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文章 R语言barplot 设置x轴标签垂直

... 此外,我们在网易云课堂上有各种教学视频,有兴趣可以了解一下: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂...

问题 从https://ricerc.sicau.edu.cn/下载的基因组和gff文件进行水稻泛基因分析,无法获取longest_isoform.gff3文件

...sicau.edu.cn/。 请问各种做水稻泛基因家族的朋友怎么解决这个问题的

文章 cytoscape-cytoHubba插件的安装与使用

...兴趣的基因进行分析(一般是对整个网络分析的话,此项可以忽略) 5、点击左下方:显示最短的路径;显示出hub gene连接的第一个节点;显示出最长的子网络) 6、右边的列表就显示关键基因的排名:颜色越深,证明分数越...

文章 Python虚拟环境解决不兼容问题

... $ mkdir Workdir $ cd Workdir # 创建虚拟环境,命名为venv, 名称可以随便取,最好是能辅助记忆的名称 $ virtualenv venv New python executable in /Users/zhangqiuxue/Workdir/venv/bin/python Installing setuptools, pip, wheel...done. # 创建完之后,工作目录下面就有...

文章 docker 中vi vim显示颜色配置

...set ts=4# colorscheme用于选择配色方案 colorscheme desert 或者可以在总的配置:所有用户有效   vim /etc/vimrc  在文件最后一行加入如下行。 colorscheme desert

文章 Cox生存分析与KM生存分析介绍 生存分析(Survival Analysis) Cox proportional hazards model

...致无法继续跟踪 2 生存概率(Survival probability) 生存概率叫作生存方程S(t)=Pr(T>t),生存方程指的是实例出现感兴趣的事件的时间 T不小于给定的时间 t的概率。 2.1 Kaplan-Meier survival estimate KM方法是一种无参数方法(non-parametri...

问题 使用GSDS绘制转录本结果,other feature选项的没有显示

... F5 AT1G109205 4500 5000 F6 AT1G109205 3200 3300 F7 结果如下图: 可以other feature的结果并没有显示出来,这是为什么?

文章 主成分分析(PCA)如何计算方差解释率

...方差贡献率。通常,求得了PCA降维后的特征向量,我们就可以绘图,但各个维度的方差解释率没有得,就无法获得PC坐标的百分比。 (文章链接:https://doi.org/10.1038/s41467-021-23879-2) 方差解释率计算方式(以R为例) 1.方差...

文章 linux行列互换

... 此外,我们在网易云课堂上有各种教学视频,有兴趣可以了解一下: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂...

文章 qsub任务投递系统的常用命令 SGE任务调度

...一个命令行工具。它的主要作用是将用户提交的任务加入队列中,等待计算节点执行。qsub可在Unix/Linux等操作系统下使用,是高性能计算集群中提交任务的标准方式之一。 1. 命令格式 qsub [-ACdfklmnpqtTv] [-@ 条件] [-a 开始时间] [-...

文章 GATK报错:Could not find walker with name: VariantFiltration

...------------------------------------------------------------------------- 这个报错原因是java版本问题,我使用的是最新版本jdk-19.0.1,将它改为jdk1.8.0_161版本之后问题就解决了

文章 R语言基础入门—运算符!

...! 此外,我们在网易云课堂上有各种教学视频,有兴趣可以了解一下: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂...

问题 RepeatMasker输出没有.divsum文件

...lRepeats.final.lib contig.fa# -e rmblast 指定搜索引擎为rmblast,还可以选择crossmatch、abblast或者hmmer# -species "Danio rerio" 指定物种为斑马鱼,物种名必须在NCBI物种分类数据库(Taxonomy)中,推荐使用拉丁学名# -pa 12 使用12线程运行RepeatMasker# -s ...

文章 Cox生存分析中Risk Score 的计算

...型中的协变量应与对数风险比呈线性关系。 所以公式1 可以转换成:                              很多同学在文献中都看了 Risk Score 是采用:                    这种形式,那就有几个问题了: 1. 我们课...

文章 cox回归PH假设检验

...分布则,表示残差与时间相互独立。 从上面的结果可以看出,三个变量的P值都大于0.05,说明每个变量均满足PH检验,而模型的整体检验P值0.1036,模型整体满足PH检验。上图中实线是拟合的样条平滑曲线,虚线表示拟合曲线...