的乱了，Univar

Error in parse(text = x, keep.source = FALSE) :    <text>:1:9: unexpected input 1: mysurv~1_             ^  这是怎么回事，怎么纠正

文章 linux大文件分割 分开行数小文件 split命令

linux大文件分割 split命令 inux split 命令　　功能说明：切割文件。　　语　　法：split [--help][--version][-<行数>][-b <字节>][-C <字节>][-l <行数>][要切割的文件][输出文件名]　　补充说明：split可将文件切成较小的...