...，方便我们直接调用而非创建： 想要了解R的内置常量，可以?Constants 命令查询： ?Constants 其常量如下： 1、26个字母LETTERS, 小写字母怎么办？ 有letters > LETTERS [1] "A" "B" "C" "D" "E" "F" "G" "H" "I" "J" "K" "L" "M" "N" "O"...
...用gffread转换为了gtf文件，然后使用get_gene_length_from_gtf.py 这个python脚本统计，都是教程上的步骤，然后就报错了 报错信息如下 Traceback (most recent call last): File "../script_new/get_gene_length_from_gtf.py", line 48, in <module> kvs=get_...
表型文件没有问题 但是可视化结果会error，qq图可以生成，但曼哈顿图则无法生成
...CNA分析中，过滤低表达量的数据中，运行代码如图，运行到datExpr0[n+1,]=apply(datExpr0[c(1:nrow(datExpr0)),],2,mean)一切正常，有30769个变量，但是datExpr0=datExpr0[1:n,datExpr0[n+1,] > meanFPKM]这步运行始终不成功，也不报错，变量变成了0.请问这...
... 二、结果展示 结果如下图所示，每个区间点开后还可以查看更详细的序列。 表头说明
...sult/${i}_renamed.fa $workdir/5.pred_cluster/pred_result/${i}_full.fa done 这个是单独组装的 如果是混合组装是需要使用bowties将contigs与样本fa重新匹配再注明来源吗
...如下： 包括基因组的信息，gff信息，蛋白质信息等等都可以点击下载，如果基因组组装有多个版本可点击browse list，查看多个版本， 最后的信息为基因组的组装结果等等：
...都优于 ClustalW。在进行多序列比对的时候，大多数情况下可以优先使用 MUSCLE。有本地版和在线版，在线版网址如下：http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/。 使用方法： MUSCLE 使用起来十分方便，大多数情况下用户只需要指定输入输出...
...，发现每个物种自身的家族聚类一起，我们还有什么方法可以具体鉴定那几条基因是扩张出来的吗？谢谢
...尝试从demo数据中cp Orthogroups_PAV.tsv，再运行上述命令，则可以顺利生成所有结果。 这是为什么呢？请老师帮忙解答一下
...默认Assay为转换后的，这也不影响原来的，要用回原来的可以直接再修改一次默认Assay就好。 obj[["RNA4"]] <- as(object = obj[["RNA"]], Class = "Assay")DefaultAssay(obj) <- "RNA4"
...和树的数量），空格隔开，可得到input.tre文件。 # Tip: 可以利用figtree 标记一下，save as 编辑进化树； # Monocots versus Dicots (173–148 Mya) # A. thaliana versus P. trichocarpa (109–97 Mya) # A. thaliana versus V. vinifera (115–105 Mya) # H. annuus L. vers...
在“linux文件的查看以及搜索使用技巧以及cut命令”课程中使用的文件，课程下载资料里没有提供，请问从哪里可以获取？
...本 基因的筛选，比较好处理。但是异常样本比较难办，可以参考WGCNA的一份代码，参考如下的代码： # 计算相似性矩阵 A=adjacency(t(datExpr),type="signed") # 计算网络的连接度 k=as.numeric(apply(A,2,sum))-1 # 连接度标准化 Z.k=scale(k) # 设置...
比如B3 DNA binding domain 就可以分为 ARF、LAV、REM等多个亚家族。