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文章 NCBI 基因ID命名规则 Ensembl数据库ID命令规则

了解数据库NCBI中各种ID的命名规则可以迅速了解ID背后代表的是什么: NCBI中 前缀 意义 NM_/NP_ 已校正的mRNA/蛋白序列ID XM_/XP_ 软件预测的mRNA/蛋白序列ID NC_ 一般为染色体序列ID NG...

文章 diff比较两个文件的内容

在 Linux 中,你可以使用 diff 命令来比较两个文件的内容。diff 命令会显示文件之间的差异。下面是 diff 命令的基本用法: diff file1.txt file2.txt 这将比较 file1.txt 和 file2.txt 两个文件的内容,并显示它们之间的差异。如果文件相...

文章 docker clash 配置

...-amd64.tar.gz 即可。 2.下载配置文件config.yaml 在终端 cd  Clash 二进制文件所在的目录,执行 wget -O config.yaml 配置文件的url 下载 Clash 配置文件 3.初始化程序 执行 ./clash -d . 即可启动 Clash,同时会自动下载Country.mmdb文件 ...

文章 eclipse当中R插件StatET安装

...栏 help>Install New Software: 选中要安装的插件: 然后就可以安装完成。 3.设置R语言安装环境: 提前安装好R,可R官网下载并安装 http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/ ,在R中执行命令install.packages("rJava"),安装rJava包。 交互环...

问题 老师,你好,就是那个bio-Linux的虚拟机我用完关机了,下次重新打开,,怎么打开来自己的共享文件夹呢

...进入了gene_family,,,但是里边显示什么都没有啊,,我这个文件夹明明有的啊 

文章 删除指令(rm)报错:"Directory not empty/Device or resource busy"

...占用文件的任务: lsof +D 目录 kill -9 “PID” 然后就可以删除了。

文章 转录组必备说明书!

...水漂。 转录组要是有“说明书”就好了 其实吧,这事不能怪同学们,毕竟初次接触哪能短时间就懂了呢? 有过类似经历的同学,在第一次拿转录组厚厚的三四十页结题报告和几百兆的结果文件的时候,一定会想:这怎么...

文章 linux的简单命令(二)

...txt的一个文件 2:在vim文件中如何退出 a、Escb、ctrl+;#可以加上 如:wqc、q #其中q表示退出,q!#表示强制退出 2:下载软件 wget +链接 3:cat命令 一次性显示整个文件的内容 cat+file.name+|+tac#表示事先在文件file.name中上下...

文章 对R包的操作(查询、版本、更新等)

...、安装 install.packages()(括号内指定包的名字)         可以指定具体的安装路径和包的下载链接 2、加载 library()或require() (括号内指定包的名字) 3、包的查询         查询已安装的所有的包:library() 或installed.packages()(括...

文章 R语言补齐缺失值进行 聚类分析 PCA分析

...上进行聚类分析。 Husson和Josse写了一个称为missMDA的包,可以用imputePCA()函数进行缺失值的填充。 library("missMDA") df=read.table("aa.txt",header = T,row.names = 1,sep="\t") df=log1p(df) res.comp <- imputePCA(df,ncp=2) clustering <- hclust(dist(res.c...

问题 docker安装后,windows与虚拟机之间的数据如何挂载?

...o的信息如下: 特来请教各位大佬!!我哪个细节没注意? 另外,为什么一开始进行blast比对,不需要给虚拟机设置cpu和内存的参数呢?了家族分析的时候,就要先设置cpu和虚拟内存大小两个参数?是怪哉。。(问题2) ...

问题 map bwa出错

...s view: failed to add PG line to the header 但grep   .fa文件后。 1>29 dna:primary_assembly primary_assembly:LU_Bosgru_v3.0:29:1:46153303:1 REF >X dna:primary_assembly primary_assembly:LU_Bosgru_v3.0:X:1:136336377:1 REF >Y dna:primary_assembly primary_assembly:LU_Bosgru_v3.0:Y:...

问题 GEOquery 下载不了数据

...数据集,但是就提示下载不了,但是原代码上的数据集是可以下载的。错误提示如下:Error in readChar(con, 5L, useBytes = TRUE) : 无法打开链结 此外: Warning message: In readChar(con, 5L, useBytes = TRUE) :   无法打开压缩文件'GSE112093_eSet.Rdata',可...

文章 关于virtualbox下bioLinux设置共享文件夹出错的问题

...要注意,视频代码中windows共享文件夹标识为Windows-share,这个要跟我们设置共享文件夹的名称显示一致才能被Linux找。 如何看自己设置的win共享文件夹名称,要依次点击设备 -> 共享文件夹 -> 共享文件夹 打开后在名称栏...

文章 MarkDuplicates 过程中报错:Value was put into PairInfoMap more than once

...MarkDup)过程中出现报错: 是由于fq文件中出现了两次这个reads,在 双端测序的1.fq 和2.fq 文件,发现了两次相同的reads。 采用下面的方法解决: 1. 过滤 samtools view -f 0x2 原始bam文件 -o 过滤后bam文件 采用过滤后的bam继续做mar...