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文章 R语言的小tip

...:输出pdf格式与png格式的图表时,两种格式中的字体大小一致时,在使用size参数时,将字号用函数I()引起来 0-1标准化是指将数据按比例缩放,使之落入0-1区间:x=(x-min)/(max-min)

文章 R语言绘制多分组差异分析结果图

下图是一篇文献中展多分组差异分析的结果图,今天教大家如何使用R语言绘制一张类似的图。 加需要的包 # 1.安装CRAN来源常用包 #设置镜像, local({r <- getOption("repos") r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/" options(r...

文章 Bowtie2使用方法与参数介绍

...缩. --al-bz2 <path> ... ,bz2压缩. --un-conc <path> 将能和谐比对的paired-endreads写入<path>. --un-conc-gz <path> ... ,gzip压缩. --un-conc-bz2 <path> ... ,bz2压缩. --al-conc <path> 将至少能和谐比对一次以上的paired-endreads写...

问题 老师,我想问一下,第一列的1234这种数字代表的是啥呀?我能能自己添加?

第一张是拟南芥的,第二张是我自己物种的,上传到基因结构分析分析网站GSDS网址的时候,它显示我的gff文件的第一列有问题让我检查(第三张图)

问题 MutMap_framework1.4.4

http://genome-e.ibrc.or.jp/home/bioinformatics-team/mutmap 需要下MutMap Pipeline(MutMap_framework1.4.4.tar.gz),但这个网站好像下下来了,请问哪位有没有保存的给我发一份,万分感谢。

问题 mapman非模式植物基因注释时遇到的问题

Mercator3.6几秒就变成完成注释,但是页面下了,Mercator4能够注释成功,但是得到的基因注释文件跟mapman的binname一致,出图也是错位的

问题 mapman非模式植物基因注释时遇到的问题

Mercator3.6几秒就变成完成注释,但是页面下了,Mercator4能够注释成功,但是得到的基因注释文件跟mapman的binname一致,出图也是错位的

问题 课程里TCGA数据下代码问题

...第二个问题,我按照给的代码运行,运行到这步报错了,知道该怎么解决,希望老师能帮看看

问题 GBLUP模型问题

...-tcrossprod(X)/ncol(X),分母的ncol(X)和常规的VanRaden G矩阵定义一样,这个会对结果有影响吗? (2)能否简单解释一下为什么GBLUP模型的预测值是这么计算的:y_pred = final_fm$mu + as.vector(G21 %*% solve(G11) %*% final_fm$ETA[[1]]$u)

问题 做重测序取样和做转录组取样要求一样吗?

我有同一个样品既需要做重测序也要做转录组,知道取样上是否有区别?

问题 计算KaKs

计算KaKs时,输入命令后,显示能打开文件,如下图,知道哪里操作错了,注:已经将KaKs_Calculator2.0文件从课程视中下并存放到share3目录下,并解压。 manager@bl8vbox[gene_deplication] /home/manager/share3/KaKs_Calculator2.0/KaKs_Calculator2...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-CRC直肠癌(GSE178341)

... MMRd 患者的 371,223 个肿瘤细胞和邻近正常细胞进行了转录分析。无监督分析确定了来自 7 个同细胞谱系的 88 个细胞亚群,以及 204 个基因表达程序的相关概要。对这些程序的检查揭示了广泛的转录和空间重编程,这是 MMRd 和 MM...

问题 怎么在linux服务器上安装bioperl,以及Bio:SeqID 模块,非root权限

好多基因家族分析的脚本呢=都要用到bioperl,都需要安装,虚拟机好像足以支撑大的基因家族分析,太慢,太卡,所以求在linux上安装bioperl的方法,我试过网上的几个,都没安装成功 有一种方法感觉安装成功了,但是运行脚...

文章 DNBelab C4单细胞RNA-Seq文库制备

...DNBelab C4单细胞RNA-Seq文库制备流程基于Drop-Seq技术原理,匹配自主研发的多磁珠识别技术,包括两种捕获磁珠,分别为大磁珠和小磁珠。大磁珠表面修饰有长、短两种捕获序列,数目多达10的7次方。长捕获序列用于捕获mRNA,短捕...

问题 ANNOVAR注释问题

..._input,并没有输出vcf文件,以及输出的注释好的文件也是完全的,请问这是怎么回事?是内存够吗?