找到约 15 条结果

文章 如何预测CpG岛

... .       ID=Gbar_A01.15 好了，今天小编就先给大家介绍到这里，希望对您的科研能有所帮助！祝您工作生活顺心快乐！

文章 BiocManager::install("metagenomeSeq") 报错：77 -fpic -g -O2 -c blkest.f -o blkest.o

... 77 命令其实就是：gfortran 命令，做个软连接：就可以解决：

问题 老师您好，我在运行megahit对200多个环境微生物宏基因组数据进行组装时，megahit报错Exit code -9

...rcy; Exit code -9 应该是运行内存不够，目前是1T运存，是否可以分成几个批次组装，然后合并各个批次组装后的final.contigs文件，再去冗余，之后再进行基因预测或者分箱的操作这样可行吗

文章 LTR_HARVEST的并行软件LTR_HARVEST_parallel

...。其中LTRharvest软件运行耗时很长，而用LTR_HARVEST_parallel则可以大大缩短时间。 1. LTRharvest的下载  LTRharvest是genometools下的一个功能，因此需要下载genometools wget https://github.com/genometools/genometools/archive/refs/tags/v1.6.5.tar.gz tar zxvf ...

问题 533个品种先根据盐浓度下发芽率，初步在盐胁迫下挑选120个具有不同发芽时间的品种（不发芽的品种忽略，会导致出现重复表型），然后进一步进行详细表型分析（增加测量性状，如根长、芽长、光谱性状），然后做GWAS关联。

这样的试验设计是否可以回答120个品种，样本太少的问题。

文章 bedtools求交集

...处理基因组信息分析的强大工具集合，其中 intersect 函数可以求区域之间的交集。 其用法： bedtools intersect [OPTIONS] [-a|-abam]-b BED 输入文件是bed格式，至少三列，分别是染色体，起始位置(0-based,  包括)，终止位置  (1-based，不...

文章 GenomicsDBImport 的多样本变异检测

...上的 SNP Calling，但是它的另一个优点是可扩展性，即随时可以向 database 里添加新的材料，以扩大群体数量，而不用对旧的数据再从头操作一次。 Tips：GenomicsDBImport 会按 intervals 进行变异检测，即每计算一个 interval 都会将所有...

文章 一行代码检查GWAS分析中表型数据的错误

...及除了数字和NA之外的所有字符以及所在的行数，之后就可以根据这些出错的地方检查修改表型数据了。

文章 IF=8.86|肝癌免疫相关lncRNA预后标志物文献解读

...生率与死亡率很高，其致病因素繁多，但HCC 的药物治疗也取得了相当大的进展，尤其是免疫检查点抑制剂 (ICI) 2.lncRNA 与 DNA、RNA 和蛋白质相互作用并表现出增强或抑制作用。正常发育和肿瘤发生（如 HCC）都涉及 lncRNA 的调节 3....

问题 老师，请问做Conet 构建的时候只有两个样本，但是有多个环境因子能做图吗？我导入数据报错了“After filtering, less than 3 columns remain in the input matrix!”请问该如何解决呢？

以下是代码，我想出现这个问题是我参数设置有问题（我是按照教学视频上的参数设置的），还是数据输入时必须要有超过两个样本才能用conet做图？ Error message: java.lang.IllegalArgumentException: After filtering, less than 3 columns remain in ...

问题 flexbar2.2版本去接头的过程中format不正确，报错文件格式不正确【课程RNAseq有参转录组数据分析】

...补充问题】 1.对不起啊，存心大意了 2.修改了之后是这个情况 第二种情况才是我的本意，每次跑出来不对，不知道是不是参数忽略了。  麻烦各位老师了！

文章 TCGA 数据的多组学WGCNA联合分析

...存分析显著相关的module 中的hub Gene和miRNA 进行生存分析，可以看到一些Gene和miRNA与癌症的预后有显著的相关性。 miRNA-Gene 调控网络 通过miRNA 预测靶基因，发现miRNA 调控的基因，并将这种调控关系与代谢通路（pathway）相联系，构...

文章 关于CodeML分析中Branch-Site模型假设

...omega=1）（零假设）进行比较，df=1；          model A还可以与site model 中的M1a进行显著性水平比较； （2）mosel B 通常与site model 中的M3进行显著性水平比较，df=2； （3）mosel C 通常与site model 中的M1a进行显著性水平比较，df=3...

文章 bedtools统计序列中碱基含量

bedtools软件中的nuc函数工具可以统计序列碱基含量，其具体用法如下： Tool:    bedtools nuc (aka nucBed)Version: v2.25.0Summary: Profiles the nucleotide content of intervals in a fasta file.Usage:   bedtools nuc [OPTIONS] -fi <fasta> -bed <bed/gff/vcf>Options:...

文章 电脑安装Linux系统后配置网口及NFS 服务手动挂载文件

...#格式化mkdir /export/data1mount /dev/sda1 /export/data1 #磁盘挂载到目录df -h #查看 vi /etc/exports #目录共享出去/export/data1 10.1.1.0/255.255.255.0(rw,no_root_squash,async)固定挂载：blkid /dev/sda1/dev/sda1: UUID="60588444-b0a0-4956-a40a-8251965e7887" TYPE="ext4"...