问题 关于代谢组学的原始文件处理

老师您好，我去找测序公司提供原始数据，准备按照代谢组课程进行分析，但是公司提供的全是后缀.raw的文件，并说没有excel之类的或者什么矩阵文件，只有波谱峰度，请问我该如何进行下一步处理或分析？

问题 nt 数据库

我再下载nt 数据库的时候，总是下载不完全，你能把把这个数据库通过百度网盘发给我把，谢谢。

问题 关于WGCNA模块hub基因筛选的问题

网站提供了通过KME值来筛选hub基因的方法如下：datKME=signedKME(datExpr, MEs, outputColumnName="kME_MM.") 能提供通过MM和GS方法分析hub基因的代码和分析吗？

问题 老师，拟时序基础初步分析时，运行以下代码时Rscript $scripts/cell_trajectory_monocle3.r --rds ../04.cell_type_ann_leaf/leaf.added.celltype.qs \ --use.seurat.umap --groupby mycelltype -o monocle3.1 --cpu 6，出现图中报错，是因为聚类分群的时候resolution值太低了吗

文章 ggbio绘制基因结构图​

...install.packages()就可以直接安装了，但是有的时候可能报错版本问题，这个时候可以借助BiocManager或者是devtools安装R包 install.packages(c("ggplot2", "ggh4x"))if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))    install.packages("BiocManager")BiocManager::install(c("gg...

问题 .errorbar出图调整

老师请教一下在10.function_picrust这里出图之后发现大量的图数值重叠，p值显示不全，能不能进行调整或者出图代码添加美化的修饰，请老师指教

问题 诱变材料且以自交M6代，可不可以采用 QTL-seq 的方法来定位到基因？

...原理。但是为什么诱变得到的材料，就不能够用 QTL-seq 来分析？ 我说获得的 EMS 诱变材料已经是自交 M7 代的材料了，也不能用 QTL-seq 来分析么？因为 Mutmap 方法需要自交，所以感觉比较费时间，而 QTL-seq 可以筛选到表型后直接...

问题 SRA数据上传无法继续

在SRA数据上传填写过程中，出现如下问题（见图）：多次修改都无法继续，不知道问题在哪？

问题 kaks计算

你好，我想问问计算kaks时，我利用别人文章的数据进行验证，数据从NCBI下载，在TBtools进行提取基因，用MEGA比对和DNAsp计算kaks,可是结果和文章的结果不一致。终止密码子去掉也不对，

问题 关于TajimaD计算问题

老师，请问计算完的结果发现几乎所有的染色体值都是大与0的，而不是在0上下波动，这样算是对的吗？

问题 基因表达量可以查询吗

请问基因在某个物种，某个部位的表达量可以不通过做荧光定量，而是在网站上搜索得到吗？

问题 GWAS表型如何表示

请教，做GWAS关联颜色性状，应该怎么表示这个颜色才好，其他的性状都是量化具体的数值，颜色这个不知道该怎么表示才好

问题 老师，您好！在进行不同物种之间的共线性分析时，当执行#绘制共线性图片：准备两个配置文件为输入文件： /biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.graphics.karyotype --format=pdf --figsize=15x5 mcscan_seqid mcscan_layout这个命令时出现了错误，绘制的共线性图也不对，这是怎么回事呢

问题 荧光定量验证转录组结果该怎么看？

你好，我想请教您，我做荧光定量验证转录组的结果，分析荧光定量数据的时候发现转录组中说明差异基因上下调情况基本一致，但我做差异显著性分析时，发现试验组和对照组的基因都没差异，这种情况转录组结果是准确的吗...

问题 基因家族一个基因的两个结构域序列重叠

我做的酶基因家族都具有两个结构域，但是分析完之后有一个基因这两个结构域相互重叠了（其他成员都是正常的，两个结构域彼此离得很远没有重叠），还可以把这个基因作为基因家族成员继续分析吗