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文章 图形泛基因组可视化

...-s /work/ara_pangenome/pangenome* .#启动服务可视化。记得启动docker时加上端口映射 -p 3000:3000 cd /share/work/biosoft/sequenceTubeMap/sequenceTubeMap  npm run serve  #启动服务启动服务之后,打开电脑网页,输入运行这个服务的IP地址加端口号:h...

问题 泛基因家族分析时,泛基因集构建与家族成员分析用的镜像不同,有区别吗

...做26个玉米基因组的基因家族成员鉴定等分析时,用的是docker run -it -m 3G -v/home/us132/pan-gene-family:/work localhost/omicsclass/pan-gene-family:v1.0镜像,而做泛基因集列表时用的是docker run -it --rm --name pangene --group-add keep-groups -v /home/us132/pangene:/...

文章 EggNOG基因序列批量注释

...ggnog.db64fefa838833a6f3e220a06fb9d403cd  eggnog_proteins.dmnd 2)利用docker工具搭建EggNOG-mapper注释分析环境,以拟南芥为例: #下载安装eggnog的docker镜像 docker pull omicsclass/eggnog:latest #启动镜像 #注意这里的 -v 使用了两次 docker run --rm --cpus 8...

问题 成功安装WGCNA包后,调用时报错

...p indices converting help for package 'GO.db' finding HTML links ... ºÃÁË GOBASE html GOBPANCESTOR html GOBPCHILDREN html GOBPOFFSPRING html GOBPPARE...

问题 docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时,即聚类生成OTU-denovo时老是报错,查看类似问题后,升级了运行内存为70g,同时将教程内的30多个样本减成2个样本,FASTQ格式还有qimme格式检查都正确,依旧报错,报错内容如下:

docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时,即聚类生成OTU-denovo时老是报错,查看类似问题后,升级了运行内存为70g,同时将教程内的30多个样本减成2个样本,FASTQ格式还有qimme格式检查都正确,依旧报错,报错内容如下: pic...

问题 TCGA下载

docker镜像下载TCGA数据,只得到临床信息, 代码报错

文章 微生物多样性扩增子(16S/18S/ITS)课程更新v2.0

...se,PICRUSt2等)绘图脚本美化更新升级等 镜像更新v2.0: docker pull omicsclass/ampliseq:v2.0docker run -it -v ~/ampliseq:/work omicsclass/ampliseq:v2.0 视频课程链接如下: https://bdtcd.xet.tech/s/qZRiF

问题 SRA数据下载

我用了omics docker 里SARtools下载数据,但是发现容器无法联网

问题 docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时,即聚类生成OTU-denovo时老是报错,查看类似问题后,升级了运行内存为70g,同时将教程内的30多个样本减成2个样本,FASTQ格式还有qimme格式检查都正确,依旧报错,报错内容如下:Segmentation fault

docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时,即聚类生成OTU-denovo时老是报错,查看类似问题后,升级了运行内存为70g,同时将教程内的30多个样本减成2个样本,FASTQ格式还有qimme格式检查都正确,依旧报错,报错内容如下: pic...

问题 怎么下载公共镜像?

我照网上的教程来,搜索不到这个公共镜像,怎么办,Docker里面的

问题 基因家族分析

在操作界面利用docker search omicsclass命令搜索不到镜像了?原来加的QQ群全部解散了,有问题怎么咨询呢?

问题 镜像下载

您好!我尝试跟着教程执行docker pull omicsclass/pan-gene-family:v1.0命令行时根本下载不了镜像,请问一下您可以发一份本地版本镜像文件吗

问题 镜像安装

老师,您好!我尝试跟着教程执行docker pull omicsclass/pan-gene-family:v1.0命令行时根本下载不了镜像,请问一下您可以发一份本地版本镜像文件吗

问题 nextpolish报错

老师,您好,我用的大讲堂的基因组组装的DOCKER,在用nextpolish的时候提示这样的报错,不知道是什么原因,麻烦看下,谢谢1

问题 nextpolish报错

老师,您好,我用的大讲堂的基因组组装的DOCKER,在用nextpolish的时候提示这样的报错,不知道是什么原因,麻烦看下,谢谢1