已知GEO数据库中某个数据的GSE号，如何通过数据分析得到某个基因的表达量数据呢？
GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年，收录了世界各国研究机构提交的基因表达数据（主要包括芯片表达数据，也包含一些高通量测序表达数据）。...
Mapman除了对基因进行注释及表达数据可视化之外，还可以利用软件之际对多样品数据中注释到Mapmen通路的数据进行venn图绘制。主要操作过程如下： 从Experiments导入表达数据,具体参考文章：植物代谢通路注释+基因表达可视化神...
GEPIA (http://gepia.cancer-pku.cn/index.html) 一个癌症数据挖掘网站，主要基于的是TGCA 和GTEx projects （见下图）类似于 UALCAN--TCGA数据挖掘网站 可以分析的内容也涉及多个方面：包括单基因、多基因、癌症类型等等，每种分析涉及...
...再加上成功的市场营销，使Excel成为最流行的个人计算机数据处理软件。今天小编就要来教大家利用它的绘图功能绘制一张可以直接放到文章中的饼图。 软件Excel （此处演示版本为Microsoft Office Excel 2007）数据Excel绘制饼图只需简...
NCBI数据库 茄科数据库
...果物种选取的较少，也可以绘制成三角形的图片。1.下载数据绘制图片之前，我们需要下载数据，这里我们以下载拟南芥，白菜，甘蓝，油菜的数据（下载的数据为：gff和cds文件）为例，油菜的数据来自hzau网站（http://cbi.hzau.edu.c...
MNP标记设计中多态性窗口的筛选标准为DP指标： DP= t / c ( N ,2)，其中c ( N ,2) 是N 个品种中任意两种的品种组合对数， t是每对品种在窗口内至少有两个分散的 SNP 的数量。 如下所示： 假如有3个品种，1个窗口内有3个SNP。其中品...
...系去建立网络图片的过程。 那么软件绘图过程所识别的数据格式是什么样的呢？ 向Cytoscape提交的基本数据其实就是——两个对象（也就是两个点），以及这两个对象存在关系（连线），我们只需要告诉软件这个信息就可以了...
用别人的数据，发自己的文章 由于大多数杂志在文章发表前要求公开数据，所以随着测序文章的爆发，NCBI的SRA数据库当中积累了海量的测序数据。我们可以利用这些数据重新做数据挖掘，发表新的文章。 官方下载方法不太...
...矩阵U计算两套样方排序得分，一套使用中心化后的原始数据Y，获得在原始变量Y空间内的样方排序坐标，即计算YU，在vegan里面称为“样方得分”；另一套使用拟合值矩阵Y^获得在X空间内的样方排序坐标，即计算Y^U，vegan里面称为...
二、导入数据库1、首先建空数据库mysql>create database abc; 2、导入数据库方法一：（1）选择数据库mysql>use abc;（2）设置数据库编码mysql>set names utf8;（3）导入数据（注意sql文件的路径）mysql>source /home/abc/abc.sql;方法二：my...
目前我的数据有39条contigs，3543 个protein-coding genes, 10 rRNA genes, 65 tRNA genes等等，我想把这些数据上传到Genome数据库，需要准备什么未见啊，恳求指点
WGCNA中的性状数据，主要可以分成两类： 1. 数量性状的数据 数量性状的数据，不需要改变，保持原有的值即可，比如年龄，复发时间等。 2. 分类数据 分类数据，需要进行one-hot 编码。也就是说分类数据只有0，1两种值，不同...