问题 mutmap

...100000 -minCount 5 -ems 老师，以上是组学大讲堂里关于 mutmap 分析的命令，我看了 mutmap.pl 脚本里没有 --min-SNPindex 参数，我看好多文献都说，进行 mutmap 分析的时候，最好去除 SNP-index 值小于 0.3 的数据，如何在脚本里加入 --min-SNPindex...

问题 基因家族成员筛选

筛选到的有些成员的保守结构域不完整，但是在UniProt上又有注释，注释为该家族的基因，那我该不该把他们剔除呢

问题 GWAS分析绘制进化树遇到下面问题是什么意思，请问怎么解决？

[root@9adc3a3663e0  00:27:42 /work/my_gwas/01.phylo_tree]# ggtree.r -t fasttree.nwk -f $GROU                                                                                                 P -g Group -n fasttree WARNING: ignoring environment value o...

问题 java环境配置

请问我在做java配置环境变量的时候点击path之后再点击编辑出现以下的界面，请问怎么接下来怎么做？ 这与视频上不一样，谢谢！

问题 关于meme motif

看你了视频课以后这里面的参数视屏里说的不清楚 比如为什么   motif后面的数字是10

问题 GAPIT使用异常

我在加载R包的过程中存在这个问题，好像是这个R包被替代了 但不知道替代他的R包在哪里下载 望老师帮忙 解决下。。

问题 GAPIT使用异常

我在加载R包的过程中存在这个问题，好像是这个R包被替代了 但不知道替代他的R包在哪里下载 望老师帮忙 解决下。。

问题 合并g.vcf

h合并到这一步不小心被终止了，还能需要从建立DB文件夹开始重新跑吗?

问题 服务器连接断网

服务器怎么连接不上，以前连接的好好的，现在总是说网络不行。 

文章 基因芯片小知识

...具。然而，芯片实验产生的数据量日益增长，由于不同的分析方法，会得出不同结论，因而分析起着关键作用。 基因芯片分析就是为了通过生物信息学方法从这些芯片数据中发现可能对生物效应起作用的关键基因，从中寻找...

问题 各位老师好，我买了你家的基因家族的课程，我咨询一下几个问题：（1）我分析NBS-LRR基因家族，其中CC结构域没有hmm文件，你们分享的文献中说用Paircoin2软件，我想问一下，这个软件怎么使用；（2）我用figtree美化进化树，为什么树枝上的Bootstrp是小数，而不是MEGA建树中的整数。

问题 老师，请问在进行基因结构分析时，运行perl ../script/get_gene_exon_from_gff.pl -in1 DOG1_removed_redundant_and_confirmed_IDlist.txt . -in2 ../GWHAAAL00000000.gff -out gene_exon_info.gff 代码为什么输出的文件无内容呢

问题 基因家族物种间共线性，老师，为什么我的物种间共线性分析总是报错，我检查了文件格式他还是报错。 我用这个物种的文件vs这个物种的文件就可以得到结果，两个不同的就没有结果，文件应该没有问题。这是为什么呀老师？（下面的图片也是同一个物种，但是不是同一个网站的数据）

问题 老师，我的基因组有113个，今天运行整理泛基因集列表中共线性分析生成pangene.bed和pangene.cds那一步，已经运行了18个小时了，才运行到79个基因组，其他步骤也是，比较慢，有没有快一点的方法呢？与网络有关系吗，换一个快的网线能加快进度吗？或者有没有其他命令可以加快。

问题 GWAS做关联区域分析时，根据p值获取关联区域中，为什么要用如下语句以合并P值（此语句是2023.4.10日添加的） cat pvalue.bed region.bed |sort -k1,1 -k2,2n >all.region.bed 合并P值在获取关联区域的作用是什么，可否像之前录像讲的那样不用这个语句吗？