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文章 去除文件中的空行

...n' 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下：1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点...

问题 WGCNA分析生成的单个模块txt文件非常大，请问老师有没有什么好的方法能打开？以及找到的如下代码如何使用？谢谢

找到了一种R的方法，不知道对不对，如果不对，老师是否有代码能够打开或者拆分大的txt文件？大概5G 这段代码，有个问题，就是filename这里是否要改成自己的文件名？eachfile_lines_num这里呢？就这样放着，还是改成一个数值？ ...

问题 老师好，我在做课时20 比较基因组学分析时 最后生成的图有9个染色体无法生成对比

老师好，我在做课时20 比较基因组学分析时 最后生成的图有9个染色体无法生成对比 但从这张图可以看出是有相关性的 请老师解答，谢谢~

文章 awk统计文件某列中某关键词出现次数

有时我们需要统计文件的某列中某些词出现的次数，可以在Linux下使用sort | uniq -c，那用awk怎么操作呢? 示例文件test.txt a 00 b 01 c 00 d 02 1、统计文件test.txt中第2列不同值出现的次数 awk '{sum[$2]+=1}END{for(i in sum)print i"\t"sum[i]}' test...

文章 epstopdf软件下载安装

...le 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂...

问题 利用getGEO函数下载GSE数据时提示“Error in open.connection(x, "rb") : cannot open the connection”下载GDS，GPL和GSM都是正常的。

我就觉得奇怪了，下载GDS.GPL和GSM的时候都是正常的，就是这个GSE下载不了，就这样提示，谢谢！

文章 DNA和氨基酸 编码对照表IUPAC

...位点该如何处理成一条单链呢，这里有DNA编码对照表，就可以把杂合位点编码成一个字母记录序列信息： 数据来源：https://www.bioinformatics.org/sms/iupac.html IUPAC nucleotide codeBaseAAdenineCCytosineGGuanineT (or U)Thymine (or Uracil)RA or GYC or TSG or C...

文章 perl计算计算以2为底的对数

... 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂...

文章 使用fastp软件对fastq文件进行剪切

fastp是一款较新的数据质控软件，可以对测序数据进行处理。这里介绍如何对fastq文件进行剪切。 其命令如下: fastp --in1 data_yuanshi/Tres_2_1.clean.fq.gz --out1 Tres_2_1.clean.fq.gz --in2 data_yuanshi/Tres_2_2.clean.fq.gz --out2 Tres_2_2.clean.fq.gz  --trim_...

问题 老师好，我在做课时20 比较基因组学分析时 在/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.catalog ortholog ATH Zj --cscore=0.7这一步出错 请老师指点

...一步出错，没有生成anchors文件，请老师指点bed与cds名字也是对应的 这是唯一生成的一个文件last 请老师指点~

文章 如何绘制一份韦恩图

...来越复杂，是不是感觉识图都有点吃力了，其实维恩图还可以绘制6维，甚至更高纬度，但是那就更加的复杂，丧失了图形直观的的优势。一般科技文献中常用的都在4纬及以下。 你能想象6维，7维韦恩图是什么样吗？如果你想象...

问题 转录组上游分析之定量比对Hisat2出现内部异常错误

...误，不知道怎么回事 另外，我用了fastp进行数据过滤，也得到同样的bug，所以不是数据过滤的问题同时我把-1和-2的$变量目录改成绝对目录，也是不行，还是同样bug难道是索引问题？还是Hisat2版本识别不了的问题？请大家帮忙看...

文章 samtools过滤多重比对reads

... 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂...

文章 data.frame参数check.names

R语言在读取数据 例如read.table 添加check.names=F 参数可以保证数据种特殊的字符正常读取： 如数据表头 “-”被认为是“."  > A=read.table("F:/test/WGCNA/data/fpkm/All.DEG_final_3000.xls",sep="\t",check.names=T,header=T)> head(A,2)         ID ...

问题 老师我在做泛基因家族分析里面的泛基因列表构建，生成last.txt文件非常慢，帮忙修改命令

...各自的processed.txt文件，最后合并成last.txt，  但发现我的这个非常慢，第一个基因组 就运行了二十多个小时，现在还没结束，能帮忙修改命令吗？