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文章 Logistic回归模型介绍及使用(附脚本)

...了方便大家能更加高效快捷地使用Logistic回归模型对自身数据进行建模,这里我们给大家提供了一个构建Logistic回归模型的R脚本。使用该脚本都只需要准备好相应的输入文件,再进行简单的命令行操作即可。 使用命令示例如下 ...

文章 Excel快速画出美观饼图

...再加上成功的市场营销,使Excel成为最流行的个人计算机数据处理软件。今天小编就要来教大家利用它的绘图功能绘制一张可以直接放到文章中的饼图。 软件Excel (此处演示版本为Microsoft Office Excel 2007)数据Excel绘制饼图只需简...

问题 老师,请问下我通过NCBI和茄科植物数据库下载烟草TN90的数据库,但NCBI数据库中我能找到A基因,为什么在茄科数据库中通过同样的办法不能找到A基因呢?两个数据据库蛋白,基因组大小都一样呢

NCBI数据库 茄科数据

文章 网络概念以及Cytoscape导入数据格式理解(ceRNA等多元关系网络数据

...系去建立网络图片的过程。 那么软件绘图过程所识别的数据格式是什么样的呢? 向Cytoscape提交的基本数据其实就是——两个对象(也就是两个点),以及这两个对象存在关系(连线),我们只需要告诉软件这个信息就可以了...

文章 从NCBI当中SRA数据库中下载高通量测序数据

用别人的数据,发自己的文章 由于大多数杂志在文章发表前要求公开数据,所以随着测序文章的爆发,NCBI的SRA数据库当中积累了海量的测序数据。我们可以利用这些数据重新做数据挖掘,发表新的文章。 官方下载方法不太...

文章 mysql备份数据库恢复导入

二、导入数据库1、首先建空数据库mysql>create database abc;   2、导入数据库方法一:(1)选择数据库mysql>use abc;(2)设置数据库编码mysql>set names utf8;(3)导入数据(注意sql文件的路径)mysql>source /home/abc/abc.sql;方法二:my...

文章 IF=4.3|棉花GT64基因家族的泛基因组分析及对黄萎病的表达响应

...的表达响应。 01 — 家族成员鉴定 文章选取了CottonFGD数据库中8个棉花品种参考基因组,并从Pfam数据库下载GT64的隐马尔科夫模型PF09258。通过HMMER搜索及Pfam、SMART、CDD数据库二次确认,最终共鉴定出39个GT64基因,分布在8个棉花...

问题 提交基于二代测序的数据组装分析得到的基因组组装数据

目前我的数据有39条contigs,3543 个protein-coding genes, 10 rRNA genes, 65 tRNA genes等等,我想把这些数据上传到Genome数据库,需要准备什么未见啊,恳求指点

文章 TCGA临床数据中的TNM分期,如何转换成WGCNA分析中的性状数据

WGCNA中的性状数据,主要可以分成两类: 1. 数量性状的数据 数量性状的数据,不需要改变,保持原有的值即可,比如年龄,复发时间等。 2. 分类数据 分类数据,需要进行one-hot 编码。也就是说分类数据只有0,1两种值,不同...

文章 KEGG数据库-蛋白序列文件下载

KEGG数据库收费以后,很多单位的KEGG数据库还是用曾经免费的那版本,一直没有更新。由于现代测序技术和信息技术的发展,KEGG数据库有很多的更新,所以更新KEGG数据库是非常有必要的,一般来说需要更新的信息包括,蛋白序...

文章 avereps相同ID取均值(limma包函数)

aggregate可以对数据分组处理,见:https://www.omicsclass.com/article/153 页面 limma包提供一个函数avereps可以对相同ID的数据取均值,识别的输入数据可以是matrix,MAList或者EList,后两者涉及芯片数据标准化过程,此处仅介绍如何针对matrix...

问题 关于TCGA临床数据中非数值类型的数据如何处理?如图划线部分,这些肿瘤分型数据如何转化为数值,有没有参照的标准,性别这种可以用1,2代替,但类型多的数据如何处理呢?感谢老师!

问题 老师,你好!请问一下可以用 “荧光定量的数据” (多个基因在不同组织的定量数据)做热图么?做成柱形图数据有点多!

问题 转录组数据上传GEO

老师您好:数据上传遇到几个问题,想要请教您。        1.文章投稿前,需要上传转录组数据到SRA或GEO,请问一般传哪个数据库?        2. 转录组数据上传,是只上传测序数据,还是上传测序+组装,还是测序+组装+表达量...

问题 转录组数据上传GEO数据