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文章 colorRamPalette函数生成调色板

...学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程 6. 生物信息入门...

文章 GATK4对于大量样品的项目进行变异检测

...学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读 6. 更多学习内容:linux、perl、R语言画图,更多免费课程请点击以下链接: htt...

文章 微生物生态研究中常用数据库简介--转载

...,数据库也包含了后生生物、陆地植物、大型真菌和真核细胞器(线粒体、质体等)的SSU序列。内含子和嵌合体序列已被去除。现PR2主页因技术故障无法登陆,但是数据库一直在更新,最新数据可在https://figshare.com/articles/PR2_rRNA_...

文章 使用picard对参考序列建索引时报错“java.lang.IllegalArgumentException: File is not a supported reference file type”

... more 解决问题: 报错原因已经提示,就是参考序列文件格式不支持。但文件内容很正常,最后发现是参考序列文件后缀的问题。将.faa后缀改为.fa后缀就解决了。 10:31:43.112 INFO NativeLibraryLoader - Loading libgkl_compression.so from jar:file...

文章 biolinux导入虚拟机后启动报错,报错信息返回代码:E_FALL(0x80004005)

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问题 关于课程中TCGA差异基因表达代码-问题

...不是与我们理解的刚好相反?,那么这里以及下面的代码怎么改? #标识基因的上下调情况et$table$regulate = as.factor(ifelse(et$table$FDR < fdr & abs(et$table$logFC) >=log2(fold_change), ifelse(et$table$logFC>log2(fold_change),'Up','Down'),'Normal'))

问题 基因组注释提取,gff3_file_to_proteins.pl 序列出错,跟官网给的序列不一致

...VADRMDNNANVAYGVAFERVCIVQRQKIAY LGGKGPFFYNLQEVRRWLEKNFSKRUKLD 这个问题怎么解决? 并且不只一个序列也不只一个基因组有这种情况

问题 jcvi报错'LayoutLine' object has no attribute 'sizes'

...out文件edges下的e顶格写后变成了这个报错,请问老师应该怎么解决 Traceback (most recent call last):   File "/share/work/biosoft/python/Python3/lib/python3.9/runpy.py", line 197, in _run_module_as_main     return _run_code(code, main_globals, None,   File "/share/work/b...

文章 利用samtools截取基因组上指定位置的序列

... 热图竟然还能用Excel来画 | Cytoscape-网络图绘图技巧 | 怎么做一张好看的分类学树状图 |

文章 sort对字母和数字组合字符串进行排序

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文章 如何用R筛选出高表达的基因,低表达基因

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文章 Illumina microarray未标准化数据分布

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文章 corrplot包绘制相关性图,简单又好看!

...p = "\t",check.names=FALSE,row.names=1) head(data) 基因表达量数据格式如下: ID A1-1 A1-2 A1-3 B1-1 B1-2 B1-3 A2-1 A2-2 A2-3 B2-1 B2-2 B2-3 FtPinG0000001800.01 15.1995160901025 16.441577150186 17.2867772136153 20.0123886434312 ...

文章 在线进化树美化网站-iTQL

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问题 (ERR): "--dta" does not exist Exiting now ...为什么hisat2有这个选项却报错

...结果文档报错 (ERR): "--dta" does not exist Exiting now ... 请问怎么解决