问题 基因家族问题 追问

...外显子编码的200个aa的保守区。这个在后续进行基因结构分析，染色体位置信息及其他分析时要怎么做呀？谢谢 追问一下，不好意思，还不是很懂，我看后续用来提取位置信息的用的是domain new out removed redundant.txt 这个文件，我...

问题 做有参转录组分析，在进行基因表达定量的时候，其中一个转录组出现如下错误，看不太懂，想请教一下老师问题如何解决

19000000 SAM alignment record pairs processed.19100000 SAM alignment record pairs processed.19200000 SAM alignment record pairs processed.19300000 SAM alignment record pairs processed.19400000 SAM alignment record pairs processed.19500000 SAM alignment record pairs processed.19600000 SAM alignment r...

问题 老师，我在用MCscan java family_circle_plotter时，出来的圈图还有基因对都没有我的基因家族的分析，检查过路径也没问题，请问老师这是什么问题

OS.gff family.ctl gene_family,txt

问题 老师您好，我有个问题想请教您，就是以您看的文献来说，您觉得有转录因子调控CDPK激酶的文献，就是说转录因子可以和CDPK激酶的启动子结合的例子吗？因为我用某个CDPK酵母双杂交筛到了一个转录因子，现在不确定到底是这个转录因子结合了CDPK的启动子，还是这个CDPK激酶对这个转录因子磷酸化，对于它们的上下游关系我还不是太明白，是不是用CDPK筛到的转录因子就说明了什么关系呢它们之间

文章 feature 重要性排序棒棒糖图

... Gain        Cover    FrequencyUQCRC2 0.0688893642 0.0649316036 0.0415455633MTCH2 0.0324376628 0.0273261500 0.0213711746TBK1 0.0279487991 0.0339715594 0.0196614806PGM1 0.0261452220 0.0329089525 0.0230808685UTP18 0.0254163911 0.0275343985 0.0179517866")# 转为 data.frame（ggplot2 兼容）df ...

问题 老师您好！lumi包读取文件出错。Error in gregexpr("\t", dataLine1)[[1]] : 下标出界

老师您好！我购买了不同芯片平台数据处理的课题。但是之前读取安捷伦双色通道的时候，自己的数据读取不出（格式不对）。今天读illumina的文件，又读取不出。 课堂提供的代码和例子是没有问题的。下面分别是报错、例子...

问题 RNAseq有参转录组数据自主分析课程 ，运行建立基因组索引命令时，报错，无法获取gene_length.txt文件，请问是什么原因？如何处理呢？

根据RNAseq有参转录组数据自主分析课程 ，运行建立基因组索引命令时，报错，无法获取gene_length.txt文件，请问是什么原因？如何处理呢？另外，得到的exons.tsv和splicesites.tsv文件是空的，请问这种情况正常吗？ 运行代码：sh $scrip...

问题 老师您好，我们在水稻泛基因组数据库https://ricerc.sicau.edu.cn/中下载的基因组序列文件，格式不是.fa后缀的，可以用来分析吗，是不是需要转换一下格式？

下载的文件格式是.genome的格式

问题 WGCNA分析中，β值未达到0.8，计算机给出的β估计值为1，我觉得不是很合理，想取β值=0.7对应的n值（如图2所示，n=21），这样可行么？

问题 做WGCNA分析时，课件给的trait_D.txt文件是自己做的还是都可以用，我现在有LncRNA和mRNA差异表达的数据，想用WGCNA做它们的共表达，应该如何操作？

问题 老师你好！我通过blast比对获得了BHLH基因家族的目的基因，我现在想要分析这些目的基因的结构，怎么获取某几个基因的注释文件，利用GSDS官网弄出他们的结构图呢？

问题 老师您好，我准备用LInux虚拟机下载Aspera数据 我按照网上的方法，用家族分析的BIO-Linux：Wget加上网址 下载Aspera怎么不能连接出去呢？是不是虚拟机用错了？

问题 老师在利用perl提取大豆转路本的一天cds时候脚本应该怎么修改，我用的是组学大讲堂基因家族分析的视频，大豆转录本没有.1 或者.2现在导致提取不了cds序列

修改脚本

文章 ELISA实验做不好怎么办？QuicKey ELISA试剂盒来帮你！

...上，减少了实验操作步骤，仅需两次洗涤、三次孵育，2.5个小时即可完成实验，相对于常规的ELISA实验节省整整1个小时!再也不用“废寝忘食”地做实验了，实验室的ELISA板通通放马过来吧! QuicKey ELISA试剂盒：6步搞定，检测仅需2...

问题 在基因家族分析的时候对GFF文件中mRNA与gene ID对应关系的脚本进行运行时出现如下无效的问题，请问怎么解决

运行命令perl script/mRNAid_to_geneid.pl data/Brapa_genome_v3.0_genes.gff3 BrapamRNA2geneID.txt perl script/geneid2mRNAid.pl data/Brapa_genome_v3.0_genes.gff3 Brapageneid2mRNAid.txt； 该两条脚本在对其它基因组进行运行时没有问题 但是在运行该GFF文件时出现了如下...