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文章 计算Kaks时批量提取多对基因的序列

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文章 perl程序文件中的第一行:#!/usr/bin/perl

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文章 ssh-keygen和ssh-copy-id实现免密登录远程主机

... ssh免密登录的过程我们已经清楚了,现在来说说是怎么回事,为什么和我们想象的不一样。 ssh-keygen的过程,其实不光生成了id_rsa.pub,同时还生成了id_rsa这个文件,这个文件就是私钥,保存在本机的。ssh远程登录的过程,...

文章 如何将ENSEMBL ID转换成Gene ID(ENTREZID)或者Symbol

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文章 堆叠柱状图-ggplot2

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问题 GEO数据库下载的表达矩阵转换成genesymbol。

...esymbol时报错。perl脚本。请问perl脚本的问题出在哪?需要怎么修改。 脚本如下: use strict;use warnings;print STDERR "gene symbol column number: ";my $geneSymbolCol=<STDIN>;chomp($geneSymbolCol);$geneSymbolCol--;my $expFile="probeMatrix.txt";my $gplFile="ann.txt";m...

文章 HMMER ——hmmsearch 用法,参数

...中,只不过interpro下载之后是压缩文件,)提供hmmer的操作格式。 hmmer工具箱的内容 以下包含了hmmer最新版本呢的全部工具 hmmbuild: build profile from input multiple alignmenthmmalign: make multiple sequence alignment using a profilehmmsearch: search prof...

文章 VennDiagram各区域信息提取

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文章 分组柱状图--ggplot2

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文章 提取miRNA前后500bp序列

...,提取会比较麻烦,可用以下方法提取: 1.首先利用blast软件将miRNA的前体序列与基因组比对,获取前体序列的位置信息,比对方法: makeblastdb -in Donkey_Hic_genome.20180408.fa -dbtype nucl -title Donkey_Hic_genome.20180408.fablastall -i miRNA_Pre.fa -d...

文章 R语言宽型与长型数据转换tidyr包

...shape2包,在数据处理阶段,它帮助我们很容易的实现长宽格式数据之间的转换。而今天所要学习的tidyr包可以看作是reshape2包的进化版本,该包的作者依旧是Rstudio的首席科学家,R语言界的大神Hadley Wickham。tidyr包往往与dplyr包结合...

文章 关于Cytoscape利用蛋白质互作网络分析info文件绘制网络图过程中节点String_id转换成GeneID 或者Symbol问题

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文章 芯片RNA降解情况

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文章 木薯NBS基因家族分析

...直在说可以“用别人的数据,写自己的文章”,但是具体怎么操作,很多同学还是不清楚。今天就用一个完全用公共数据库资源进行分析发文的例子来和大家分享下这方面的思路。 读前准备知识点 1. NBS-LRR是最大的抗性基因...

文章 samtools tview 可视化查看比对结果

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